| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-11页 |
| 前言 | 第11-23页 |
| 1. 鼠疫动物流行病学特征 | 第11页 |
| 2. 鼠疫菌的病原学特征 | 第11-13页 |
| ·生理生化特性 | 第11-12页 |
| ·基因组的结构 | 第12页 |
| ·毒力决定因子 | 第12-13页 |
| 3. 革兰氏阴性菌的铁获得 | 第13-17页 |
| ·铁的作用和特性 | 第14页 |
| ·基于铁载体的铁获得 | 第14-15页 |
| ·Fe~(2+)的运输和Fe~(3+)的还原 | 第15-17页 |
| 4. 革兰氏阴性菌的铁储存 | 第17-18页 |
| ·铁贮存蛋白的种类和结构 | 第17页 |
| ·铁贮存蛋白的功能特点 | 第17-18页 |
| 5. 铁与氧化还原应激 | 第18页 |
| 6. Fur蛋白对革兰氏阴性菌铁代谢的整体调控 | 第18-20页 |
| ·Fur 蛋白的结构特点 | 第18-19页 |
| ·与Fur 蛋白结合的Fur box 鉴定 | 第19-20页 |
| 7. 基因转录调控的研究策略 | 第20-21页 |
| 8. 本研究的目的 | 第21-23页 |
| 正文 | 第23-68页 |
| 1. 材料 | 第23-24页 |
| ·菌株，质粒 | 第23页 |
| ·菌株 | 第23页 |
| ·质粒 | 第23页 |
| ·酶，试剂盒 | 第23页 |
| ·试剂，溶液，药品 | 第23-24页 |
| ·主要仪器 | 第24页 |
| 2. 方法 | 第24-39页 |
| ·△fur 突变株的构建 | 第24-26页 |
| ·突变盒引物的设计与突变盒的扩增 | 第24-25页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第25页 |
| ·电转化 | 第25页 |
| ·重组克隆的筛选鉴定 | 第25-26页 |
| ·比较表达谱芯片的制备 | 第26-28页 |
| ·鼠疫菌总RNA 的提取 | 第26页 |
| ·总RNA 的荧光素标记 | 第26-27页 |
| ·芯片杂交与数据分析 | 第27-28页 |
| ·铁缺乏刺激元与Fur调控元的鉴定 | 第28页 |
| ·Fur 蛋白的克隆，表达，纯化 | 第28-32页 |
| ·引物设计与合成 | 第28-29页 |
| ·产物扩增与连接 | 第29页 |
| ·连接产物转化 | 第29页 |
| ·阳性克隆的筛选与目的蛋白的表达 | 第29-30页 |
| ·目的蛋白的纯化 | 第30页 |
| ·His-Fur 蛋白上His 标签的去除 | 第30-31页 |
| ·蛋白浓度的测定 | 第31-32页 |
| ·凝胶迁移实验（electrophoretic mobility shift assays,EMSA） | 第32-33页 |
| ·目的 DNA 片段的合成 | 第32页 |
| ·探针的标记 | 第32页 |
| ·结合百分比的测定 | 第32页 |
| ·未结合标记物的去除 | 第32-33页 |
| ·结合反应 | 第33页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验（DNase I footprinting assays） | 第33-35页 |
| ·寡核苷酸序列5’平末端标记 | 第33-34页 |
| ·PCR 及PCR 产物的纯化 | 第34页 |
| ·结合反应 | 第34页 |
| ·足迹实验 | 第34-35页 |
| ·Fur 结合位点的生物信息学分析 | 第35页 |
| ·引物延伸实验（primer extension assays） | 第35-36页 |
| ·与靶基因m RNA 互补引物的设计 | 第35页 |
| ·总RNA的提取 | 第35页 |
| ·寡核苷酸探针的制备 | 第35页 |
| ·引物延伸反应 | 第35-36页 |
| ·测序反应 | 第36-37页 |
| ·寡核苷酸引物的标记 | 第36页 |
| ·延伸/终止反应 | 第36-37页 |
| ·实时定量逆转录(RT-PCR) | 第37-39页 |
| ·Trizol 提取细菌RNA 的方法 | 第37页 |
| ·Ambion’s DNA-free~(TM) kit 去DNA 污染 | 第37页 |
| ·逆转录生成cDNA | 第37-38页 |
| ·RT-PCR 反应 | 第38-39页 |
| 3. 结果 | 第39-58页 |
| ·Fur 蛋白表达纯化与 His 标签的去除 | 第39-40页 |
| ·分子生化实验 | 第40-58页 |
| ·凝胶迁移实验（EMSA） | 第40-45页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验 | 第45-48页 |
| ·引物延伸实验 | 第48-52页 |
| ·RT-PCR | 第52-58页 |
| 4. 讨论 | 第58-67页 |
| ·鼠疫菌的整体铁调控子-铁摄取调控蛋白（Fur）调控分析 | 第58-62页 |
| ·Fur调控的机制 | 第58页 |
| ·Fur是一个整体调控子 | 第58-60页 |
| ·鼠疫菌的铁摄取系统存在差异表达 | 第60页 |
| ·除Ybt 系统外其它主要铁和血红素转运系统 | 第60-61页 |
| ·为铁获得提供能量的TonB-ExbB-ExbD 复合体 | 第61-62页 |
| ·铁摄取调控蛋白（Fur）结合位点比较分析 | 第62-63页 |
| ·铁摄取调控蛋白（Fur）与YbtA 调控网络的构建 | 第63-67页 |
| ·对Ybt系统研究的分析总结 | 第63-64页 |
| ·Fur/YbtA 调控网络构建 | 第64-67页 |
| 结语 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 附录 | 第76-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 在学期间学术成果情况 | 第89页 |
