| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 引言 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| ·B 细胞表位预测研究背景 | 第12-13页 |
| ·B 细胞表位预测研究现状 | 第13-16页 |
| ·线性B 细胞表位预测现状 | 第13-14页 |
| ·构象性B 细胞表位预测现状 | 第14-16页 |
| ·B 细胞表位预测研究目的及意义 | 第16-17页 |
| ·论文的主要工作 | 第17-18页 |
| 第二章 基于噬菌体组合肽库筛选的B 细胞表位预测基础研究 | 第18-26页 |
| ·噬菌体组合肽库筛选原理 | 第18-19页 |
| ·基于噬菌体组合肽库筛选的 B 细胞表位预测计算方法介绍 | 第19-25页 |
| ·Mapitope 方法 | 第20-21页 |
| ·PepSurf 方法 | 第21-22页 |
| ·Pepitope 方法 | 第22-23页 |
| ·Pep-3D-Search 方法 | 第23-24页 |
| ·EpiSearch 方法 | 第24-25页 |
| ·小结 | 第25-26页 |
| 第三章 基于噬菌体组合肽库筛选的B 细胞表位预测标准测试集的构建 | 第26-38页 |
| ·相关数据库介绍 | 第26-30页 |
| ·MimoDB 数据库 | 第26-29页 |
| ·PDB 数据库 | 第29页 |
| ·CED 数据库 | 第29-30页 |
| ·IEDB 数据库 | 第30页 |
| ·数据集的构建 | 第30-33页 |
| ·抗原结构的确定 | 第33-35页 |
| ·B 细胞表位的定位 | 第35-37页 |
| ·表位的定义 | 第35页 |
| ·表位的类型 | 第35-37页 |
| ·表位的大小 | 第37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| 第四章 基于噬菌体组合肽库筛选的B 细胞表位预测评价体系 | 第38-49页 |
| ·评价参数的确定 | 第38-39页 |
| ·测试数据集分析 | 第39-42页 |
| ·预测方法性能分析 | 第42-48页 |
| ·方法的敏感性、特异性分析 | 第42-44页 |
| ·方法的精确度分析 | 第44-46页 |
| ·方法的总体性能分析 | 第46-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第五章 基于抗原结构和噬菌体组合肽库筛选的B 细胞表位预测新方法 | 第49-69页 |
| ·方法概述 | 第49-50页 |
| ·方法概述 | 第49-50页 |
| ·方法流程图 | 第50页 |
| ·基于改进SVM 的抗原结构预处理 | 第50-56页 |
| ·表位相关度量属性特征提取 | 第51-55页 |
| ·基于改进 SVM 的抗原氨基酸分类 | 第55-56页 |
| ·确定“新”的抗原 | 第56页 |
| ·基于噬菌体组合肽库筛选的B 细胞表位预测 | 第56-62页 |
| ·构建抗原表面无向图 | 第56-59页 |
| ·搜索最优匹配简单路径 | 第59-61页 |
| ·确定候选表位 | 第61-62页 |
| ·算法测试结果分析 | 第62-68页 |
| ·数据集 | 第62页 |
| ·算法参数阈值设定 | 第62-64页 |
| ·算法测试结果 | 第64-66页 |
| ·与其他算法的性能比较 | 第66-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 结论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 英文缩略表 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第79页 |
