| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 生物信息学概述 | 第11-12页 |
| 1.2 相关生物学知识 | 第12-14页 |
| 1.2.1 基因的转录和表达 | 第12-13页 |
| 1.2.2 转录后APA和AS | 第13-14页 |
| 1.3 研究背景和意义 | 第14-16页 |
| 1.4 本文的章节安排 | 第16-18页 |
| 第二章 APA基因聚类分析方法中的距离度量方式 | 第18-22页 |
| 2.1 传统距离度量方式 | 第18-19页 |
| 2.1.1 皮尔森相关系数 | 第18页 |
| 2.1.2 闵可夫斯基距离 | 第18-19页 |
| 2.2 基于CCA的距离度量 | 第19-22页 |
| 第三章 APA基因聚类分析方法中的聚类算法研究 | 第22-36页 |
| 3.1 常见聚类算法 | 第22-27页 |
| 3.1.1 层次聚类算法 | 第22-24页 |
| 3.1.2 K均值聚类算法 | 第24-25页 |
| 3.1.3 双向聚类算法 | 第25-27页 |
| 3.2 集群数目选择 | 第27-28页 |
| 3.3 聚类评价方法 | 第28-36页 |
| 3.3.1 内部验证方法 | 第28-29页 |
| 3.3.2 外部验证方法 | 第29-30页 |
| 3.3.3 稳定验证方法 | 第30-31页 |
| 3.3.4 生物验证方法 | 第31-33页 |
| 3.3.5 等级聚合指标 | 第33-36页 |
| 第四章 APA基因聚类分析方法的应用与结果分析 | 第36-58页 |
| 4.1 数据获取与数据预处理 | 第36-37页 |
| 4.1.1 真实数据 | 第36-37页 |
| 4.1.2 仿真数据 | 第37页 |
| 4.2 开发PAcluster软件包 | 第37-41页 |
| 4.2.1 PAcluster的设计与实现 | 第37-39页 |
| 4.2.2 PAcluster计算速度比较 | 第39-41页 |
| 4.3 真实数据集的聚类结果 | 第41-44页 |
| 4.3.1 基于水稻poly(A)位点数据集的聚类结果 | 第41-43页 |
| 4.3.2 基于poly(A)位点比例数据集的聚类结果 | 第43-44页 |
| 4.4 仿真数据集的聚类结果 | 第44-45页 |
| 4.5 不同层次聚类结果对比 | 第45-48页 |
| 4.6 集群数对聚类结果影响 | 第48-50页 |
| 4.7 各距离的聚合指标排名 | 第50-53页 |
| 4.8 APA和AS关联作用分析 | 第53-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 5.1 总结 | 第58-59页 |
| 5.2 展望 | 第59-60页 |
| 附录 | 第60-64页 |
| 附录一: 重要缩略词及中英文对照 | 第60-61页 |
| 附录二: PAcluster软件包使用说明 | 第61-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |