| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 鱼类肠道菌群研究进展 | 第12-15页 |
| 1.1.1 鱼类“肠道核心菌群”概念 | 第12页 |
| 1.1.2 鱼类肠道微生物的作用 | 第12-14页 |
| 1.1.3 影响鱼类肠道微生物的因素 | 第14-15页 |
| 1.1.4 鱼类肠道微生物的调控 | 第15页 |
| 1.2 鱼类肠道微生物研究方法与进展 | 第15-17页 |
| 1.2.1 PCR-DGGE | 第16页 |
| 1.2.2 第二代高通量测序(Next-generationsequening)技术 | 第16-17页 |
| 1.3 大黄鱼养殖及其肠道微生物研究概况 | 第17-18页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第18-19页 |
| 第2章 不同体重、不同性别大黄鱼肠道菌群的PCR-DGGE分析 | 第19-32页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第19-22页 |
| 2.1.1 主要仪器设备 | 第19页 |
| 2.1.2 大黄鱼样品采集及肠道样品的制备 | 第19页 |
| 2.1.3 大黄鱼肠道微生物总DNA提取 | 第19-20页 |
| 2.1.4 PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析 | 第20-21页 |
| 2.1.5 DGGE图谱及割胶回收条带分析 | 第21-22页 |
| 2.2 实验结果 | 第22-29页 |
| 2.2.1 不同体重、不同性别大黄鱼肠道微生物多样性分析 | 第23-25页 |
| 2.2.2 不同体重、不同性别大黄鱼肠道微生物聚类分析 | 第25-26页 |
| 2.2.3 不同体重、不同性别大黄鱼肠道菌群结构分析 | 第26-29页 |
| 2.3 讨论 | 第29-30页 |
| 2.4 本章小结 | 第30-32页 |
| 第3章 不同体重、不同性别大黄鱼肠道微生物的Illumina测序分析 | 第32-46页 |
| 3.1 实验材料和方法 | 第32-33页 |
| 3.1.1 主要仪器设备 | 第32页 |
| 3.1.2 样品制备和DNA提取 | 第32页 |
| 3.1.3 PCR扩增 | 第32-33页 |
| 3.2 Illumina测序数据分析 | 第33-34页 |
| 3.3 结果 | 第34-44页 |
| 3.3.1 Illumina测序结果和alpha多样性分析 | 第34-36页 |
| 3.3.2 门水平上的分类构成 | 第36-38页 |
| 3.3.3 属水平上的分类构成 | 第38-39页 |
| 3.3.4 Beta多样性 | 第39-43页 |
| 3.3.5 主成分分析(PrincipalComponentAnalysis,PCA) | 第43-44页 |
| 3.4 讨论 | 第44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第4章 健康和患病的大黄鱼肠道菌群结构的PCR-DGGE分析 | 第46-53页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第46页 |
| 4.1.1 主要仪器设备 | 第46页 |
| 4.1.2 鱼样品采集及肠道样品的制备 | 第46页 |
| 4.1.3 鱼类肠道微生物总DNA提取 | 第46页 |
| 4.1.4 PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析 | 第46页 |
| 4.1.5 DGGE图谱及割胶回收条带分析 | 第46页 |
| 4.2 实验结果 | 第46-50页 |
| 4.2.1 健康和患病的大黄鱼肠道菌群结构分析 | 第46-48页 |
| 4.2.2 健康和患病的大黄鱼肠道菌群结构分析 | 第48-50页 |
| 4.3 讨论 | 第50-51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第5章 健康和患病的大黄鱼肠道菌群结构的Illumina分析 | 第53-61页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第53页 |
| 5.1.1 主要仪器设备 | 第53页 |
| 5.1.2 鱼样品采集及肠道样品的制备 | 第53页 |
| 5.1.3 鱼类肠道微生物总DNA提取 | 第53页 |
| 5.1.4 PCR扩增 | 第53页 |
| 5.2 Illumina测序数据分析 | 第53页 |
| 5.3 实验结果 | 第53-59页 |
| 5.3.1 Illumina测序结果和alpha多样性分析 | 第53-55页 |
| 5.3.2 门水平上的分类构成 | 第55页 |
| 5.3.3 属水平上的分类构成 | 第55-57页 |
| 5.3.4 LDA-LEfse分析 | 第57-59页 |
| 5.4 讨论 | 第59-60页 |
| 5.5 本章小结 | 第60-61页 |
| 第6章 展望 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第69页 |
