| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 文献综述 | 第12-18页 |
| 1.1 转录组测序(RNA-Seq)技术及其特点 | 第12-13页 |
| 1.1.1 转录组及转录组学概述 | 第12页 |
| 1.1.2 转录组测序技术的建立 | 第12-13页 |
| 1.1.3 转录组测序技术优势 | 第13页 |
| 1.2 转录组测序技术在海洋贝类遗传育种中的应用 | 第13-14页 |
| 1.2.1 转录组测序与海洋贝类分子标记 | 第13-14页 |
| 1.2.2 转录组测序与海洋贝类功能基因开发 | 第14页 |
| 1.3 SSR与SNP标记在水产动物遗中的应用 | 第14-15页 |
| 1.4 墨西哥湾扇贝简介 | 第15-16页 |
| 1.5 扇贝“渤海红”简介 | 第16页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第16-18页 |
| 2 墨西哥湾扇贝转录组测序及生物信息学分析 | 第18-29页 |
| 2.1 材料和方法 | 第18-22页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第18页 |
| 2.1.2 总RNA提取及质量检测 | 第18-19页 |
| 2.1.3 cDNA文库构建、Illumina测序和Denovo组装 | 第19-20页 |
| 2.1.4 Unigene功能注释 | 第20页 |
| 2.1.5 差异表达基因筛选 | 第20页 |
| 2.1.6 qRT-PCR验证 | 第20-21页 |
| 2.1.7 差异表达基因GO功能分类和Pathway富集分析 | 第21-22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-28页 |
| 2.2.1 RNA质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.2 测序结果分析 | 第23-24页 |
| 2.2.3 Unigene功能注释 | 第24页 |
| 2.2.4 差异表达基因筛选 | 第24-25页 |
| 2.2.5 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第25页 |
| 2.2.6 差异表达基因KEGG代谢通路分析 | 第25-26页 |
| 2.2.7 差异表达基因GO功能分类富集分析 | 第26-28页 |
| 2.3 讨论 | 第28-29页 |
| 2.3.1 基于公共数据库比对的基因功能注释 | 第28-29页 |
| 3 基于转录组测序的墨西哥湾扇贝生长相关基因及SNPs筛选 | 第29-39页 |
| 3.1 材料和方法 | 第29-31页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第29页 |
| 3.1.2 实验仪器与试剂 | 第29-30页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取及检测 | 第30页 |
| 3.1.4 墨西哥湾扇贝转录组SNP位点鉴定及基因分型 | 第30-31页 |
| 3.1.5 SNP位点遗传特征及生长性状关联分析 | 第31页 |
| 3.2 结果与分析 | 第31-37页 |
| 3.2.0 生长相关基因筛选 | 第31-32页 |
| 3.2.1 Unigene23250和CL4903.Contig2序列分析 | 第32-33页 |
| 3.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测结果 | 第33页 |
| 3.2.3 Unigene23250序列SNP鉴定 | 第33-34页 |
| 3.2.4 CL4903.Contig2序列SNP鉴定 | 第34-36页 |
| 3.2.5 SNPs位点与生长性状关联分析 | 第36页 |
| 3.2.6 SNP位点遗传特征分析 | 第36-37页 |
| 3.3 讨论 | 第37-39页 |
| 4 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”SSR开发及其杂交F1代验证 | 第39-52页 |
| 4.1 材料和方法 | 第39-42页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第39页 |
| 4.1.2 实验仪器 | 第39页 |
| 4.1.3 主要试剂及配制方法 | 第39-40页 |
| 4.1.4 PCR产物聚丙烯酰胺凝胶电泳检测及银染 | 第40页 |
| 4.1.5 墨西哥湾扇贝转录组SSR标记筛选 | 第40-41页 |
| 4.1.6 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”多态SSR标记开发 | 第41页 |
| 4.1.7 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”遗传多样性分析 | 第41页 |
| 4.1.8 扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝特异SSR标记开发及杂交F1代验证 | 第41-42页 |
| 4.2 结果与分析 | 第42-50页 |
| 4.2.1 DNA提取结果 | 第42页 |
| 4.2.2 墨西哥湾扇贝转录组SSR生物信息学分析 | 第42-43页 |
| 4.2.3 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”多态SSR标记开发 | 第43-46页 |
| 4.2.4 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”群体遗传多样性分析 | 第46-47页 |
| 4.2.5 扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝特异SSR筛选 | 第47-48页 |
| 4.2.6 扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝杂交F1代验证 | 第48-49页 |
| 4.2.7 墨西哥湾扇贝和扇贝“渤海红”多态及特异SSR所在Unigene功能注释 | 第49-50页 |
| 4.3 讨论 | 第50-52页 |
| 4.3.1 遗传差异评估与杂种优势预测 | 第50页 |
| 4.3.2 基于墨西哥湾扇贝转录组的SSR标记开发 | 第50-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 5.1 墨西哥湾扇贝转录组测序及生物信息学分析 | 第52页 |
| 5.2 基于转录组测序的墨西哥湾扇贝生长相关基因及SNPs筛选 | 第52页 |
| 5.3 墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”SSR开发及其杂交F1代验证 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 个人简介 | 第64-65页 |
| 导师简介 | 第65页 |
