| 致谢 | 第6-9页 |
| 摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 固氮菌、肠杆菌目系统分类和细菌系统分类方法学进展 | 第12-22页 |
| 1.1 固氮菌和固氮基因 | 第12-15页 |
| 1.2 肠杆菌目的系统分类 | 第15-19页 |
| 1.3 细菌系统分类方法学进展 | 第19-22页 |
| 第二章 基于全基因组序列系统分类肠杆菌目的固氮菌 | 第22-48页 |
| 2.1 研究背景和目的 | 第22-23页 |
| 2.2 材料和方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 从基因组数据库中检索固氮酶或固氮基因 | 第23页 |
| 2.2.2 基于细菌16S rRNA基因序列分类鉴定固氮菌 | 第23页 |
| 2.2.3 基于全基因组相似度(overall genome relatedness)分类鉴定固氮菌 | 第23-24页 |
| 2.2.4 基因组间保守蛋白百分比(POCP)的计算 | 第24页 |
| 2.2.5 细菌基因组测序 | 第24-25页 |
| 2.2.6 核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析 | 第25页 |
| 2.2.7 基于nifHDK基因构建系统发育树 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第26-47页 |
| 2.3.1 肠杆菌目固氮菌的系统分类 | 第26-47页 |
| 2.3.1.1 Enterobacteriacease科中固氮菌的系统分类 | 第29-40页 |
| 2.3.1.1.1 Klebsiella属中固氮菌的系统分类 | 第29-30页 |
| 2.3.1.1.2 Raoultella属中固氮菌的系统分类 | 第30页 |
| 2.3.1.1.3 Klebsiella属和Raoultella属的系统分类 | 第30-37页 |
| 2.3.1.1.4 Kosakonia属中固氮菌的系统分类 | 第37-40页 |
| 2.3.1.1.5 Mangrovibacter属中固氮菌的系统分类 | 第40页 |
| 2.3.1.1.6 其他属固氮菌的系统分类 | 第40页 |
| 2.3.1.2 Pectobacteriaceae科中固氮菌的系统分类 | 第40-41页 |
| 2.3.1.2.1 Dickeya属中固氮菌的系统分类 | 第40-41页 |
| 2.3.1.2.2 Pectobacterium属中固氮菌的系统分类 | 第41页 |
| 2.3.1.2.3 Brenneria属中固氮菌的系统分类 | 第41页 |
| 2.3.1.3 Yersiniaceae科中固氮菌的系统分类 | 第41-42页 |
| 2.3.1.4 Erwiniaceae科中固氮菌的系统分类 | 第42-45页 |
| 2.3.1.5 肠杆菌目固氮菌nifHDK基因的系统发育状况 | 第45-47页 |
| 2.4 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-62页 |
| 附表1. 肠杆菌目固氮菌的分类鉴定 | 第62-73页 |
| 附表2. 本研究测定细菌全基因组序列概况 | 第73页 |
