| 目录 | 第4-7页 |
| Table of Contents | 第7-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-46页 |
| 1.1 卤代有机物及其生物代谢 | 第15-24页 |
| 1.1.1 卤代有机物概述 | 第15-16页 |
| 1.1.2 微生物的脱卤机制 | 第16-17页 |
| 1.1.3 卤代烷烃脱卤酶参与的微生物降解途径 | 第17-21页 |
| 1.1.4 长链卤代烷烃的同化 | 第21-24页 |
| 1.2 卤代烷烃脱卤酶研究进展 | 第24-42页 |
| 1.2.1 卤代烷烃脱卤酶简介 | 第24-25页 |
| 1.2.2 卤代烷烃脱卤酶的进化关系 | 第25-30页 |
| 1.2.3 目前已鉴定的卤代烷烃脱卤酶 | 第30-35页 |
| 1.2.4 卤代烷烃脱卤酶的结构特征 | 第35-39页 |
| 1.2.5 卤代烷烃脱卤酶的脱卤机制 | 第39-40页 |
| 1.2.6 卤代烷烃脱卤酶的应用 | 第40-42页 |
| 1.3 食烷菌属及柴油食烷菌B-5的研究进展 | 第42-44页 |
| 1.4 本文的研究目的及意义 | 第44-46页 |
| 第二章 材料与方法 | 第46-75页 |
| 2.1 实验材料与设备 | 第46-54页 |
| 2.1.1 菌株与载体 | 第46页 |
| 2.1.2 基因组序列信息 | 第46-47页 |
| 2.1.3 试剂与材料 | 第47-50页 |
| 2.1.4 工具酶和试剂盒 | 第50页 |
| 2.1.5 主要仪器 | 第50-51页 |
| 2.1.6 寡核苷酸引物 | 第51-52页 |
| 2.1.7 常用溶液和培养基 | 第52-54页 |
| 2.1.8 常用软件及生物信息学技术 | 第54页 |
| 2.2 表达载体构建 | 第54-61页 |
| 2.2.1 B-5基因组DNA提取 | 第54-55页 |
| 2.2.2 PCR扩增待插入片段 | 第55-56页 |
| 2.2.3 制备感受态细胞 | 第56-57页 |
| 2.2.4 质粒的化学转化 | 第57页 |
| 2.2.5 提取质粒 | 第57-58页 |
| 2.2.6 酶切质粒 | 第58-59页 |
| 2.2.7 琼脂糖凝胶上的DNA片段的回收 | 第59-60页 |
| 2.2.8 LIC法构建表达载体 | 第60-61页 |
| 2.3 蛋白质表达与纯化 | 第61-66页 |
| 2.3.1 蛋白质表达 | 第61-62页 |
| 2.3.2 DadB的纯化与制备 | 第62-63页 |
| 2.3.3 DadA的纯化与制备 | 第63-66页 |
| 2.3.3.1 纯化带His标签的DadA | 第63页 |
| 2.3.3.2 变性-复性纯化DadA | 第63-65页 |
| 2.3.3.3 制备带GST标签的DadA | 第65-66页 |
| 2.4 酶学性质鉴定 | 第66-70页 |
| 2.4.1 酶活测定 | 第66-68页 |
| 2.4.2 DadB的最适温度和最适pH | 第68-69页 |
| 2.4.3 测定稳态动力学参数 | 第69-70页 |
| 2.5 动态光散射分析 | 第70-71页 |
| 2.6 B-5在卤代底物中的生长情况 | 第71-72页 |
| 2.7 生物信息学预测及计算分析 | 第72页 |
| 2.8 系统发育分析 | 第72-75页 |
| 2.8.1 收集HLDs的相似序列 | 第72-73页 |
| 2.8.2 蛋白质聚类分析 | 第73-74页 |
| 2.8.3 构建系统进化树 | 第74-75页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第75-150页 |
| 3.1 B-5菌对卤代烷烃的利用情况及可能的代谢酶类 | 第75-83页 |
| 3.1.1 B-5菌能利用多种卤代烷烃 | 第75-78页 |
| 3.1.2 B-5基因组中含有两个推定的HLDs基因 | 第78-79页 |
| 3.1.3 DadA、DadB与已鉴定的HLDs的一级结构比较分析 | 第79-83页 |
| 3.2 B-5菌中HLDs基因的克隆、表达与纯化 | 第83-89页 |
| 3.2.1 构建表达载体 | 第83-85页 |
| 3.2.2 DadB的表达与纯化 | 第85-87页 |
| 3.2.3 DadA的表达与纯化 | 第87-89页 |
| 3.3 酶学性质鉴定 | 第89-103页 |
| 3.3.1 DadA的酶活特征 | 第89-90页 |
| 3.3.2 DadB的酶活特征 | 第90-98页 |
| 3.3.3 DadB的最适温度和最适pH | 第98-100页 |
| 3.4.4 DadB的稳态动力学参数 | 第100-103页 |
| 3.4 动态光散射分析DadB的稳定性 | 第103-107页 |
| 3.5 同源建模和结构分析 | 第107-121页 |
| 3.5.1 整体结构模型 | 第107-110页 |
| 3.5.2 催化五联体及反应机制 | 第110-111页 |
| 3.5.3 DadB与LinB结构的对比 | 第111-121页 |
| 3.6 食烷菌属中的HLDs的系统发育分析 | 第121-129页 |
| 3.6.1 37株食烷菌中的HLDs分布情况 | 第121-123页 |
| 3.6.2 食烷菌属中推定的HLDs的系统发育分析 | 第123-129页 |
| 3.7 HLDs在不同生物中的系统发育分析 | 第129-144页 |
| 3.7.1 搜寻HLDs序列并进行聚类分析 | 第129-134页 |
| 3.7.2 HLDs的系统发育分析 | 第134-139页 |
| 3.7.3 HLDs基因在物种之间的分布 | 第139-144页 |
| 3.8 讨论 | 第144-150页 |
| 3.8.1 DadA和DadB的生化鉴定 | 第144-146页 |
| 3.8.2 B-5降解卤代烷烃的可能途径 | 第146-147页 |
| 3.8.3 HLDs基因在食烷菌属中的系统进化 | 第147-148页 |
| 3.8.4 HLDs的天然功能及进化分析 | 第148-150页 |
| 第四章 小结与展望 | 第150-152页 |
| 参考文献 | 第152-173页 |
| 致谢 | 第173页 |
