牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-24页 |
| 1.1 抗生素耐药性 | 第13-19页 |
| 1.1.1 抗生素耐药性的起源与发展 | 第13-14页 |
| 1.1.2 环境微生物中的耐药性及危害 | 第14-15页 |
| 1.1.3 人类活动对抗生素耐药性的影响 | 第15-17页 |
| 1.1.4 抗生素对环境微生物的影响 | 第17-18页 |
| 1.1.5 小结与展望 | 第18-19页 |
| 1.2 测序技术的发展 | 第19-21页 |
| 1.2.1 一代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.2 二代测序技术 | 第20页 |
| 1.2.3 三代测序技术 | 第20-21页 |
| 1.3 志贺菌研究 | 第21-23页 |
| 1.3.1 志贺菌生物学特征 | 第21页 |
| 1.3.2 生化特征 | 第21-22页 |
| 1.3.3 血清型特征 | 第22页 |
| 1.3.4 基因组特征 | 第22页 |
| 1.3.5 动物源志贺菌研究 | 第22-23页 |
| 1.4 研究目的于意义 | 第23-24页 |
| 第二章 牛肠道菌群耐药基因的宏基因组学研究 | 第24-44页 |
| 2.1 样品及试剂、仪器 | 第24-25页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第24-25页 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 | 第25页 |
| 2.2 试验方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 粪便样品基因组总DNA提取 | 第25页 |
| 2.2.2 DNA样品检测 | 第25-26页 |
| 2.2.3 DNA文库构建 | 第26页 |
| 2.2.4 测序 | 第26页 |
| 2.2.5 信息分析流程 | 第26-29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-42页 |
| 2.3.1 基因组提取结果 | 第29页 |
| 2.3.2 测序数据 | 第29-30页 |
| 2.3.3 序列组装 | 第30-31页 |
| 2.3.4 基因预测 | 第31页 |
| 2.3.5 物种注释 | 第31-33页 |
| 2.3.6 耐药基因注释及分析 | 第33-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-43页 |
| 2.5 小结 | 第43-44页 |
| 第三章 牛源志贺菌分离与鉴定 | 第44-56页 |
| 3.1 材料及仪器 | 第44-45页 |
| 3.1.1 病料来源 | 第44页 |
| 3.1.2 培养基及试剂 | 第44-45页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第45页 |
| 3.2 试验方法 | 第45-50页 |
| 3.2.1 样品采集及预处理 | 第45页 |
| 3.2.2 细菌分离及初步鉴定 | 第45-46页 |
| 3.2.3 16SrDNA鉴定 | 第46-47页 |
| 3.2.4 生化鉴定 | 第47页 |
| 3.2.5 血清型鉴定 | 第47-50页 |
| 3.2.6 其他病原菌鉴定 | 第50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-53页 |
| 3.3.1 细菌分离鉴定结果 | 第50-51页 |
| 3.3.2 志贺菌生化鉴定 | 第51-52页 |
| 3.3.3 志贺菌血清型鉴定 | 第52-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-55页 |
| 3.5 小结 | 第55-56页 |
| 第四章 牛源志贺菌分子分型 | 第56-78页 |
| 4.1 材料与仪器 | 第57页 |
| 4.1.1 材料 | 第57页 |
| 4.1.2 仪器 | 第57页 |
| 4.2 试验方法 | 第57-64页 |
| 4.2.1 PFGE | 第57-60页 |
| 4.2.2 MLST | 第60-61页 |
| 4.2.3 MLVA | 第61-64页 |
| 4.3 结果与分析 | 第64-76页 |
| 4.3.1 福氏志贺菌分型结果 | 第64-68页 |
| 4.3.2 宋内志贺菌分型结果 | 第68-73页 |
| 4.3.3 痢疾志贺菌分型结果 | 第73-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-77页 |
| 4.5 小结 | 第77-78页 |
| 第五章 志贺菌分离株毒力及耐药性分析 | 第78-96页 |
| 5.1 材料及仪器 | 第78-79页 |
| 5.1.1 试验菌株 | 第78页 |
| 5.1.2 试验动物 | 第78页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第78-79页 |
| 5.1.4 药敏纸片 | 第79页 |
| 5.2 试验方法 | 第79-85页 |
| 5.2.1 动物致病性试验 | 第79页 |
| 5.2.2 毒力基因检测 | 第79-81页 |
| 5.2.3 药敏试验 | 第81-82页 |
| 5.2.4 耐药基因检测 | 第82-85页 |
| 5.3 结果与分析 | 第85-93页 |
| 5.3.1 动物致病性试验结果 | 第85页 |
| 5.3.2 毒力基因检测结果 | 第85-86页 |
| 5.3.3 药敏试验结果 | 第86-90页 |
| 5.3.4 耐药基因检测 | 第90-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-95页 |
| 5.5 小结 | 第95-96页 |
| 第六章 痢疾志贺菌SD170912基因组分析 | 第96-119页 |
| 6.1 样品及仪器 | 第96页 |
| 6.2 试验方法 | 第96-99页 |
| 6.2.1 细菌DNA提取 | 第96页 |
| 6.2.2 文库构建及测序 | 第96-97页 |
| 6.2.3 生物信息分析 | 第97-99页 |
| 6.3 测序结果及分析 | 第99-116页 |
| 6.3.1 数据概况 | 第99-101页 |
| 6.3.2 基因组概况 | 第101-104页 |
| 6.3.3 基因组组分分析 | 第104-109页 |
| 6.3.4 基因功能分析 | 第109-113页 |
| 6.3.5 毒力和致病性分析 | 第113-114页 |
| 6.3.6 耐药基因分析 | 第114-116页 |
| 6.4 讨论 | 第116-118页 |
| 6.5 小结 | 第118-119页 |
| 第七章 全文结论 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 作者简历 | 第137页 |
