| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-14页 |
| 1.2 本文的研究内容及面临的挑战 | 第14-15页 |
| 1.3 本文的贡献 | 第15页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第15-18页 |
| 第2章 背景知识与问题定义 | 第18-26页 |
| 2.1 子串的编辑距离 | 第18-19页 |
| 2.2 gram索引 | 第19-20页 |
| 2.3 BWT索引 | 第20-23页 |
| 2.4 问题定义 | 第23-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 相关工作 | 第26-34页 |
| 3.1 子串查询算法 | 第26-27页 |
| 3.2 局部比对算法 | 第27-33页 |
| 3.2.1 Smith-Waterman算法 | 第27-30页 |
| 3.2.2 BLAST算法 | 第30-31页 |
| 3.2.3 BWT-SW算法 | 第31-33页 |
| 3.3 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 局部最优化匹配的近似子串查询算法 | 第34-42页 |
| 4.1 基于gram索引的局部最优化近似子串查询算法 | 第34-37页 |
| 4.2 基于局部最优化匹配的边界限定和过滤策略 | 第37-40页 |
| 4.2.1 基于局部最优化匹配的过滤策略 | 第37-39页 |
| 4.2.2 基于局部最优化匹配的边界限定策略 | 第39-40页 |
| 4.3 过滤优化的局部最优化近似子串查询算法 | 第40-41页 |
| 4.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 第5章 局部最优化匹配算法 | 第42-60页 |
| 5.1 基本算法 | 第42-45页 |
| 5.2 过滤方法 | 第45-51页 |
| 5.2.1 局部过滤方法 | 第45-49页 |
| 5.2.2 全局过滤方法 | 第49-51页 |
| 5.3 重用技术 | 第51-56页 |
| 5.3.1 相同比对分数定位 | 第52-53页 |
| 5.3.2 重用计算的复合算法 | 第53-56页 |
| 5.4 ALAE算法整体流程及示例 | 第56-59页 |
| 5.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 第6章 实验与分析 | 第60-70页 |
| 6.1 局部最优化匹配的近似子串查询算法实验与分析 | 第60-62页 |
| 6.1.1 边界限定和过滤策略效果 | 第60-61页 |
| 6.1.2 选取不同的q长对查询效率的影响 | 第61-62页 |
| 6.2 ALAE算法实验与分析 | 第62-69页 |
| 6.2.1 比对时间分析 | 第64-65页 |
| 6.2.2 过滤比例和重用比例分析 | 第65-66页 |
| 6.2.3 变化E-value的影响 | 第66-67页 |
| 6.2.4 变化得分模式的影响 | 第67-68页 |
| 6.2.5 索引空间分析 | 第68-69页 |
| 6.3 本章小结 | 第69-70页 |
| 第7章 结束语 | 第70-72页 |
| 7.1 本文总结 | 第70-71页 |
| 7.2 工作展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 攻硕期间参加的项目及发表的论文 | 第78页 |