| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 0 前言 | 第14-29页 |
| 0.1 菌种简介 | 第14-16页 |
| 0.1.1 克雷伯氏菌及胞外多糖 | 第14-15页 |
| 0.1.2 噬菌体 | 第15-16页 |
| 0.2 噬菌体基因组测序概论 | 第16-22页 |
| 0.2.1 已测序噬菌体情况 | 第16-18页 |
| 0.2.2 第二代测序技术 | 第18-22页 |
| 0.3 噬菌体基因组特征 | 第22-24页 |
| 0.3.1 双链 DNA 噬菌体基因组结构基本特征 | 第22-23页 |
| 0.3.2 序列多样性 | 第23页 |
| 0.3.3 基因组镶嵌现象 | 第23-24页 |
| 0.4 生物信息学简介 | 第24-26页 |
| 0.4.1 生物信息学概念 | 第24页 |
| 0.4.2 生物信息学主要研究内容 | 第24-26页 |
| 0.5 噬菌体多糖解聚酶简介 | 第26-28页 |
| 0.5.1 噬菌体多糖解聚酶 | 第26页 |
| 0.5.2. 多糖解聚酶的应用 | 第26-27页 |
| 0.5.3 多糖解聚酶基因 | 第27-28页 |
| 0.6 本课题研究内容、目的及意义 | 第28-29页 |
| 1 噬菌体全基因组序列测定及核酸结构分析 | 第29-39页 |
| 1.1 材料与仪器 | 第29-30页 |
| 1.1.1 试验菌株 | 第29页 |
| 1.1.2 试验试剂及材料 | 第29页 |
| 1.1.3 试验仪器 | 第29-30页 |
| 1.1.4 培养基及试剂配制 | 第30页 |
| 1.2 试验方法 | 第30-34页 |
| 1.2.1 噬菌体效价的测定 | 第30-31页 |
| 1.2.2 噬菌体 P13 的一步生长曲线 | 第31页 |
| 1.2.3 噬菌体 P13 形态分析 | 第31-32页 |
| 1.2.4 噬菌体核酸的提取 | 第32-33页 |
| 1.2.5 Roche 454 FLX 高通量测序平台对噬菌体 P13 基因组序列测定 | 第33页 |
| 1.2.6 核酸是线性还是环状的鉴定 | 第33-34页 |
| 1.3 结果与分析 | 第34-38页 |
| 1.3.1 噬菌体 P13 的一步生长曲线 | 第34-35页 |
| 1.3.2 噬菌体 P13 的形态分析 | 第35页 |
| 1.3.3 噬菌体核酸纯度的确定 | 第35-36页 |
| 1.3.4 噬菌体 P13 高通量测序结果 | 第36页 |
| 1.3.5 噬菌体 P13 基因组线状与环状的判断 | 第36-38页 |
| 1.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 2 噬菌体 P13 基因组基本生物信息分析 | 第39-59页 |
| 2.1 方法 | 第39-41页 |
| 2.1.1 P13 基因组碱基组成分析 | 第39页 |
| 2.1.2 开放阅读框 (open reading frame, ORF)分析 | 第39页 |
| 2.1.3 基因组中假定基因的预测 | 第39页 |
| 2.1.4 假定基因编码产物的同源性检索 | 第39-40页 |
| 2.1.5 密码子偏嗜性 | 第40页 |
| 2.1.6 tRNA 编码序列的分析 | 第40页 |
| 2.1.7 P13 基因组上重复序列分析 | 第40页 |
| 2.1.8 基因组上转录终止子的分析 | 第40页 |
| 2.1.9 基因组上启动子的预测 | 第40-41页 |
| 2.1.10 基因组上 GC 岛的分析 | 第41页 |
| 2.1.11 基因组结构特征分析 | 第41页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第41-58页 |
| 2.2.1 噬菌体 P13 基因组碱基组成 | 第41-42页 |
| 2.2.2 开放阅读框的分析 | 第42页 |
| 2.2.3 编码序列的分析 | 第42-43页 |
| 2.2.4 假定基因在数据库中的同源性比较 | 第43-46页 |
| 2.2.5 噬菌体 P13 假定基因中密码子的偏嗜性 | 第46-48页 |
| 2.2.6 tRNA 编码序列的分析 | 第48页 |
| 2.2.7 P13 基因组上重复序列分析 | 第48-52页 |
| 2.2.8 噬菌体 P13 基因组中终止子的分析 | 第52-53页 |
| 2.2.9 P13 基因组上启动子的预测 | 第53-54页 |
| 2.2.10 噬菌体 P13 基因组中 GC 岛分布情况 | 第54-55页 |
| 2.2.11 噬菌体 P13 基因组结构分析 | 第55-58页 |
| 2.3 文章小结 | 第58-59页 |
| 3 噬菌体 P13 与噬菌体 SP6 的比较分析 | 第59-69页 |
| 3.1 分析方法 | 第59页 |
| 3.1.1 噬菌体 P13 基因组序列 BLAST 同源检索 | 第59页 |
| 3.1.2 噬菌体 P13 与 SP6 基因组序列比较分析 | 第59页 |
| 3.1.3 噬菌体 P13 部分蛋白的多重序列比对及进化分析 | 第59页 |
| 3.1.4 噬菌体 P13 基因组初步注释后 GenBank 序列提交 | 第59页 |
| 3.2 结论与讨论 | 第59-68页 |
| 3.2.1 噬菌体 P13 基因组序列 BLASTn 同源检索 | 第59-60页 |
| 3.2.2 噬菌体 P13 与 SP6 基因组序列比较分析 | 第60-63页 |
| 3.2.3 噬菌体 P13 中部分假定基因的多重序列比对及进化分析 | 第63-68页 |
| 3.2.4 噬菌体 P13 基因组序列提交 | 第68页 |
| 3.3 本章小结 | 第68-69页 |
| 4 多糖解聚酶的纯化及外源表达的初步尝试 | 第69-85页 |
| 4.1 试验材料 | 第69-71页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第69页 |
| 4.1.2 试验试剂 | 第69-70页 |
| 4.1.3 试验仪器 | 第70页 |
| 4.1.4 培养基 | 第70-71页 |
| 4.1.5 试剂配制 | 第71页 |
| 4.2 方法 | 第71-75页 |
| 4.2.1 噬菌体裂解周期中多糖解聚酶活性变化 | 第71-72页 |
| 4.2.2 多糖解聚酶的制备及纯化 | 第72页 |
| 4.2.3 多糖解聚酶基因的确定 | 第72-73页 |
| 4.2.4 多糖解聚酶基因的 PCR 扩增 | 第73页 |
| 4.2.5 多糖解聚酶克隆载体的构建 | 第73-74页 |
| 4.2.6 多糖解聚酶表达载体的构建 | 第74-75页 |
| 4.2.7 外源基因的诱导表达 | 第75页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第75-84页 |
| 4.3.1 噬菌体侵染过程中多糖解聚酶活性的变化 | 第75-76页 |
| 4.3.2 多糖解聚酶的纯化 | 第76-77页 |
| 4.3.3 多糖解聚酶基因的确定 | 第77-81页 |
| 4.3.4 基因 49 与基因 50 的 PCR 引物设计 | 第81页 |
| 4.3.5 基因 49 与基因 50 的 PCR 扩增 | 第81-82页 |
| 4.3.6 pGEM 重组质粒双酶切及核酸测序结果鉴定 | 第82页 |
| 4.3.7 表达重组质粒的双酶切鉴定 | 第82-83页 |
| 4.3.8 多糖解聚酶的外源表达 | 第83-84页 |
| 4.4 本章小结 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-89页 |
| 附录 | 第89-94页 |
| 结语 | 第94-95页 |
| 创新点 | 第95页 |
| 展望 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
| 个人简历 | 第97页 |
| 发表的学术论文 | 第97-98页 |
