| 摘要 | 第12-14页 |
| ABSTRACT | 第14-15页 |
| ABBREVIATION | 第16-18页 |
| CHAPTER Ⅰ Novel attributions of TREMs in immunity | 第18-30页 |
| 1.1 Abstract | 第18页 |
| 1.2 Introduction | 第18-20页 |
| 1.3 TREM pathway and its interaction with diseases | 第20-26页 |
| 1.3.1 TREM-1 | 第20-24页 |
| 1.3.2 TREM-2 | 第24-25页 |
| 1.3.3 TLT-1 | 第25页 |
| 1.3.4 TLT-2 | 第25-26页 |
| 1.4 TREM-1 and its epigenetic regulation | 第26-27页 |
| 1.5 TREM-1 modulation as therapeutic target | 第27-29页 |
| 1.6. Conclusion | 第29-30页 |
| CHAPTER Ⅱ Bioinformatics analysis of Snps obtained from GWAS analysis of functionaltraits in Holstein cows | 第30-54页 |
| 2.1 Background | 第30-31页 |
| 2.2 Gene Ontology | 第31-32页 |
| 2.2.1 Biological process | 第31页 |
| 2.2.2 Molecular function | 第31-32页 |
| 2.2.3 Cellular component | 第32页 |
| 2.2.4 Molecular pathways associated using KEGG pathway | 第32页 |
| 2.3 In Silico Analysis | 第32-33页 |
| 2.4 Material and Method | 第33-36页 |
| 2.4.1 Gene Ontology and KEGG Pathway Analysis | 第33-35页 |
| 2.4.2 Retrieval of SNPs | 第35页 |
| 2.4.3 Non-synonymous SNP Analysis | 第35页 |
| 2.4.4 Phylogenetic Analysis | 第35-36页 |
| 2.4.5 Structural Analysis | 第36页 |
| 2.4.6 Post Translational Modification Prediction Sites | 第36页 |
| 2.5 Results and Discussion | 第36-52页 |
| 2.5.1 Post GWAS Analysis | 第36-42页 |
| 2.5.1.1 Update study | 第36-38页 |
| 2.5.1.2 Gene ontology and KEGG pathway | 第38-42页 |
| 2.5.2 In silico Analysis | 第42-52页 |
| 2.5.2.1 SNP dataset | 第42-45页 |
| 2.5.2.2 Non-synonymous SNP analysis | 第45页 |
| 2.5.2.3 Conservation profile of non-synonymous SNPs | 第45-48页 |
| 2.5.2.4 Comparative modeling of non-synonymous SNPs | 第48-50页 |
| 2.5.2.5 Prediction of post-translational modification sites in TREM-1 | 第50-52页 |
| 2.6 Conclusion | 第52-54页 |
| CHAPTER Ⅲ Snps in splicing region and miRNA bBinding region of Bos Taurus Trem-1gene reveals its association with immunity | 第54-68页 |
| 3.1 Background | 第54页 |
| 3.2 Literature Review | 第54-58页 |
| 3.2.1 Chinese Holstein Cow | 第54页 |
| 3.2.2 Candidate gene | 第54-55页 |
| 3.2.3 Triggering receptor expressed on myeloid cells-1 (TREM-1) | 第55-56页 |
| 3.2.4 Polymerase Chain Reaction and Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) | 第56-57页 |
| 3.2.5 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) | 第57-58页 |
| 3.2.6. SNP Association Studies in functional traits | 第58页 |
| 3.3 Materials and Methods | 第58-63页 |
| 3.3.1 Material Research | 第58-60页 |
| 3.3.1.1 DNA Samples | 第58-59页 |
| 3.3.1.2 Equipment and Supplies | 第59页 |
| 3.3.1.3 Reagents and Solutions | 第59-60页 |
| 3.3.2 Methods | 第60-62页 |
| 3.3.2.1 Blood sample | 第60页 |
| 3.3.2.2 DNA extraction | 第60-61页 |
| 3.3.2.3 SNP Detection and genotyping | 第61-62页 |
| 3.3.3 Statistical Analysis | 第62-63页 |
| 3.4 Results | 第63-67页 |
| 3.4.1 SNPs in TREM-1 | 第63-64页 |
| 3.4.2 SNPs in Exonic region of TREM-1 | 第64页 |
| 3.4.3 rs109937179 and rs208224995 genotyping of TREM-1 | 第64-65页 |
| 3.4.4 Genotype Frequencies and Allele Frequencies of rs109937179 and rs208224995 | 第65页 |
| 3.4.5 Association Study of rs109937179 and rs208224995 with SCS and SCC | 第65-66页 |
| 3.4.6 Predicted location characteristic of rs109937179 and rs208224995, the miRNA binding site and splicing region | 第66-67页 |
| 3.5 Discussion | 第67页 |
| 3.6. Conclusion | 第67-68页 |
| CHAPTER Ⅳ The effects of TREM-1 expression in immunity | 第68-82页 |
| 4.1 Background | 第68页 |
| 4.2 Literature Review | 第68-71页 |
| 4.2.1 Macrophage cell lines | 第68-69页 |
| 4.2.2 Lipopolysaccharide (LPS)-treated RAW 264.7 cell lines | 第69-70页 |
| 4.2.3 Resveratrol | 第70-71页 |
| 4.3 Materials and Methods | 第71-73页 |
| 4.3.1 RAW 264.7 culture cell | 第71页 |
| 4.3.2 Transfection | 第71-72页 |
| 4.3.3 RNA extraction | 第72页 |
| 4.3.4 qPCR | 第72-73页 |
| 4.3.5 Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) | 第73页 |
| 4.3.6 Statistical analysis | 第73页 |
| 4.4 Results | 第73-80页 |
| 4.4.1 Optimization of RAW 264.7 cell culture | 第73-74页 |
| 4.4.2 The effect of TREM-1 expression level on cell survival against LPS | 第74-76页 |
| 4.4.3 The effect of TREM-1 expression on cytokine expression | 第76页 |
| 4.4.4 TREM-1 gene expression influence pro-inflammatory cytokine production in LPS treated cell | 第76-78页 |
| 4.4.5 TREM-1 mediates mouse survival rate and immune cell count | 第78-80页 |
| 4.5 Discussion | 第80-81页 |
| 4.6 Conclusion | 第81-82页 |
| THESIS CONCLUSION AND FUTURE PROSPECTIVES | 第82-83页 |
| REFERENCES | 第83-97页 |
| LIST OF PUBLICATION | 第97-98页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第98-99页 |
