| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 (蛋白质结构和功能以及疾病药物设计研究背景概述) | 第12-28页 |
| 1.1 蛋白质的结构和功能 | 第12-18页 |
| 1.2 蛋白质和小分子相互作用的研究 | 第18-20页 |
| 1.3 计算机分子动力学和药物分子设计概述 | 第20-21页 |
| 1.4 大环内酯抗生素的研究进展和意义 | 第21-24页 |
| 1.5 端锚聚合酶和抑制剂的概述 | 第24-28页 |
| 第二章 理论和方法(分子动力学理论和方法介绍) | 第28-36页 |
| 2.1 分子动力学模拟的基本理论 | 第28-30页 |
| 2.1.1 分子力场 | 第28-29页 |
| 2.1.2 分子力学 | 第29-30页 |
| 2.2 分子动力学 | 第30-34页 |
| 2.3 AMBER软件 | 第34-36页 |
| 第三章 大环内酯传感器蛋白和抗生素结合的分子动力学研究 | 第36-60页 |
| 3.1 前言 | 第36-38页 |
| 3.2 材料和计算方法 | 第38-41页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第41-56页 |
| 3.3.1 轨迹的稳定性分析 | 第41-43页 |
| 3.3.2 蛋白的原子旋转半径分析 | 第43-44页 |
| 3.3.3 蛋白质柔性分析 | 第44-45页 |
| 3.3.4 HelixI的蛋白二级结构迁移 | 第45-49页 |
| 3.3.5 活性位点的空间距离分析 | 第49-51页 |
| 3.3.6 结合自由能计算 | 第51-52页 |
| 3.3.7 结合自由能分解 | 第52-55页 |
| 3.3.8 H-bond和结合模式分析 | 第55-56页 |
| 3.4 结论 | 第56-60页 |
| 第四章 端锚聚合酶和小分子抑制剂的结合的分子动力学研究 | 第60-80页 |
| 4.1 引言 | 第60-62页 |
| 4.2 材料和计算方法 | 第62-65页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第65-76页 |
| 4.3.1 结合自由能计算 | 第65-69页 |
| 4.3.2 氢键分析 | 第69-70页 |
| 4.3.3 自由能分解和结合模式的分析 | 第70-75页 |
| 4.3.4 活性位点的构象动力学 | 第75-76页 |
| 4.4 结果 | 第76-80页 |
| 第五章 总结和展望 | 第80-84页 |
| 5.1 前言 | 第80页 |
| 5.2 抗生素耐药性研究总结和展望 | 第80-82页 |
| 5.3 端锚聚合酶和抑制剂相互作用的研究总结和展望 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-100页 |
| 致谢 | 第100-102页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第102页 |
