| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-32页 |
| 1.1 课题提出 | 第13-14页 |
| 1.2 前人研究进展 | 第14-30页 |
| 1.2.1 植物miRNA研究进展 | 第14-22页 |
| 1.2.1.1 植物sRNAs的分类 | 第14-15页 |
| 1.2.1.2 植物miRNA的生物合成和作用机制 | 第15-18页 |
| 1.2.1.3 植物miRNA的保守性与注释 | 第18-20页 |
| 1.2.1.4 植物miRNA的生物学功能 | 第20-22页 |
| 1.2.2 参与植物果实发育的调控因子 | 第22-27页 |
| 1.2.2.1 参与调控植物果实发育的几类转录因子 | 第22-24页 |
| 1.2.2.2 参与植物果实发育的miRNA | 第24-27页 |
| 1.2.3 植物次级siRNA研究进展 | 第27-29页 |
| 1.2.4 柑橘miRNA研究进展 | 第29-30页 |
| 1.3 本研究的目的和研究内容 | 第30-32页 |
| 第二章 柑橘miRNA及其靶基因的挖掘 | 第32-57页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 材料方法 | 第33-37页 |
| 2.2.1 实验材料的获得 | 第33页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第33-37页 |
| 2.2.2.1 柑橘组织RNA提取 | 第33页 |
| 2.2.2.2 sRNA文库与降解组文库构建与测序 | 第33-34页 |
| 2.2.2.3 sRNA组及降解组测序数据初步处理 | 第34-35页 |
| 2.2.2.4 sRNA组测序数据生物信息学分析 | 第35-37页 |
| 2.2.2.5 降解组测序数据生物信息学分析 | 第37页 |
| 2.3 结果与分析 | 第37-55页 |
| 2.3.1 甜橙miRNA挖掘 | 第37-45页 |
| 2.3.2 柚子miRNA挖掘 | 第45-50页 |
| 2.3.3 甜橙miRNA靶基因鉴定 | 第50-55页 |
| 2.4 讨论 | 第55-57页 |
| 2.4.1 影响高通量sRNA组学测序鉴定miRNA的因素 | 第55页 |
| 2.4.2 影响降解组数据挖掘miRNA靶基因的因素 | 第55-56页 |
| 2.4.3 甜橙miRNA和柚子miRNA有各自的表达特点 | 第56-57页 |
| 第三章 甜橙果实发育相关miRNA及靶基因的鉴定及功能分析 | 第57-79页 |
| 3.1 引言 | 第57-58页 |
| 3.2 材料方法 | 第58-63页 |
| 3.2.1 实验材料的获得 | 第58页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第58-63页 |
| 3.2.2.1 小分子RNA脉冲反转录及定量PCR | 第58页 |
| 3.2.2.2 小分子RNA northern杂交 | 第58-59页 |
| 3.2.2.3 靶基因反转录及定量PCR | 第59-60页 |
| 3.2.2.4 5’ RACE验证miRNA介导的靶基因降解位点 | 第60页 |
| 3.2.2.5 烟草瞬时表达体系验证miRNA及靶基因的互作 | 第60-61页 |
| 3.2.2.6 miRNA及靶基因mimic超表达载体的构建 | 第61-62页 |
| 3.2.2.7 农杆菌介导的柑橘上胚轴遗传转化 | 第62-63页 |
| 3.2.2.8 柑橘叶片总DNA提取以及转基因植株阳性鉴定 | 第63页 |
| 3.3 结果分析 | 第63-75页 |
| 3.3.1 甜橙叶片、花以及果实高表达miRNA的鉴定 | 第63-66页 |
| 3.3.2 果实发育相关miRNA、靶基因的鉴定及表达模式分析 | 第66-70页 |
| 3.3.3 Csi-miR164及靶基因mimic超表达早实枳系的获得及鉴定 | 第70-72页 |
| 3.3.4 Csi-miR477a-3p及靶基因mimic超表达山金柑系的获得、鉴定及表型观察 | 第72-75页 |
| 3.4 讨论 | 第75-79页 |
| 3.4.1 Csi-miR164的功能分析 | 第75-77页 |
| 3.4.2 Csi-miR477a-3p的功能分析 | 第77-79页 |
| 第四章 甜橙phasiRNA的预测、鉴定及功能分析 | 第79-96页 |
| 4.1 引言 | 第79-80页 |
| 4.2 材料方法 | 第80-83页 |
| 4.2.1 实验材料的获得 | 第80页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第80-83页 |
| 4.2.2.1 甜橙次级siRNA及靶基因鉴定的生物信息学流程 | 第80-81页 |
| 4.2.2.2 小分子RNA脉冲反转录及定量PCR | 第81-82页 |
| 4.2.2.3 phasiRNA靶基因反转录及定量PCR | 第82-83页 |
| 4.2.2.4 miRNA及靶基因mimic超表达载体的构建 | 第83页 |
| 4.2.2.5 农杆菌介导的柑橘上胚轴遗传转化 | 第83页 |
| 4.2.2.6 柑橘叶片总DNA提取以及转基因植株阳性鉴定 | 第83页 |
| 4.3 结果分析 | 第83-93页 |
| 4.3.1 甜橙phasiRNA的挖掘 | 第83-85页 |
| 4.3.2 甜橙phasiRNA靶基因的挖掘 | 第85-86页 |
| 4.3.3 Csi-miR3954a及靶基因mimic超表达山金柑系的获得、鉴定及表型观察 | 第86-90页 |
| 4.3.4 Csi-miR3954a触发产生的phasiRNA及其靶基因的鉴定和表达分析 | 第90-93页 |
| 4.4 讨论 | 第93-96页 |
| 4.4.1 甜橙中潜在的TAS基因 | 第93-94页 |
| 4.4.2 Csi-miR3954a及其靶基因产生phasiRNA的功能分析 | 第94-96页 |
| 第五章 结论与展望 | 第96-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 附录 | 第111-145页 |
| 附录Ⅰ 部分实验方法 | 第111-114页 |
| 附录Ⅰ方法 1 target-finder.forall.wl.pl脚本内容 | 第111页 |
| 附录Ⅰ方法 25’RACE扩增mRNA（靶基因）降解位置序列 | 第111-114页 |
| 附录Ⅱ 附表 | 第114-144页 |
| 附录Ⅲ 发表论文列表 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145-147页 |
