| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第10-28页 |
| 1.1 甾体类物质及甾药中间体 | 第10-13页 |
| 1.1.1 体类化合物 | 第10-11页 |
| 1.1.2 甾体类化合物的分类与生理功能 | 第11-13页 |
| 1.2 甾药中间体及其生物化学合成 | 第13-14页 |
| 1.2.1 甾体化合物的化学合成 | 第14页 |
| 1.2.2 甾体化合物的微生物转化 | 第14页 |
| 1.3 甾体微生物转化反应类型 | 第14-18页 |
| 1.3.1 微生物转化甾体化合物的位置及类型 | 第15-16页 |
| 1.3.2 几种重要的甾体微生物转化反应 | 第16-18页 |
| 1.4 微生物降解植物甾醇侧链制备AD | 第18-25页 |
| 1.4.1 AD及植物甾醇简介 | 第18-19页 |
| 1.4.2 AD制备的途径与方法 | 第19-20页 |
| 1.4.3 微生物降解动物植物甾醇机理 | 第20-23页 |
| 1.4.4 微生物转化甾醇生成雄烯二酮的研究现状 | 第23-25页 |
| 1.5 高通量测序研究进展 | 第25-26页 |
| 1.5.1 第一代测序技术 | 第25页 |
| 1.5.2 第二代测序技术 | 第25页 |
| 1.5.3 第三代测序技术 | 第25-26页 |
| 1.6 本论文的研究目的和主要研究内容 | 第26-28页 |
| 1.6.1 研究背景 | 第26-27页 |
| 1.6.2 本研究主要内容 | 第27-28页 |
| 第二章 Mycobacterium neoaurum MN2和MN4全基因组测序及初步分析 | 第28-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-29页 |
| 2.1.1 菌株 | 第28页 |
| 2.1.2 培养基和培养条件 | 第28-29页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第29页 |
| 2.1.4 主要实验仪器与设备 | 第29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 新金分枝杆菌的培养与基因组DNA提取 | 第29-30页 |
| 2.2.2 基因组的文库构建与测序流程 | 第30页 |
| 2.2.3 基因组组装 | 第30-31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-34页 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.3.2 基因组文库构建与测序结果 | 第32-33页 |
| 2.3.3 基因组组装结果 | 第33-34页 |
| 2.4 小结 | 第34-36页 |
| 第三章 Mycobacterium neoaurum MN2和MN4比较基因组学分析 | 第36-52页 |
| 3.1 材料 | 第36-37页 |
| 3.1.1 主要分析的软件 | 第36-37页 |
| 3.1.2 主要使用的数据库 | 第37页 |
| 3.2 方法 | 第37-39页 |
| 3.2.1 基因组分析 | 第37-38页 |
| 3.2.2 重测序分析 | 第38-39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-50页 |
| 3.3.1 基因组分析 | 第39-46页 |
| 3.3.1.1 基因组的基本特征 | 第39-40页 |
| 3.3.1.2 次级代谢基因簇分析 | 第40-42页 |
| 3.3.1.3 COG 注释及聚类分析 | 第42-43页 |
| 3.3.1.4 GO 功能注释分析 | 第43-45页 |
| 3.2.1.5 甾醇降解关键基因簇分析 | 第45-46页 |
| 3.3.2 重测序分析 | 第46-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 Mycobacterium neoaurum MN2和MN4比较转录组学分析 | 第52-66页 |
| 4.1 材料 | 第52页 |
| 4.1.1 实验菌株与培养 | 第52页 |
| 4.2 主要试剂与仪器 | 第52-54页 |
| 4.2.1 溶液配制 | 第52页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第52-53页 |
| 4.2.3 主要设备与仪器 | 第53-54页 |
| 4.3 实验方法 | 第54-58页 |
| 4.3.1 转化产物检测与分析 | 第54页 |
| 4.3.2 AD与的标准曲线与ADD的标准曲线 | 第54-55页 |
| 4.3.3 RNA的提取与检测 | 第55-56页 |
| 4.3.4 cDNA文库的构建及RNA-seq高通量测序 | 第56页 |
| 4.3.5 RNA-seq高通量测序原始数据的质控 | 第56-57页 |
| 4.3.6 表达差异基因分析 | 第57-58页 |
| 4.4 结果与分析 | 第58-65页 |
| 4.4.1 产物AD和ADD的HPLC检测 | 第58-59页 |
| 4.4.2 RNA-seq高通量测序结果的数据质控 | 第59页 |
| 4.4.3 表达差异分析 | 第59-62页 |
| 4.4.4 基因GO功能富集 | 第62-64页 |
| 4.4.5 KEGG pathway生物通路分析 | 第64-65页 |
| 4.5 小结 | 第65-66页 |
| 第五章 结论与展望 | 第66-68页 |
| 5.1 结论 | 第66-67页 |
| 5.2 展望 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 附录 | 第76-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 在读期间公开发表论文（著）及科研情况 | 第82页 |
