| Acknowledgements | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| Contents | 第14-16页 |
| Chapter 1 Introduction | 第16-19页 |
| Chapter 2 Literature Review | 第19-29页 |
| 2.1 Advance of genetic research in cotton | 第19-23页 |
| 2.1.1 Introduction of cotton | 第19页 |
| 2.1.2 SSR marker of cotton | 第19-20页 |
| 2.1.3 QTL mapping of yield and fiber traits | 第20-22页 |
| 2.1.4 Association mapping of yield and fiber traits | 第22-23页 |
| 2.2 Research summaries of association mapping | 第23-27页 |
| 2.2.1 Procedure for association mapping | 第23页 |
| 2.2.2 Methods for association mapping | 第23-24页 |
| 2.2.3 The software for association mapping | 第24-25页 |
| 2.2.4 The problem of missing heritability in association mapping | 第25-26页 |
| 2.2.5 The prospect in association mapping | 第26-27页 |
| 2.3 Research approach of this study | 第27-29页 |
| Chapter 3 Association mapping of fiber quality traitsin 323 Upland cotton | 第29-48页 |
| 3.1 Materials and methods | 第29-33页 |
| 3.1.1 Plant materials and experiment design | 第29-30页 |
| 3.1.2 Phenotypic analyses | 第30页 |
| 3.1.3 Statistical method | 第30-31页 |
| 3.1.4 Analysis of SSR markers | 第31-32页 |
| 3.1.5 Association analysis | 第32-33页 |
| 3.2 Results | 第33-42页 |
| 3.2.1 Estimated heritability for three fiber traits | 第33-35页 |
| 3.2.2 UHML | 第35-37页 |
| 3.2.3 STR | 第37-39页 |
| 3.2.4 MIC | 第39-41页 |
| 3.2.5 The common loci shared in three fiber traits | 第41-42页 |
| 3.3 Discussion | 第42-46页 |
| 3.3.1 Comparison of mapping results with the results of pervious studies | 第42-43页 |
| 3.3.2 Epistasis and environmental interaction | 第43-45页 |
| 3.3.3 Analysis of A sub-genome and D sub-genome | 第45页 |
| 3.3.4 Pleiotropy and application in crop improvement | 第45-46页 |
| 3.4 Conclusion | 第46-48页 |
| Chapter 4 Association mapping of fiber traits in 39 diverse cultivars and 178 F_1 hybrids ofUpland cotton | 第48-62页 |
| 4.1 Materials and methods | 第48-51页 |
| 4.1.1 Parent selection and experimental procedure | 第48页 |
| 4.1.2 DNA extraction and SSR marker screening | 第48-49页 |
| 4.1.3 Statistical analysis | 第49-51页 |
| 4.1.4 Association analysis | 第51页 |
| 4.2 Results | 第51-60页 |
| 4.2.1 Estimated heritability and predicted genetic effects | 第51-57页 |
| 4.2.2 Predicted genetic effects for different genotypes | 第57-60页 |
| 4.3 Discussion | 第60-61页 |
| 4.4 Conclusion | 第61-62页 |
| Chapter 5 Association mapping of yield traits in 39 diverse cultivars and 178 F_1 hybrids ofUpland cotton | 第62-70页 |
| 5.1 Materials and methods | 第62页 |
| 5.2 Results | 第62-68页 |
| 5.2.1 Estimated heritability of lint yield and yield components | 第62-63页 |
| 5.2.2 Highly significant QTSs detected for four traits | 第63页 |
| 5.2.3 Predicted genetic effects for different genotypes | 第63-68页 |
| 5.3 Discussion | 第68-69页 |
| 5.4 Conclusion | 第69-70页 |
| Reference | 第70-79页 |
