| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 1 引言 | 第13-33页 |
| 1.1 木薯在世界热区的重要地位与作用 | 第14-18页 |
| 1.1.1 木薯是世界热区重要的粮食作物 | 第14-15页 |
| 1.1.1.1 木薯是全球8亿人口赖以生存的食粮 | 第14页 |
| 1.1.1.2 木薯是我国粮食安全的有效补充 | 第14-15页 |
| 1.1.2 木薯是我国重要的淀粉加工和生物质能源作物 | 第15-17页 |
| 1.1.2.1 木薯是我国重要的淀粉加工原料作物 | 第15-16页 |
| 1.1.2.2 木薯是我国重要生物质能源作物 | 第16-17页 |
| 1.1.3 木薯是我国重要的饲养作物 | 第17-18页 |
| 1.2 世界热区木薯生产及贸易概况 | 第18-20页 |
| 1.2.1 世界热区木薯生产概况 | 第18-19页 |
| 1.2.2 国际木薯贸易概况 | 第19-20页 |
| 1.3 木薯育种技术发展趋势 | 第20-23页 |
| 1.3.1 木薯种质资源引进和利用是培育优良木薯品种的源泉 | 第20-21页 |
| 1.3.2 木薯杂交选育种是当今新品种的主要来源 | 第21页 |
| 1.3.3 分子育种成为木薯育种的重要辅助手段 | 第21-23页 |
| 1.4 木薯淀粉积累研究进展 | 第23-27页 |
| 1.4.1 淀粉结构 | 第23-25页 |
| 1.4.2 淀粉生物合成 | 第25-26页 |
| 1.4.3 淀粉合成的调控酶 | 第26-27页 |
| 1.5 转录组研究技术 | 第27-31页 |
| 1.5.1 转录组 | 第27-28页 |
| 1.5.2 测序技术平台 | 第28-29页 |
| 1.5.2.1 Roche/454测试平台 | 第28页 |
| 1.5.2.2 Illumina/Solexa测试平台 | 第28-29页 |
| 1.5.2.3 ABI/SOLiD测试平台 | 第29页 |
| 1.5.2.4 Helicos/HeliScope测试平台 | 第29页 |
| 1.5.3 RNA-seq技术 | 第29-31页 |
| 1.5.3.1 RNA-seq技术的测序流程 | 第30页 |
| 1.5.3.2 RNA-seq技术的主要优势 | 第30页 |
| 1.5.3.3 RNA-seq技术的主要用途 | 第30-31页 |
| 1.6 木薯野生种和栽培种块根转录组研究的重要性 | 第31-33页 |
| 1.6.1 木薯野生种的分化与驯化 | 第31-32页 |
| 1.6.2 木薯野生种和栽培种的表型特性 | 第32页 |
| 1.6.3 木薯野生种和栽培种块根转录组研究的重要性 | 第32-33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-42页 |
| 2.1 材料与试剂 | 第33-35页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 2.1.2 实验主要试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.3 实验主要仪器 | 第35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-42页 |
| 2.2.1 木薯淀粉含量测定 | 第35页 |
| 2.2.2 木薯块根扫描电镜观察 | 第35-36页 |
| 2.2.3 木薯块根RNA提取 | 第36页 |
| 2.2.4 木薯块根转录组测序 | 第36-38页 |
| 2.2.5 测序数据分析 | 第38-42页 |
| 2.2.5.1 数据过滤与组装 | 第38-39页 |
| 2.2.5.2 功能注释及COG分类 | 第39-40页 |
| 2.2.5.3 预测编码蛋白框(CDS) | 第40页 |
| 2.2.5.4 Unigene代谢通路分析 | 第40页 |
| 2.2.5.5 Unigene表达差异分析 | 第40-41页 |
| 2.2.5.6 SSR分析 | 第41页 |
| 2.2.5.7 SNP分析 | 第41-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-83页 |
| 3.1 四种木薯块根的淀粉含量测定 | 第42页 |
| 3.2 四种木薯块根的电镜观察 | 第42-44页 |
| 3.3 RNA提取检测结果 | 第44-47页 |
| 3.4 数据组装结果 | 第47-53页 |
| 3.5 NR库注释 | 第53-54页 |
| 3.6 COG库注释 | 第54-56页 |
| 3.7 Unigene的GO分类 | 第56-57页 |
| 3.8 Unigene代谢通路分析 | 第57-63页 |
| 3.9 CDS预测结果 | 第63-66页 |
| 3.9.1 CDS序列 | 第63-65页 |
| 3.9.2 CDS预测蛋白序列 | 第65-66页 |
| 3.10 野生种与栽培种Unigene的差异表达分析 | 第66-79页 |
| 3.10.1 差异表达分析 | 第66-69页 |
| 3.10.2 差异Unigene的GO功能分析 | 第69-72页 |
| 3.10.3 Pathway富集分析 | 第72-79页 |
| 3.11 SSR在转录组中的分布特点 | 第79-81页 |
| 3.12 SNP分析 | 第81-83页 |
| 4 讨论 | 第83-89页 |
| 4.1 转录组分析挖掘新基因及预测其功能 | 第83-84页 |
| 4.2 转录组分析揭示木薯重要生物代谢调控网络 | 第84-87页 |
| 4.3 转录组分析可开发木薯重要SSR和SNP分子标记 | 第87-88页 |
| 4.4 转录组分析可提供木薯野生种到栽培种的分子进化证据 | 第88-89页 |
| 5 结论 | 第89-91页 |
| 创新之处 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-101页 |
| 缩略词 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 附录 | 第103页 |
