| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 1 引言 | 第13页 |
| 2 文献综述 | 第13-19页 |
| 2.1 土壤理化指标与植物土传病害发生的研究 | 第14-15页 |
| 2.1.1 土壤温度 | 第14页 |
| 2.1.2 土壤质地 | 第14页 |
| 2.1.3 土壤含水量 | 第14-15页 |
| 2.1.4 土壤养分 | 第15页 |
| 2.2 土壤微生物对植物土传病害影响的研究 | 第15-16页 |
| 2.2.1 竞争作用 | 第15-16页 |
| 2.2.2 拮抗作用 | 第16页 |
| 2.2.3 微生物群落结构对病害的抑制作用 | 第16页 |
| 2.3 土壤微生物群落研究技术现状 | 第16-19页 |
| 2.3.1 传统的微生物研究方法 | 第16-17页 |
| 2.3.2 BIOLOG微平板方法 | 第17页 |
| 2.3.3 PLFA图谱分析 | 第17页 |
| 2.3.4 分子生物学方法 | 第17-19页 |
| 2.3.4.1 PCR-DGGE | 第18页 |
| 2.3.4.2 454 焦磷酸测序技术 | 第18-19页 |
| 2.4 本研究的意义 | 第19页 |
| 3 土壤理化特性对姜瘟病发病的影响研究 | 第19-27页 |
| 3.1 研究区概况 | 第19-20页 |
| 3.2 研究方法 | 第20-21页 |
| 3.2.1 试验设计 | 第20页 |
| 3.2.2 土壤含水量、温度和发病率监测 | 第20页 |
| 3.2.3 土壤理化性质测定 | 第20-21页 |
| 3.2.4 数据处理 | 第21页 |
| 3.3 结果与分析 | 第21-25页 |
| 3.3.1 土壤含水量、温度对姜瘟病发生的影响 | 第21-22页 |
| 3.3.1.1 土壤含水量对姜瘟病发生的影响 | 第21-22页 |
| 3.3.1.2 土壤温度对姜瘟病发生的影响 | 第22页 |
| 3.3.2 土壤养分含量对姜瘟病发生的影响 | 第22-23页 |
| 3.3.3 多元线性回归分析 | 第23-24页 |
| 3.3.4 主成分(PCA)分析 | 第24-25页 |
| 3.4 讨论 | 第25-26页 |
| 3.4.1 土壤温度和含水量与姜瘟病发生 | 第25页 |
| 3.4.2 速效磷和速效氮含量 | 第25-26页 |
| 3.5 小结 | 第26-27页 |
| 4 生姜种植土壤细菌群落454焦磷酸测序 | 第27-43页 |
| 4.1 材料与方法 | 第27-30页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第27页 |
| 4.1.2 引物设计 | 第27-28页 |
| 4.1.3 样本处理 | 第28-29页 |
| 4.1.3.1 土壤理化性质测定 | 第28页 |
| 4.1.3.2 土壤总DNA提取 | 第28页 |
| 4.1.3.3 目标片段PCR扩增 | 第28-29页 |
| 4.1.3.4 PCR产物检测和回收 | 第29页 |
| 4.1.3.5 纯化和定量 | 第29页 |
| 4.1.3.6 混样 | 第29页 |
| 4.1.4 上机测序 | 第29页 |
| 4.1.5 CCA分析 | 第29-30页 |
| 4.2 结果与分析 | 第30-39页 |
| 4.2.1 土壤样品含水量和理化性质 | 第30页 |
| 4.2.2 454测序数据预处理及有效数据统计 | 第30-31页 |
| 4.2.2.1 数据预处理方法 | 第30页 |
| 4.2.2.2 有效数据统计 | 第30-31页 |
| 4.2.3 操作分类单元(OTU)分类及Alpha评估 | 第31-32页 |
| 4.2.4 在门(Phylum)分类水平上细菌类群分布 | 第32-33页 |
| 4.2.5 在纲(class)分类水平细菌类群变化 | 第33-34页 |
| 4.2.6 在目(order)分类水平细菌类群变化 | 第34-36页 |
| 4.2.7 在科(family)分类水平上细菌类群变化 | 第36-37页 |
| 4.2.8 在属(Genus)分类水平细菌类群变化 | 第37-38页 |
| 4.2.9 CCA分析 | 第38-39页 |
| 4.3 讨论 | 第39-41页 |
| 4.3.1 生姜非根际与根际土壤细菌群落变化 | 第39-41页 |
| 4.3.2 土壤环境因子对细菌群落变化的影响 | 第41页 |
| 4.4 小结 | 第41-43页 |
| 5. 乐山假单胞菌的分离鉴定 | 第43-52页 |
| 5.1 材料与方法 | 第43-47页 |
| 5.1.1 供试菌株 | 第43页 |
| 5.1.2 培养基 | 第43页 |
| 5.1.3 表型特征分析 | 第43-44页 |
| 5.1.3.1 形态学特征 | 第43页 |
| 5.1.3.2 培养及生理特征 | 第43-44页 |
| 5.1.3.3 生化特征测定 | 第44页 |
| 5.1.4 脂肪酸分析 | 第44-45页 |
| 5.1.4.1 试剂的配制 | 第44页 |
| 5.1.4.2 提取方法 | 第44-45页 |
| 5.1.4.3 气相色谱测定 | 第45页 |
| 5.1.5 16S rDNA序列分析 | 第45-46页 |
| 5.1.5.1 菌株DNA提取DNA提取 | 第45页 |
| 5.1.5.2 菌株16S rDNA序列扩增 | 第45-46页 |
| 5.1.5.3 菌株的分子鉴定及系统发育树构建 | 第46页 |
| 5.1.6 DNA-DNA杂交 | 第46-47页 |
| 5.1.6.1 DNA提取 | 第46-47页 |
| 5.1.6.2 DNA质量检测 | 第47页 |
| 5.1.6.3 G+Cmol%测定 | 第47页 |
| 5.1.6.4 DNA-DNA杂交 | 第47页 |
| 5.2 结果与分析 | 第47-51页 |
| 5.2.1 形态学特征 | 第47页 |
| 5.2.2 生理生化特征 | 第47-49页 |
| 5.2.3 脂肪酸分析 | 第49-50页 |
| 5.2.4 菌株的分子鉴定及系统发育树构建 | 第50-51页 |
| 5.2.5 DNA-DNA杂交 | 第51页 |
| 5.3 结论与讨论 | 第51页 |
| 5.4 乐山假单胞菌(Pseudomonas leshanense)的描述 | 第51-52页 |
| 6. 全文结论与研究建议 | 第52-53页 |
| 6.1 全文结论 | 第52页 |
| 6.2 研究建议 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 附录：各分类单元详细丰度列表 | 第62-76页 |
| 攻读学位期间所获得科研成果 | 第76页 |
