基于高通量RNA-seq数据的水稻亚种特异性编码基因鉴定及长非编码RNA识别
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-20页 |
| 1.1 转录组学研究概述 | 第9-15页 |
| 1.1.1 转录组学 | 第9页 |
| 1.1.2 转录组测序技术的发展 | 第9-14页 |
| 1.1.3 转录组研究的内容及现状 | 第14-15页 |
| 1.2 长非编码RNA研究概述 | 第15-17页 |
| 1.2.1 长非编码RNA的研究背景 | 第15页 |
| 1.2.2 长非编码RNA的分类 | 第15-16页 |
| 1.2.3 长非编码RNA的识别 | 第16-17页 |
| 1.3 禾本科植物转录组学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.1 水稻的功能基因挖掘 | 第17-18页 |
| 1.3.2 禾本科长非编码RNA的研究 | 第18页 |
| 1.4 研究目的及内容 | 第18-20页 |
| 2 材料和方法 | 第20-26页 |
| 2.1 实验数据 | 第20页 |
| 2.2 生物信息学软件 | 第20-22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-26页 |
| 2.3.1 数据的预处理 | 第22页 |
| 2.3.2 转录组组装 | 第22-23页 |
| 2.3.3 预测新的编码基因 | 第23页 |
| 2.3.4 泛基因组完整性的验证 | 第23-24页 |
| 2.3.5 新基因的功能注释 | 第24页 |
| 2.3.6 籼、粳稻编码基因同源性分析 | 第24页 |
| 2.3.7 简单重复序列的识别 | 第24-25页 |
| 2.3.8 长非编码RNA的预测 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-45页 |
| 3.1 数据的质量控制 | 第26-28页 |
| 3.2 新转录本的识别 | 第28-30页 |
| 3.2.1 De novo组装结果 | 第28-29页 |
| 3.2.2 新转录本的识别及序列特征 | 第29-30页 |
| 3.3 新编码基因预测及注释 | 第30-39页 |
| 3.3.1 新编码基因的预测 | 第30-31页 |
| 3.3.2 泛基因组完整性的验证 | 第31-33页 |
| 3.3.3 新编码基因的功能注释 | 第33-37页 |
| 3.3.4 逆境胁迫相关功能基因 | 第37-39页 |
| 3.4 籼、粳稻编码基因的同源性分析 | 第39-40页 |
| 3.5 简单重复序列分析 | 第40-43页 |
| 3.6 长非编码RNA预测 | 第43-45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| 5 总结与展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 附录 | 第53-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
