| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-17页 |
| 1.1 研究西尼罗病毒与人类蛋白相互作用的意义 | 第10-11页 |
| 1.1.1 西尼罗病毒的危害及研究背景 | 第10页 |
| 1.1.2 西尼罗病毒-人类蛋白相互作用研究现状 | 第10-11页 |
| 1.2 蛋白质相互作用数据库 | 第11-12页 |
| 1.3 病毒-宿主蛋白相互作用研究方法 | 第12-15页 |
| 1.3.1 基于蛋白进化信息的方法 | 第13页 |
| 1.3.2 基于结构相似性的方法 | 第13-14页 |
| 1.3.3 基于结构域互作的方法 | 第14页 |
| 1.3.4 基于机器学习的方法 | 第14-15页 |
| 1.4 抗西尼罗病毒药物研发的现状 | 第15-16页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第16-17页 |
| 2 材料和方法 | 第17-27页 |
| 2.1 数据来源 | 第17-19页 |
| 2.1.1 西尼罗病毒侵染相关数据 | 第17页 |
| 2.1.2 蛋白互作模板数据 | 第17-18页 |
| 2.1.3 药物及药物靶标数据库 | 第18-19页 |
| 2.2 西尼罗病毒与人类蛋白质互作网络的预测 | 第19-21页 |
| 2.2.1 人类和病毒蛋白质结构的获取 | 第19-20页 |
| 2.2.2 蛋白质结构比对与亚细胞共定位筛选 | 第20-21页 |
| 2.3 评价与分析蛋白质相互作用网络 | 第21-24页 |
| 2.3.1 预测方法准确性的评价 | 第22页 |
| 2.3.2 靶标拓扑属性的分析 | 第22-23页 |
| 2.3.3 三联体临近性和共表达的分析 | 第23-24页 |
| 2.3.4 靶标蛋白进化速率的分析 | 第24页 |
| 2.4 GO和KEGG富集分析 | 第24-25页 |
| 2.5 西尼罗病毒和登革热病毒特异靶标与共同靶标的识别 | 第25-26页 |
| 2.5.1 两种病毒蛋白结构的比较 | 第25页 |
| 2.5.2 两种类型靶标特征的比较 | 第25-26页 |
| 2.6 抗西尼罗病毒靶标及药物的发现 | 第26-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-45页 |
| 3.1 西尼罗病毒与人类蛋白的相互作用网络 | 第27-29页 |
| 3.2 蛋白质互作网络质量评估及分析 | 第29-35页 |
| 3.2.1 HIV-1 的验证及PPI结构相似性分析 | 第29-30页 |
| 3.2.2 西尼罗病毒侵染相关宿主因子的分析 | 第30-31页 |
| 3.2.3 靶标在种内互作网络中的拓扑属性分析 | 第31-33页 |
| 3.2.4 三联体临近性及共表达分析结果 | 第33-34页 |
| 3.2.5 靶标在蛋白质进化水平上的分析 | 第34-35页 |
| 3.3 靶标蛋白功能富集分析及通路分析 | 第35-40页 |
| 3.3.1 GO功能富集结果 | 第35-36页 |
| 3.3.2 Pathway富集分析 | 第36-40页 |
| 3.4 西尼罗病毒和登革热病毒特异靶标与共同靶标的分析 | 第40-43页 |
| 3.4.1 两种类型靶标的识别结果 | 第40-42页 |
| 3.4.2 两种类型靶标的特征分析 | 第42-43页 |
| 3.5 抗西尼罗病毒靶标及药物识别结果 | 第43-45页 |
| 3.5.1 抗西尼罗病毒靶标的识别结果 | 第43页 |
| 3.5.2 药物-靶标蛋白互作网络 | 第43-45页 |
| 4 总结与展望 | 第45-47页 |
| 4.1 总结 | 第45-46页 |
| 4.2 展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 附录 | 第52-55页 |
| 发表论文 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
