| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 1 前言 | 第10-25页 |
| 1.1 番茄简介 | 第10页 |
| 1.2 番茄果色的遗传研究 | 第10-12页 |
| 1.3 番茄果实的色素代谢研究 | 第12-19页 |
| 1.3.1 番茄果实中色素的种类及分布 | 第12-13页 |
| 1.3.2 类胡萝卜素的生理功能 | 第13-14页 |
| 1.3.3 植物类胡萝卜素的代谢途径研究 | 第14-16页 |
| 1.3.4 类胡萝卜素生物合成的关键酶 | 第16-18页 |
| 1.3.5 类胡萝卜素的提取和测定 | 第18-19页 |
| 1.4 番茄基因组计划 | 第19页 |
| 1.5 转录组学研究进展 | 第19-22页 |
| 1.5.1 转录组测序技术(RNA-Seq) | 第20-21页 |
| 1.5.2 数字基因表达谱测序技术(DGE) | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的意义与技术路线 | 第22-25页 |
| 1.6.1 本研究的目的意义 | 第23页 |
| 1.6.2 本研究的技术路线 | 第23-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-34页 |
| 2.1 遗传材料 | 第25页 |
| 2.2 仪器及试剂 | 第25-26页 |
| 2.3 实验材料的种植 | 第26页 |
| 2.4 色素分析 | 第26-27页 |
| 2.4.1 叶绿素的提取与分析 | 第26页 |
| 2.4.2 类胡萝卜素的提取 | 第26-27页 |
| 2.4.3 番茄红素标准曲线的绘制 | 第27页 |
| 2.4.4 β-胡萝卜素标准曲线的绘制 | 第27页 |
| 2.4.5 数据分析 | 第27页 |
| 2.5 番茄果实总RNA的提取 | 第27-28页 |
| 2.5.1 实验准备 | 第27-28页 |
| 2.5.2 总RNA提取方法 | 第28页 |
| 2.6 数字基因表达谱测序及分析 | 第28页 |
| 2.7 生物信息学分析 | 第28-31页 |
| 2.7.1 测序评估 | 第29页 |
| 2.7.2 基因表达量统计 | 第29-30页 |
| 2.7.3 差异表达基因筛选 | 第30页 |
| 2.7.4 Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第30-31页 |
| 2.7.5 Pathway显著性富集分析 | 第31页 |
| 2.8 半定量RT-PCR进行基因表达验证 | 第31-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-62页 |
| 3.1 番茄果实的色素比较研究 | 第34-38页 |
| 3.1.1 番茄果实发育的颜色表型比较 | 第34页 |
| 3.1.2 两种番茄果实发育过程的叶绿素含量变化 | 第34-35页 |
| 3.1.3 类胡萝卜素的光谱特性 | 第35-36页 |
| 3.1.4 两种番茄果肉中番茄红素含量的变化 | 第36-37页 |
| 3.1.5 两个品种番茄果实成熟过程中果肉中β-胡萝卜素含量的变化 | 第37页 |
| 3.1.6 小结 | 第37-38页 |
| 3.2 番茄果实的数字基因表达谱 | 第38-58页 |
| 3.2.1 测序数据统计 | 第38-39页 |
| 3.2.2 测序评估分析 | 第39-42页 |
| 3.2.3 基因表达量统计 | 第42-44页 |
| 3.2.4 差异表达基因筛选 | 第44-50页 |
| 3.2.5 Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第50-51页 |
| 3.2.6 差异基因表达模式聚类分析 | 第51-52页 |
| 3.2.7 不同发育阶段之间的差异表达基因 | 第52-53页 |
| 3.2.8 Pathway显著性富集分析 | 第53-58页 |
| 3.3 番茄果实总RNA的提取 | 第58页 |
| 3.4 差异基因的RT-PCR分析验证 | 第58-62页 |
| 4 讨论 | 第62-64页 |
| 4.1 番茄色素比较研究 | 第62页 |
| 4.2 数字表达谱测序技术在番茄果色研究中的应用 | 第62-63页 |
| 4.3 番茄黄果突变体的颜色形成的可能机制 | 第63-64页 |
| 5 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 附录 | 第73-81页 |
