| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1.1 PRG-1 蛋白是一种AGO类蛋白 | 第14-17页 |
| 1.2 piRNA与PIWI蛋白 | 第17-20页 |
| 1.2.1 piRNA的发现历程 | 第17-19页 |
| 1.2.2 piRNA | 第19页 |
| 1.2.3 线虫piRNA | 第19-20页 |
| 1.3 Piwi-piRNA复合物的功能 | 第20-25页 |
| 1.3.1 沉默转座子与Ping-Pong模型 | 第20-22页 |
| 1.3.2 线虫PRG-1 与piRNA的功能 | 第22-25页 |
| 1.4 研究的目的、意义与技术路线 | 第25-28页 |
| 第2章 相关实验操作技术 | 第28-40页 |
| 2.1 线虫培养 | 第28-33页 |
| 2.1.1 线虫的常规培养方法 | 第28-30页 |
| 2.1.2 线虫同步化培养 | 第30-33页 |
| 2.2 线虫total RNA提取 | 第33-37页 |
| 2.2.1 RNA提取过程 | 第33-34页 |
| 2.2.2 RNA浓度检测 | 第34页 |
| 2.2.3 RNA电泳检测RNA | 第34-36页 |
| 2.2.4 RNA电泳质量检测与测序 | 第36-37页 |
| 2.3 prg-1 基因的扩增 | 第37-40页 |
| 2.3.1 DNA提取方法 | 第37-38页 |
| 2.3.2 prg-1 基因结构与突变位置 | 第38-39页 |
| 2.3.3 引物设计和反应条件 | 第39-40页 |
| 第3章 秀丽隐杆线虫中新piRNA分析 | 第40-50页 |
| 3.1 分析过程与方法 | 第40-42页 |
| 3.1.1 piRNA寻找思路 | 第40-41页 |
| 3.1.2 线虫培养与小RNA提取测序 | 第41页 |
| 3.1.3 新piRNA预测流程 | 第41-42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-47页 |
| 3.2.1 线虫N2L4时期内含有大量未知小RNA | 第42-44页 |
| 3.2.2 新piRNA的表达依赖PRG-1 | 第44-45页 |
| 3.2.3 新piRNA具有piRNA的结构特征 | 第45-47页 |
| 3.2.4 新piRNA与PRG-1 蛋白存在相互作用 | 第47页 |
| 3.3 结论 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-50页 |
| 3.4.1 增大测序通量有助于发现低表达的小RNA | 第48页 |
| 3.4.2 新piRNA可能具有招募 22G RNA合成的功能 | 第48页 |
| 3.4.3 piRNA前体有多种加工产物 | 第48-50页 |
| 第4章 prg-1 基因对小RNA表达的影响 | 第50-58页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第50-51页 |
| 4.1.1 线虫培养与小RNA提取测序 | 第50页 |
| 4.1.2 数据分析流程 | 第50-51页 |
| 4.2 结果与分析 | 第51-56页 |
| 4.2.1 测序量统计 | 第51-52页 |
| 4.2.2 prg-1 影响多种小RNA的表达 | 第52-54页 |
| 4.2.3 ncRNA-like型小RNA来自miRNA或piRNA的前体 | 第54-56页 |
| 4.3 结论 | 第56-57页 |
| 4.4 讨论 | 第57-58页 |
| 第5章 PRG-1 对基因表达的影响 | 第58-82页 |
| 5.1 mRNA实验与数据分析流程 | 第58-60页 |
| 5.1.1 线虫培养与mRNA提前操作流程 | 第58-59页 |
| 5.1.2 数据分析流程 | 第59-60页 |
| 5.2 测序评估 | 第60-65页 |
| 5.2.1 测序质量评估 | 第60-61页 |
| 5.2.2 数据比对统计 | 第61-63页 |
| 5.2.3 测序饱和度与覆盖度分析分析 | 第63-65页 |
| 5.2.4 测序随机性分析 | 第65页 |
| 5.3 表达差异与功能分析 | 第65-78页 |
| 5.3.1 基因表达量 | 第65-67页 |
| 5.3.2 基因表达差异分析 | 第67-69页 |
| 5.3.3 Gene Ontology功能显著性富集分析与功能分类 | 第69-73页 |
| 5.3.4 KEGG Pathway显著性富集分析 | 第73-78页 |
| 5.4 结论 | 第78-80页 |
| 5.4.1 数据质量可信 | 第79页 |
| 5.4.2 prg-1 基因突变影响着大量基因的表达 | 第79页 |
| 5.4.3 差异表达基因涉及多个基因表达层面 | 第79-80页 |
| 5.5 讨论 | 第80-82页 |
| 第6章 prg-1 基因对m RNA降解的影响 | 第82-109页 |
| 6.1 降解组测序原理与数据分析原理 | 第82-84页 |
| 6.1.1 测序原理 | 第82-84页 |
| 6.1.2 数据分析原理 | 第84页 |
| 6.2 降解组数据分析结果 | 第84-87页 |
| 6.2.1 数据分析流程 | 第84-85页 |
| 6.2.2 转录组数据质量可行 | 第85-86页 |
| 6.2.3 降解组数据匹配分析 | 第86-87页 |
| 6.3 靶基因预测与降解组序列 | 第87-96页 |
| 6.3.1 miRNA靶基因与降解组序列 | 第87-90页 |
| 6.3.2 piRNA靶基因与降解组序列 | 第90-95页 |
| 6.3.3 小结 | 第95-96页 |
| 6.4 其它sRNA与降解片段 | 第96-106页 |
| 6.4.1 降解片段附近存在互补sRNA的富集现象 | 第96-97页 |
| 6.4.2 mRNA的降解受到未知小RNA的影响 | 第97-99页 |
| 6.4.3 降解片段基因与生殖基因相关类基因 | 第99-106页 |
| 6.4.4 10nt sRNA序列特点 | 第106页 |
| 6.5 结论 | 第106-107页 |
| 6.6 讨论 | 第107-109页 |
| 第7章 结论 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-116页 |
| 附录 | 第116-125页 |
| 附1 新piRNA序列 | 第116-117页 |
| 附2 miRNA-like序列 | 第117-118页 |
| 附3 piRNA-like序列 | 第118-119页 |
| 附4 受prg-1 影响最大的基因 | 第119-122页 |
| 附5 同时富集 10nt和 20nt小RNA的基因 | 第122-123页 |
| 附6 文中使用到的一些单词缩略语的全称 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第127页 |
