溶菌酶蛋白质内部空间远程相关性研究
| 中文摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-23页 |
| 1.1 前言 | 第10-11页 |
| 1.2 蛋白质结构与别构效应 | 第11-14页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第14-17页 |
| 1.3.1 发展历史 | 第15-16页 |
| 1.3.2 应用领域和局限性 | 第16-17页 |
| 1.3.3 生物体系的分子动力学模拟 | 第17页 |
| 1.4 相关性分析 | 第17-21页 |
| 1.4.1 皮尔逊相关系数 | 第18页 |
| 1.4.2 循环相关系数 | 第18-19页 |
| 1.4.3 互信息 | 第19-20页 |
| 1.4.4 交互信息 | 第20-21页 |
| 1.5 HEWL简介 | 第21页 |
| 1.6 本论文的研究内容 | 第21-23页 |
| 第2章 实验方法 | 第23-28页 |
| 2.1 分子动力学模拟轨迹 | 第23页 |
| 2.2 主链二面角及残基编号 | 第23-24页 |
| 2.3 主链二面角角度分布 | 第24页 |
| 2.4 主链二面角之间的距离 | 第24-25页 |
| 2.5 基于主链二面角的相关性分析 | 第25-27页 |
| 2.5.1 循环相关系数的计算 | 第25页 |
| 2.5.2 互信息的计算 | 第25-26页 |
| 2.5.3 交互信息的计算 | 第26页 |
| 2.5.4 子数据集互信息差异矩阵 | 第26-27页 |
| 2.6 基于残基的互信息计算 | 第27页 |
| 2.7 三维结构展示 | 第27-28页 |
| 第3章 结果与讨论 | 第28-46页 |
| 3.1 HEWL结构 | 第28-29页 |
| 3.2 主链二面角角度分布 | 第29-30页 |
| 3.3 主链二面角之间的距离 | 第30-31页 |
| 3.4 基于主链二面角的相关性分析 | 第31-36页 |
| 3.4.1 CCC计算结果 | 第31页 |
| 3.4.2 MI计算结果 | 第31-32页 |
| 3.4.3 MI与CCC | 第32-33页 |
| 3.4.4 MI与距离 | 第33-34页 |
| 3.4.5 MI与二级结构 | 第34-36页 |
| 3.5 主链二面角子数据集的相关性分析 | 第36-38页 |
| 3.5.1 MI差异 | 第36页 |
| 3.5.2 MI差异在距离上的分布 | 第36-38页 |
| 3.6 主链二面角的II | 第38-41页 |
| 3.6.1 Ⅱ与子数据集MI差异 | 第38-39页 |
| 3.6.2 Ⅱ与空间结构位置 | 第39-41页 |
| 3.7 残基间互信息 | 第41-43页 |
| 3.7.1 MI计算结果 | 第41-42页 |
| 3.7.2 MI与空间结构位置 | 第42-43页 |
| 3.8 调节位点预测 | 第43-46页 |
| 第4章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 4.1 结论 | 第46页 |
| 4.2 创新点 | 第46页 |
| 4.3 后续研究展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 作者简介 | 第53-54页 |
| 后记和致谢 | 第54页 |
