| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-28页 |
| ·南美白对虾养殖现状以及病害控制简介 | 第14-16页 |
| ·抗生素在病害控制中的应用 | 第14-15页 |
| ·抗菌肽及其应用前景 | 第15-16页 |
| ·氨氮污染的影响及氨氧化细菌与氨氧化古菌生态学研究现状 | 第16-18页 |
| ·环境微生物生态学研究的主要方法与技术 | 第18-24页 |
| ·环境微生物提取核酸技术 | 第19页 |
| ·基于PCR 的指纹图谱分析技术 | 第19-21页 |
| ·基因克隆文库法 | 第19-20页 |
| ·基因指纹图谱技术 | 第20-21页 |
| ·以rRNA 为靶序列的探针杂交技术 | 第21-22页 |
| ·定量PCR 分析技术 | 第22-24页 |
| ·本研究目的与内容 | 第24-28页 |
| ·本研究目的 | 第24-25页 |
| ·本研究的内容 | 第25-28页 |
| 第二章 南美白对虾底泥氨氧化细菌与氨氧化古菌群落结构多态性分析 | 第28-44页 |
| ·引言 | 第28-29页 |
| ·材料与方法 | 第29-35页 |
| ·样品采集与预处理 | 第29页 |
| ·虾塘底泥微生物总DNA 提取与纯化 | 第29-31页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因PCR 扩增 | 第31-32页 |
| ·amoA 基因克隆文库的构建和限制性长度多态性分析（RFLP） | 第32-34页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因PCR 产物纯化回收 | 第32页 |
| ·amoA 特异片段的质粒连接 | 第32页 |
| ·（化学转化）制备Escherichia coli DH5α感受态细胞 | 第32页 |
| ·质粒的化学转化 | 第32-33页 |
| ·提取质粒 | 第33-34页 |
| ·限制性长度多态性分析（RFLP） | 第34页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因序列进化树分析 | 第34页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因序列登录号 | 第34-35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-43页 |
| ·虾塘底泥微生物总DNA 提取结果 | 第35页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因的PCR 扩增和克隆文库构建 | 第35-36页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因克隆文库的RFLP 分析 | 第36-38页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因序列测定及系统发育树分析 | 第38-40页 |
| ·AOA-amoA 基因序列系统发育分析 | 第38-39页 |
| ·AOB-amoA 基因序列系统发育分析 | 第39-40页 |
| ·讨论 | 第40-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 南美白对虾底泥氨氧化细菌与氨氧化古菌群落结构时间多态性分析 | 第44-70页 |
| ·材料与方法 | 第44-48页 |
| ·样品采集 | 第44页 |
| ·样品理化指标检测 | 第44-45页 |
| ·样品底泥微生物总DNA 的提取 | 第45页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因PCR 扩增 | 第45页 |
| ·DGGE 检测AOA 与AOB 群落结构的方法 | 第45-47页 |
| ·实验试剂 | 第45-46页 |
| ·实验步骤 | 第46-47页 |
| ·显著条带回收纯化测序与系统发育树分析 | 第47页 |
| ·AOA 与AOB-amoA-DGGE 条带序列登录号 | 第47页 |
| ·Real-time PCR 定量分析AOA 与AOB 群落丰度的方法 | 第47-48页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因 RT-PCR | 第47-48页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因标准品准备 | 第48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-66页 |
| ·虾池的环境因子分析 | 第48-51页 |
| ·虾池基本情况 | 第49页 |
| ·样品底泥主要环境因子检测 | 第49页 |
| ·样品底泥环境因子统计学分析 | 第49-51页 |
| ·PCR-DGGE 检测养殖周期AOA 与AOB 群落结构 | 第51-58页 |
| ·环境微生物总DNA 提取结果 | 第51-52页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因带GC 夹子PCR 扩增结果 | 第52-53页 |
| ·AOA 与AOB-amoA 基因DGGE 结果 | 第53-58页 |
| ·AOA 与AOB 群落结构与环境理化指标的典型对应分析（CCA） | 第58-61页 |
| ·RT-PCR 定量分析养殖周期氨氧化细菌和氨氧化古菌群落结构数量变化 | 第61-66页 |
| ·标准曲线的建立 | 第61-62页 |
| ·总古菌和AOA、总细菌和AOB 定量结果及分析 | 第62-64页 |
| ·总古菌、AOA 和总细菌、AOB 细胞数量与环境参数相关性分析 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-70页 |
| 第四章 氨氧化古菌氨单加氧酶α亚基amoA 基因序列生物信息学分析 | 第70-86页 |
| ·引言 | 第70-73页 |
| ·氨氧化古菌发现简介 | 第70-71页 |
| ·氨氧化古菌的研究进展 | 第71-72页 |
| ·AOA 生态分布和丰度 | 第71页 |
| ·AOA 与环境因子的相关性 | 第71-72页 |
| ·AOA 生理代谢机制 | 第72页 |
| ·本章研究内容与目的 | 第72-73页 |
| ·材料与方法 | 第73-74页 |
| ·材料及分析工具 | 第73页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基一级结构分析 | 第73页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基二级结构分析 | 第73-74页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基三级结构分析及同源建模 | 第74页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基跨膜信号分析 | 第74页 |
| ·结果与分析 | 第74-84页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基amoA 基因氨基酸组成特性 | 第74-76页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基二级结构分析预测 | 第76-80页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基三级结构分析预测 | 第80-82页 |
| ·AOA 氨单加氧酶α亚基跨膜信号分析 | 第82-84页 |
| ·本章小结 | 第84-86页 |
| 结果与展望 | 第86-89页 |
| 创新点 | 第86页 |
| 主要结论 | 第86-88页 |
| 展望 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-97页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 附件 | 第99页 |
