| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1.前言 | 第11-27页 |
| 1.1 表观遗传修饰 | 第11-13页 |
| 1.1.1 表观遗传学概述 | 第11页 |
| 1.1.2 表观遗传调控的分子机制 | 第11-13页 |
| 1.2 组蛋白修饰研究 | 第13-18页 |
| 1.2.1 组蛋白修饰概述 | 第13-15页 |
| 1.2.2 H3K27me3 研究进展 | 第15-18页 |
| 1.3 组蛋白修饰参与植物春化开花途径 | 第18-22页 |
| 1.3.1 植物开花网络的研究 | 第18-20页 |
| 1.3.2 H3K27me3 修饰参与植物春化过程 | 第20-22页 |
| 1.3.3 组蛋白修饰参与其他开花途径 | 第22页 |
| 1.4 组蛋白修饰的主要研究方法 | 第22-25页 |
| 1.4.1 ChIP技术简介 | 第23页 |
| 1.4.2 ChIP-qPCR、ChIP-seq与ChIP-chip | 第23-24页 |
| 1.4.3 ChIP-Seq的原理与应用 | 第24-25页 |
| 1.5 数字化基因表达谱技术在油菜中的应用 | 第25-26页 |
| 1.5.1 转录组测序 | 第25页 |
| 1.5.2 油菜中差异基因表达谱研究进展 | 第25-26页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 2.材料与方法 | 第27-35页 |
| 2.1 实验材料和春化处理、取样方法 | 第27页 |
| 2.2 适用于油菜ChIP技术的探索 | 第27-32页 |
| 2.2.1 ChIP抗体与试剂配方 | 第27-28页 |
| 2.2.2 本研究ChIP方法步骤 | 第28-30页 |
| 2.2.3 ChIP结果的检验方法 | 第30-32页 |
| 2.3 ChIP-seq与数据分析 | 第32-33页 |
| 2.3.1 ChIP-DNA高通量测序 | 第32页 |
| 2.3.2 ChIP-DNA高通量测序数据分析方法 | 第32-33页 |
| 2.4 转录组高通量测序和数据分析 | 第33-35页 |
| 2.4.1 总RNA的提取方法 | 第33页 |
| 2.4.2 转录组测序 | 第33-34页 |
| 2.4.3 转录组测序数据分析方法 | 第34-35页 |
| 3.结果与分析 | 第35-55页 |
| 3.1 油菜ChIP技术的探索结果 | 第35-37页 |
| 3.1.1 交联过程中甲醛交联时间的确定 | 第35-36页 |
| 3.1.2 超声波破碎具体参数的确定 | 第36页 |
| 3.1.3 免疫沉淀后结果检测 | 第36-37页 |
| 3.2 ChIP-seq与数据分析结果 | 第37-43页 |
| 3.2.1 ChIP-seq测序数据与mapping效率 | 第37-38页 |
| 3.2.2 富集区域“峰”的预测与修饰基因注释 | 第38-41页 |
| 3.2.3 peaks主要分布在基因间隔区和启动子区域 | 第41页 |
| 3.2.4 peaks在TSS区域分布差异明显 | 第41-42页 |
| 3.2.5 H3K27me3 修饰对基因表达具有抑制作用 | 第42-43页 |
| 3.3 转录组测序与结果分析 | 第43-48页 |
| 3.3.1 总RNA提取 | 第43-44页 |
| 3.3.2 高通量测序和数据分析 | 第44-45页 |
| 3.3.3 GO功能显著性富集性分析 | 第45-48页 |
| 3.3.4 KEGG Pathway显著性富集分析 | 第48页 |
| 3.4 基因组H3K27me3 修饰变化及基因表达差异分析 | 第48-55页 |
| 3.4.1 春化过程中FLC基因表达下调受到H3K27me3 的抑制 | 第48-51页 |
| 3.4.2 春化途径中重要基因的H3K27me3 修饰变化不明显 | 第51-55页 |
| 4.讨论 | 第55-58页 |
| 4.1 油菜中ChIP实验技术的探索 | 第55页 |
| 4.2 ChIP实验中抗体的选择及检验 | 第55页 |
| 4.3 高通量测序数据分析过程中mapping效率的分析 | 第55-56页 |
| 4.4 油菜高通量测序的数据分析 | 第56-57页 |
| 4.5 油菜高通量测序的结果分析 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 附录 | 第65-71页 |
| 附录 1 | 第65-67页 |
| 附录 2 | 第67-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
