| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 分子动力学模拟与构象空间采样 | 第13-17页 |
| 1.2.1 常规分子动力学模拟 | 第13-15页 |
| 1.2.2 增强采样分子动力学模拟 | 第15-16页 |
| 1.2.3 粗粒化分子动力学模拟 | 第16-17页 |
| 1.3 补充实验技术及打分函数 | 第17-24页 |
| 1.3.1 小角X射线散射 | 第17-22页 |
| 1.3.2 其它补充实验技术 | 第22-24页 |
| 第二章 研究方法 | 第24-36页 |
| 2.1 常规分子动力学模拟 | 第24-25页 |
| 2.2 粗粒化分子动力学模拟 | 第25页 |
| 2.3 ACM增强采样分子动力学模拟 | 第25-26页 |
| 2.4 基于主成分分析的增强采样分子动力学模拟方法 | 第26-27页 |
| 2.4.1 主成分分析 | 第26页 |
| 2.4.2 速度分解与再耦合 | 第26-27页 |
| 2.4.3 基于主成分分析的增强采样分子动力学模拟方法流程 | 第27页 |
| 2.5 将粗粒化结构模型还原成全原子结构模型的方法 | 第27-31页 |
| 2.5.1 反向映射中的贝叶斯理论 | 第27-28页 |
| 2.5.2 似然函数P(X_(CG)|X_(AA)) | 第28-29页 |
| 2.5.3 对数谐振子能量函数 | 第29-30页 |
| 2.5.4 粗粒化结构模型 | 第30-31页 |
| 2.5.5 基于贝叶斯理论的反向映射模拟 | 第31页 |
| 2.6 基于并联级联采样的通用结构建模工具 | 第31-33页 |
| 2.7 小角X射线散射实验数据处理流程 | 第33-36页 |
| 第三章 基于主成分分析的增强采样分子动力学模拟方法 | 第36-48页 |
| 3.1 引言 | 第36页 |
| 3.2 ACM-PCA对球蛋白质T4L的增强采样效果 | 第36-38页 |
| 3.3 ACM-PCA对含有"尖端"的人源vinculin蛋白质的增强采样效果 | 第38-41页 |
| 3.4 ACM-PCA模拟的技术细节 | 第41-44页 |
| 3.4.1 ACM-PCA模拟片段的时长 | 第41-42页 |
| 3.4.2 ACM-PCA模拟的高温 | 第42-43页 |
| 3.4.3 ACM-PCA模拟中集合运动个数的选取 | 第43-44页 |
| 3.5 更新PCA集合运动模式的重要性 | 第44-45页 |
| 3.6 ACM-PCA模拟在结构模拟中的应用 | 第45-46页 |
| 3.7 ACM-PCA增强采样分子动力学模拟小结 | 第46-48页 |
| 第四章 基于并联级联采样的通用结构建模工具 | 第48-60页 |
| 4.1 引言 | 第48-49页 |
| 4.2 小角X射线散射引导的PaCS-Fit | 第49-53页 |
| 4.2.1 ADK的小角X射线数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第49-51页 |
| 4.2.2 Lysozyme的小角X射线散射数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第51-52页 |
| 4.2.3 ECT2的小角X射线散射数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第52-53页 |
| 4.3 电镜数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第53-57页 |
| 4.3.1 ADK的电镜数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第53-55页 |
| 4.3.2 GroEL单体的电镜数据引导的PaCS-Fit模拟 | 第55-57页 |
| 4.4 PaCS-Fit与其它方法的比较 | 第57页 |
| 4.5 PaCS-Fit结构建模方法小结 | 第57-60页 |
| 第五章 H2A.B核小体的多尺度分子动力学模拟 | 第60-76页 |
| 5.1 引言 | 第60-62页 |
| 5.2 正常核小体与H2A.B核小体的初始结构 | 第62-63页 |
| 5.3 H2A.B核小体DNA的构象变化 | 第63-65页 |
| 5.4 组蛋白与DNA的相互作用 | 第65-70页 |
| 5.4.1 组蛋白H3核心与DNA的相互作用 | 第66-67页 |
| 5.4.2 组蛋白H2A核心与DNA的相互作用 | 第67-68页 |
| 5.4.3 组蛋白H2B核心与DNA的相互作用 | 第68-69页 |
| 5.4.4 组蛋白与DNA的相互作用小结 | 第69-70页 |
| 5.5 组蛋白核心的构象变化 | 第70-73页 |
| 5.5.1 每个组蛋白核心区域的构象变化 | 第71-72页 |
| 5.5.2 组蛋白核心的整体构象变化 | 第72-73页 |
| 5.6 H2A.B核小体初步原子结构模型 | 第73-74页 |
| 5.7 H2A.B核小体的多尺度分子动力学模拟小结 | 第74-76页 |
| 第六章 将粗粒化结构模型还原成全原子结构模型的新方法 | 第76-88页 |
| 6.1 引言 | 第76-77页 |
| 6.2 Bayes-RM还原残基水平分辨率粗粒化模型 | 第77-80页 |
| 6.2.1 Bayes-RM准确还原残基水平分辨率粗粒化模型 | 第77-79页 |
| 6.2.2 从同源建模结构模型出发的Bayes-RM模拟 | 第79-80页 |
| 6.3 Bayes-RM还原更低分辨率粗粒化模型 | 第80-82页 |
| 6.4 Bayes-RM还原粗粒化分子动力学模拟中的粗粒化结构模型 | 第82-85页 |
| 6.5 Bayes-RM和其它反向映射方法的比较 | 第85-86页 |
| 6.6 Bayes-RM方法小结 | 第86-88页 |
| 第七章 总结与展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-104页 |
| 附录 小角X射线散射实验注意事项及数据处理流程 | 第104-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
| 在读期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第120-122页 |
