| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 蛋白质结构、动态与功能 | 第14-16页 |
| 1.1.1 蛋白序列、结构与功能 | 第15页 |
| 1.1.2 蛋白动态、功能与稳定性 | 第15-16页 |
| 1.2 纤维素酶相关生物信息学研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.1 催化模块 | 第17页 |
| 1.2.2 碳水化合物结合模块 | 第17-19页 |
| 1.3 纤维素酶相关计算模拟研究进展 | 第19-24页 |
| 1.3.1 分子动力学模拟简介 | 第20-22页 |
| 1.3.2 分子动力学模拟在纤维素酶研究中的应用 | 第22-24页 |
| 1.4 立题依据 | 第24-25页 |
| 第二章 CBMs功能架构生物信息学分析 | 第25-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-27页 |
| 2.1.1 生物信息学分析软件与网站 | 第25-26页 |
| 2.1.2 数据获取及筛选 | 第26页 |
| 2.1.3 序列比对与结构比对 | 第26-27页 |
| 2.1.4 氨基酸频率统计 | 第27页 |
| 2.1.5 功能架构序列谱构建与稳定性检验 | 第27页 |
| 2.2 结果与分析 | 第27-35页 |
| 2.2.1 CBMs结合位点氨基酸频率与偏好性 | 第27-29页 |
| 2.2.2 CBMs亚位点和氨基酸数量统计分析 | 第29-31页 |
| 2.2.3 CBMs结合位点序列谱特征分析 | 第31-33页 |
| 2.2.4 CBMs功能混杂性的分子机制分析 | 第33-35页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 应用分子动力学模拟探究糖苷水解酶TrCel12A的热稳定性机理 | 第37-57页 |
| 3.1 分子动力学模拟流程 | 第37-41页 |
| 3.1.1 构建模拟体系 | 第37-38页 |
| 3.1.2 模拟参数设置与模拟计算 | 第38-39页 |
| 3.1.3 模拟体系收敛性检验 | 第39页 |
| 3.1.4 波动均方根分析 | 第39-40页 |
| 3.1.5 回旋半径分析 | 第40页 |
| 3.1.6 氢键分析 | 第40-41页 |
| 3.1.7 溶剂可及表面面积分析 | 第41页 |
| 3.1.8 蛋白质二级结构分析 | 第41页 |
| 3.1.9 体系能量计算 | 第41页 |
| 3.2 虚拟突变与突变方向筛选 | 第41-42页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第42-55页 |
| 3.3.1 模拟体系收敛检验结果 | 第42-43页 |
| 3.3.2 糖苷水解酶TrCel12A的柔性分析 | 第43-46页 |
| 3.3.3 蛋白N末端结构柔性分析 | 第46-48页 |
| 3.3.4 突变对蛋白整体结构稳定性的影响 | 第48-52页 |
| 3.3.5 突变对蛋白N末端结构稳定性的影响 | 第52-55页 |
| 3.4 小结 | 第55-57页 |
| 第四章 N末端突变对TrCel12A的热稳定性影响的实验分析 | 第57-67页 |
| 4.1 材料与方法 | 第57-64页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第57页 |
| 4.1.2 主要的仪器及试剂 | 第57页 |
| 4.1.3 主要的培养基 | 第57页 |
| 4.1.4 主要引物 | 第57-58页 |
| 4.1.5 纤维素酶EGⅢ大肠杆菌原核表达体系的构建 | 第58-59页 |
| 4.1.6 突变质粒构建与扩增 | 第59-61页 |
| 4.1.7 大肠杆菌BL21异源表达突变蛋白及纯化 | 第61页 |
| 4.1.8 差示扫描量热法(DSC)测定突变蛋白熔化温度Tm | 第61-63页 |
| 4.1.9 温度耐受性检测 | 第63-64页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第64-65页 |
| 4.2.1 突变对蛋白催化活性的影响 | 第64-65页 |
| 4.2.2 突变对蛋白热稳定性的影响 | 第65页 |
| 4.3 小结 | 第65-67页 |
| 全文总结与展望 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第77-78页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第78页 |
