| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-30页 |
| 1 萝卜肉质直根形成研究进展 | 第15-19页 |
| 1.1 萝卜生物学特性 | 第15页 |
| 1.2 萝卜肉质直根膨大机理 | 第15-16页 |
| 1.3 影响萝卜肉质直根形成发育的因素 | 第16-18页 |
| 1.4 萝卜肉质直根形成的组学研究进展 | 第18-19页 |
| 2 贮藏根茎发育相关基因 | 第19-25页 |
| 2.1 植物细胞周期和细胞膨大相关基因 | 第19-22页 |
| 2.2 植物激素响应基因 | 第22-23页 |
| 2.3 钙介导的信号转导 | 第23-24页 |
| 2.4 转录因子 | 第24-25页 |
| 3 基于NGS技术对根发育相关基因与miRNA鉴定研究 | 第25-28页 |
| 3.1 根发育过程中转录组及其差异表达基因研究 | 第25-27页 |
| 3.2 植物根发育过程相关miRNA分离鉴定 | 第27-28页 |
| 4 本研究目的与意义 | 第28-30页 |
| 第二章 萝卜转录组de novo测序及肉质根形成相关基因分析 | 第30-58页 |
| 1 材料与方法 | 第31-38页 |
| 1.1 试验材料 | 第31-32页 |
| 1.2 试验方法 | 第32-38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-53页 |
| 2.1 转录组Illumina测序和de novo组装 | 第38-40页 |
| 2.2 Unigene的功能注释 | 第40-42页 |
| 2.3 Unigene的GO分类 | 第42-43页 |
| 2.4 Unigene的KEGG分类 | 第43-44页 |
| 2.5 基于组装的Unigene鉴定蔗糖代谢途径相关基因 | 第44-46页 |
| 2.6 参与蔗糖代谢相关基因验证与RT-qPCR分析 | 第46-48页 |
| 2.7 RsCLE41和RsSAUR基因特异性扩增 | 第48页 |
| 2.8 基因DNA和cDNA序列克隆及分析 | 第48-49页 |
| 2.9 基因的蛋白特征分析 | 第49-51页 |
| 2.10 氨基酸序列同源性及系统树分析 | 第51-52页 |
| 2.11 RsCLE41和RsSAUR基因表达特性分析 | 第52-53页 |
| 3 讨论 | 第53-58页 |
| 3.1 萝卜根转录组测序及功能注释 | 第53-54页 |
| 3.2 萝卜肉质直根形成过程中蔗糖代谢相关的基因 | 第54-55页 |
| 3.3 萝卜RsCLE41和RsSAUR基因克隆序列表达分析 | 第55-58页 |
| 第三章 萝卜肉质直根膨大相关miRNA及其靶基因分离鉴定 | 第58-80页 |
| 1 材料与方法 | 第59-63页 |
| 1.1 试验材料 | 第59页 |
| 1.2 试验方法 | 第59-63页 |
| 2 结果与分析 | 第63-77页 |
| 2.1 萝卜肉质直根小RNA测序数据分析 | 第63-66页 |
| 2.2 萝卜肉质根膨大过程中已知miRNA分离鉴定 | 第66-73页 |
| 2.3 萝卜肉质根膨大过程中新型miRNAs分离鉴定 | 第73页 |
| 2.4 肉质直根膨大相关miRNA分离鉴定 | 第73-74页 |
| 2.5 差异表达miRNA靶基因预测与功能注释 | 第74页 |
| 2.6 靶基因GO功能注释分析 | 第74-75页 |
| 2.7 RT-qPCR验证 | 第75-77页 |
| 3 讨论 | 第77-80页 |
| 3.1 通过Solexa测序鉴定萝卜肉质根膨大相关miRNAs | 第77-78页 |
| 3.2 萝卜肉质直根膨大相关miRNA介导基因调控网络 | 第78-80页 |
| 第四章 萝卜肉质直根膨大相关基因表达谱分析 | 第80-102页 |
| 1 材料与方法 | 第81-85页 |
| 1.1 试验材料 | 第81页 |
| 1.2 试验方法 | 第81-85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-98页 |
| 2.1 表达谱数据分析与基因分离 | 第85-87页 |
| 2.2 肉质直根膨大过程中差异表达基因筛选 | 第87-88页 |
| 2.3 差异表达基因GO功能注释分析 | 第88-90页 |
| 2.4 差异表达基因KEGG pathway富集分析 | 第90页 |
| 2.5 参与萝卜肉质直根膨大性状相关基因鉴定 | 第90-98页 |
| 2.6 萝卜肉质直根膨大相关DGE和miRNA关联分析 | 第98页 |
| 2.7 RT-qPCR验证 | 第98页 |
| 3 讨论 | 第98-102页 |
| 3.1 利用高通量测序技术分离鉴定肉质直根膨大形成相关基因 | 第99-101页 |
| 3.2 萝卜肉质直根膨大形成相关基因调控网络 | 第101-102页 |
| 全文结论 | 第102-104页 |
| 创新之处 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-122页 |
| 附录 | 第122-144页 |
| 博士在读期间发表学术论文 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146页 |
