| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩略词 | 第16-18页 |
| 第1章 绪论 | 第18-29页 |
| 1.1 引言 | 第18页 |
| 1.2 木质纤维素 | 第18-23页 |
| 1.2.1 木质纤维素降解相关酶系 | 第20-23页 |
| 1.2.1.1 纤维素及其降解酶 | 第20-21页 |
| 1.2.1.2 半纤维素及其降解酶 | 第21页 |
| 1.2.1.3 木质素及其降解酶 | 第21-23页 |
| 1.3 真菌降解木质纤维素的研究 | 第23-24页 |
| 1.4 细菌降解木质纤维素的研究 | 第24-27页 |
| 1.5 菠萝属菌株降解木质纤维素的研究 | 第27页 |
| 1.6 本论文的选题意义、目的及研究内容 | 第27-29页 |
| 第2章 Pantoea ananatis Sd-1 降解水稻秸秆特性研究 | 第29-40页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-33页 |
| 2.2.1 材料与试剂 | 第29-30页 |
| 2.2.2 菌株培养条件 | 第30页 |
| 2.2.3 细菌的生长情况测定 | 第30-31页 |
| 2.2.4 还原糖含量测定 | 第31页 |
| 2.2.5 木质纤维素降解酶类活性测定 | 第31-32页 |
| 2.2.6 木质纤维素各组分含量测定 | 第32-33页 |
| 2.2.7 木质纤维素扫描电镜分析 | 第33页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第33-39页 |
| 2.3.1 P. ananatis Sd-1 对预处理水稻秸秆的降解分析 | 第33-34页 |
| 2.3.2 水稻秸秆经P. ananatis Sd-1 处理的木质纤维素组分含量分析 | 第34-35页 |
| 2.3.3 P. ananatis Sd-1 处理水稻秸秆的还原糖产量分析 | 第35-36页 |
| 2.3.4 P. ananatis Sd-1 降解水稻秸秆过程中木质纤维素类酶活分析 | 第36-37页 |
| 2.3.5 水稻秸秆经P. ananatis Sd-1 处理过程中的pH变化分析 | 第37-38页 |
| 2.3.6 水稻秸秆经P. ananatis Sd-1 降解后的微观形态观察 | 第38-39页 |
| 2.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第3章 Pantoea ananatis Sd-1 的全基因组测序分析 | 第40-58页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 材料与方法 | 第40-45页 |
| 3.2.1 材料与试剂 | 第40-41页 |
| 3.2.2 菌株培养条件 | 第41页 |
| 3.2.3 细菌全基因组DNA的提取 | 第41-42页 |
| 3.2.4 细菌的RNA提取及cDNA合成 | 第42-43页 |
| 3.2.5 细菌全基因组测序与数据组装 | 第43-44页 |
| 3.2.6 基因预测和功能注释 | 第44页 |
| 3.2.7 木质纤维素降解有关的基因预测分析 | 第44页 |
| 3.2.8 荧光实时定量PCR (qRT-PCR) 检测 | 第44-45页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第45-56页 |
| 3.3.1 全基因组测序数据的K-mer统计及基因组组装 | 第45-46页 |
| 3.3.2 基因预测与功能注释 | 第46-47页 |
| 3.3.3 Pantoea ananatis Sd-1 全基因组特征分析 | 第47页 |
| 3.3.4 碳水化合物活性酶基因预测及分析 | 第47-50页 |
| 3.3.5 P. ananatis Sd-1 的木质纤维素降解酶体系特征分析 | 第50-55页 |
| 3.3.6 木质纤维素降解相关基因的验证分析 | 第55-56页 |
| 3.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 第4章 Pantoea ananatis Sd-1 分泌蛋白质组学研究 | 第58-73页 |
| 4.1 引言 | 第58页 |
| 4.2 材料与方法 | 第58-64页 |
| 4.2.1 材料与试剂 | 第58-59页 |
| 4.2.2 菌株培养条件 | 第59-60页 |
| 4.2.3 细菌的生长测定 | 第60页 |
| 4.2.4 木质纤维素降解酶类活性的测定 | 第60页 |
| 4.2.5 分泌蛋白质的提取 | 第60页 |
| 4.2.6 蛋白质含量的测定 | 第60-61页 |
| 4.2.7 聚丙烯酰氨凝胶电泳（SDS-PAGE） | 第61-62页 |
| 4.2.8 双向聚丙烯酰氨凝胶电泳（2D-PAGE） | 第62页 |
| 4.2.9 蛋白质胶内酶解 | 第62-63页 |
| 4.2.10 蛋白质的质谱鉴定分析 | 第63-64页 |
| 4.2.11 分泌蛋白质水解糖化水稻秸秆 | 第64页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第64-72页 |
| 4.3.1 Pantoea ananatis Sd-1 在不同碳源中的生长和蛋白质浓度分析 | 第64-66页 |
| 4.3.2 Pantoea ananatis Sd-1 在不同碳源中的木质纤维素降解酶类活性分析 | 第66-67页 |
| 4.3.3 Pantoea ananatis Sd-1 在不同碳源中的分泌蛋白质分析 | 第67-68页 |
| 4.3.4 Pantoea ananatis Sd-1 在不同碳源中的分泌蛋白质鉴定分析 | 第68-71页 |
| 4.3.5 Pantoea ananatis Sd-1 的分泌蛋白质降解能力分析 | 第71-72页 |
| 4.4 本章小结 | 第72-73页 |
| 第5章 Pantoea ananatis Sd-1 降解体系中的非酶氧化机制探究 | 第73-101页 |
| 5.1 引言 | 第73页 |
| 5.2 材料与方法 | 第73-79页 |
| 5.2.1 材料与试剂 | 第73-74页 |
| 5.2.2 菌株培养条件 | 第74页 |
| 5.2.3 细菌的生长测定 | 第74页 |
| 5.2.4 芬顿试剂处理水稻秸秆 | 第74页 |
| 5.2.5 羟基自由基清除剂对降解率的影响实验 | 第74页 |
| 5.2.6 还原糖含量的测定 | 第74-75页 |
| 5.2.7 木质纤维素各组分含量的测定 | 第75页 |
| 5.2.8 木质纤维素降解酶类活性测定 | 第75页 |
| 5.2.9 高效液相色谱（HPLC）分析降解产物 | 第75页 |
| 5.2.10 甲基亚磺酸的测定 | 第75-76页 |
| 5.2.11 热裂解-气质联用（Py-GC/MS）分析 | 第76页 |
| 5.2.12 红外光谱（FTIR）分析 | 第76页 |
| 5.2.13 气质联用（GC-MS）分析 | 第76-77页 |
| 5.2.14 铁离子还原性的测定 | 第77页 |
| 5.2.15 总铁离子测定 | 第77页 |
| 5.2.16 分泌蛋白质的提取 | 第77页 |
| 5.2.17 细菌的RNA提取及cDNA合成 | 第77页 |
| 5.2.18 荧光实时定量PCR (qRT-PCR) 检测 | 第77-78页 |
| 5.2.19 GMC家族氧化还原酶活性测定 | 第78页 |
| 5.2.20 过氧化氢浓度测定 | 第78-79页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第79-99页 |
| 5.3.1 Pantoea ananatis Sd-1 对未预处理水稻秸秆的降解分析 | 第79-82页 |
| 5.3.1.1 Pantoea ananatis Sd-1 在未预处理水稻秸秆底物中的生长及产还原糖分析 | 第79-80页 |
| 5.3.1.2 Pantoea ananatis Sd-1 对未预处理水稻秸秆的降解率分析 | 第80-81页 |
| 5.3.1.3 Pantoea ananatis Sd-1 降解过程中木质纤维素降解酶类活性分析 | 第81-82页 |
| 5.3.2 羟基自由基清除剂对 Pantoea ananatis Sd-1 降解未预处理水稻秸秆的影响 | 第82-89页 |
| 5.3.2.1 DMSO 对 Pantoea ananatis Sd-1 降解过程中菌体生长及产还原糖影响 | 第82-83页 |
| 5.3.2.2 DMSO 对 Pantoea ananatis Sd-1 降解能力的影响 | 第83-85页 |
| 5.3.2.3 DMSO 对 Pantoea ananatis Sd-1 降解过程中产糖及糖降解的影响 | 第85-86页 |
| 5.3.2.4 DMSO 对 Pantoea ananatis Sd-1 的木质纤维素降解酶类活性的影响 | 第86-87页 |
| 5.3.2.5 其他羟基自由基清除剂对 Pantoea ananatis Sd-1 降解能力的影响 | 第87-89页 |
| 5.3.3 Pantoea ananatis Sd-1 降解后的水稻秸秆化学结构分析 | 第89-91页 |
| 5.3.3.1 热裂解-气质联用（Py-GC/MS）分析 | 第89-90页 |
| 5.3.3.2 傅立叶红外光谱（FTIR）分析 | 第90-91页 |
| 5.3.4 Pantoea ananatis Sd-1 的铁离子还原活性分析 | 第91-97页 |
| 5.3.5 Pantoea ananatis Sd-1 降解过程中过氧化氢的产生与消耗分析 | 第97-99页 |
| 5.4 本章小结 | 第99-101页 |
| 结论 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-120页 |
| 附录A | 第120-128页 |
| 附录B（攻读博士学位期间所发表的学术论文目录） | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
