乙酰乳酸脱羧酶催化机制的QM/MM研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第9-26页 |
| §1.1 氨基酸、蛋白质和酶的概述 | 第9-14页 |
| §1.1.1 氨基酸和蛋白质简介 | 第9-10页 |
| §1.1.2 酶的简介 | 第10-11页 |
| §1.1.3 酶与底物的结合 | 第11-12页 |
| §1.1.4 酶催化机理 | 第12-14页 |
| §1.2 脱羧酶的介绍 | 第14-24页 |
| §1.2.1 常见脱羧酶的催化机制 | 第14-23页 |
| §1.2.2 乙酰乳酸脱羧酶的介绍 | 第23-24页 |
| §1.3 研究目的和内容 | 第24-26页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第26-40页 |
| §2.1 分子力学 | 第26-32页 |
| §2.1.1 分子力场的概述 | 第27-30页 |
| §2.1.2 常用力场 | 第30-32页 |
| §2.2 能量最小化 | 第32-33页 |
| §2.3 分子动力学简介 | 第33-36页 |
| §2.4 量子化学简介 | 第36-37页 |
| §2.5 量子力学/分子力学联用方法 | 第37-40页 |
| 第3章 乙酰乳酸脱羧酶的理论研究 | 第40-56页 |
| §3.1 引言 | 第40-42页 |
| §3.2 计算方法和计算细节 | 第42-44页 |
| §3.2.1 初始模型建立 | 第42页 |
| §3.2.2 分子动力学平衡 | 第42-43页 |
| §3.2.3 QM/MM计算 | 第43-44页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第44-54页 |
| §3.3.1 分子对接和分子动力学模拟 | 第44-46页 |
| §3.3.2 QM/MM计算 | 第46-54页 |
| §3.4 本章小结 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-70页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
