| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 縮略语表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| ·作物矮化研究的意义及现状 | 第11-12页 |
| ·矮化与植物激素的关系 | 第12-18页 |
| ·赤霉素与植物矮化的关系 | 第12-14页 |
| ·油菜素内酯与植物矮化的关系 | 第14页 |
| ·生长素与植物矮化的关系 | 第14-15页 |
| ·其它激素与植物矮化的关系 | 第15-16页 |
| ·各激素间的调控关系 | 第16页 |
| ·MicroRNA与植物激素调控的研究进展 | 第16-18页 |
| ·新一代高通量测序技术 | 第18-21页 |
| ·转录组测序 | 第18-20页 |
| ·小分子RNA测序 | 第20-21页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 2 实验材料和方法 | 第22-33页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第22页 |
| ·棉花材料 | 第22页 |
| ·总RNA的提取及检测 | 第22-23页 |
| ·转录组测序 | 第23-25页 |
| ·文库构建和Solexa测序 | 第23页 |
| ·数据处理和De novo拼接 | 第23-24页 |
| ·Unigene在公共数据库中的注释 | 第24页 |
| ·表达丰度计算及差异表达分析 | 第24-25页 |
| ·差异基因GO注释和KEGG富集分析 | 第25页 |
| ·小RNA测序 | 第25-27页 |
| ·小分子RNA文库构建和测序 | 第25-26页 |
| ·测序原始数据预处理 | 第26页 |
| ·保守的和新的miRNA识别及其靶基因预测 | 第26-27页 |
| ·MiRNA差异表达分析及靶基因注释和功能富集 | 第27页 |
| ·实时荧光定量PCR法验证测序结果 | 第27-33页 |
| ·转录组测序获得的矮秆相关基因的qRT-PCR验证 | 第27-30页 |
| ·MiRNA及靶基因qRT-PCR检测 | 第30-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-52页 |
| ·矮秆、高秆突变体及其野生型的株高表型 | 第33-34页 |
| ·矮秆相关基因的筛选及QRT-PCR验证 | 第34-41页 |
| ·转录组测序质量概况 | 第34-35页 |
| ·Unigene的注释 | 第35-36页 |
| ·差异表达基因分析及矮秆相关基因的筛选 | 第36-37页 |
| ·矮秆相关基因的GO分类及KEGG富集分析 | 第37-39页 |
| ·矮秆相关差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第39-41页 |
| ·矮秆突变体相关MIRNA分析及靶基因验证 | 第41-52页 |
| ·小RNA测序质量分析 | 第41-42页 |
| ·保守miRNA分析 | 第42-43页 |
| ·保守miRNA靶基因预测 | 第43-44页 |
| ·保守miRNA的差异表达分析 | 第44-47页 |
| ·在2个突变体中特异表达的miRNA | 第47-48页 |
| ·两个突变体差异表达miRNA靶基因在棉花A、D基因组中的注释 | 第48页 |
| ·新的miRNA预测及分析 | 第48-50页 |
| ·MiRNA及靶基因的荧光定量验证 | 第50-52页 |
| 4 讨论 | 第52-57页 |
| ·棉花矮化突变体在赤霉素和生长素信号途径的变异 | 第52-53页 |
| ·MIRNA对ARI1327矮化的调控作用 | 第53-55页 |
| ·转录组和小RNA测序的联合分析 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 附录 | 第65-82页 |
| 在读期间发表的论文 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |