| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 第一章 理论与方法 | 第12-39页 |
| ·分子动力学基础 | 第12-23页 |
| ·分子力学 | 第12-19页 |
| ·分子动力学 | 第19-23页 |
| ·静电极化在分子力场中的处理方法 | 第23-29页 |
| ·静电极化 | 第23-25页 |
| ·诱导点偶极模型 | 第25-27页 |
| ·浮动电荷模型 | 第27-29页 |
| ·水的性质和动力学模型 | 第29-39页 |
| ·水的基本性质 | 第29-31页 |
| ·动力学中的几种水模型 | 第31-39页 |
| 第二章 EPB模型的发展与应用 | 第39-54页 |
| ·理论方法 | 第39-48页 |
| ·Effective Polarizable Bond(EPB：有效的可极化键) | 第39-42页 |
| ·浮动电荷模型的参数拟合 | 第42-44页 |
| ·程序化的问题 | 第44-48页 |
| ·蛋白质动力学模拟 | 第48-52页 |
| ·主链上电荷的浮动 | 第48-49页 |
| ·蛋白的构象变化 | 第49-50页 |
| ·氢键键长的分布 | 第50-51页 |
| ·蛋白动力学结果与NMR实验的比较——序参量 | 第51-52页 |
| ·总结和展望 | 第52-54页 |
| 第三章 水模型的发展与动力学研究 | 第54-61页 |
| ·TIP3P-EPB水模型 | 第55-57页 |
| ·TIP4P-EPB水模型 | 第57-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录 | 第65-68页 |
| 科研成果 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |