| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1、前言 | 第12-34页 |
| ·分子水平的自然选择检测 | 第12-16页 |
| ·自然选择的方向性 | 第12-13页 |
| ·DNA多态性 | 第13页 |
| ·正向选择的统计检验 | 第13-16页 |
| ·关联分析在水稻中的研究进展 | 第16-19页 |
| ·群体结构对植物关联分析的影响 | 第16-17页 |
| ·候选基因的关联分析及其在水稻中的应用 | 第17页 |
| ·全基因组关联分析及其在水稻中的应用 | 第17-19页 |
| ·水稻的核酸多态性及进化研究 | 第19-24页 |
| ·亚洲栽培稻的核酸多态性研究 | 第19-20页 |
| ·驯化基因的克隆 | 第20-23页 |
| ·亚洲栽培稻的起源和进化 | 第23-24页 |
| ·Ghd7基因和水稻粒形基因简介 | 第24-32页 |
| ·Ghd7是控制水稻抽穗期、株高、每穗颖花数的多效性基因 | 第24-26页 |
| ·水稻粒形基因研究进展 | 第26-32页 |
| ·GS3基因是第一个克隆的粒长相关的基因 | 第26-28页 |
| ·粒宽基因GW2的克隆 | 第28-30页 |
| ·粒宽基因qSW5/GW5是水稻驯化中的重要基因 | 第30-31页 |
| ·GS5是调节水稻粒宽的重要基因 | 第31-32页 |
| ·其它已克隆的水稻粒形基因及已定位的粒形QTL | 第32页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第32-34页 |
| 2、材料和方法 | 第34-39页 |
| ·研究中所使用的水稻材料 | 第34页 |
| ·材料种植及相关性状考察 | 第34-35页 |
| ·DNA抽提,测序及序列拼接 | 第35-37页 |
| ·群体结构分析 | 第37页 |
| ·关联分析及统计检测 | 第37-38页 |
| ·RNA抽提及表达量鉴定 | 第38-39页 |
| 3、结果和分析 | 第39-79页 |
| ·Ghd7的进化及其与性状之间的关联分析 | 第39-51页 |
| ·自然群体的表型变异和群体结构分析 | 第39页 |
| ·Ghd7的核酸多态性 | 第39-41页 |
| ·Ghd7单倍型和蛋白类型 | 第41-46页 |
| ·SNP与表型之间的关联分析 | 第46-47页 |
| ·关联性SNP S_555与Ghd7的表达量相关 | 第47-49页 |
| ·Ghd7下游基因Ehd1基因的表达量检测 | 第49-51页 |
| ·GW2,qSW5和GS5的进化及与粒形之间的关联分析 | 第51-79页 |
| ·自然群体的粒形表型变异 | 第51-52页 |
| ·自然群体的群体结构及亚群之间的粒形比较 | 第52-55页 |
| ·GS3在水稻自然群体中对粒形的影响 | 第55-57页 |
| ·GW2的进化及其与粒形之间的关联分析 | 第57-63页 |
| ·GW2的单倍型 | 第57-58页 |
| ·GW2基因在自然群体中的关联分析 | 第58-59页 |
| ·GW2两种基因型之间的表达量差异 | 第59-60页 |
| ·GW2基因的核酸多态性及进化分析 | 第60-63页 |
| ·qSW5的进化及其与粒形性状之间的关联分析 | 第63-66页 |
| ·qSW5的单倍型 | 第63-64页 |
| ·qSW5各种基因型之间的性状差异 | 第64-65页 |
| ·qSW5的核酸多态性及进化分析 | 第65-66页 |
| ·GS5的进化及其与粒形性状之间的关联分析 | 第66-70页 |
| ·GS5的单倍型 | 第66-67页 |
| ·GS5各单倍型之间的功能比较 | 第67页 |
| ·GS5两种基因型在自然群体中的表达差异 | 第67-68页 |
| ·GS5基因的核酸多态性及进化分析 | 第68-70页 |
| ·自然群体中多个粒形基因型组合对粒形性状的影响 | 第70-79页 |
| ·粒形基因之间的连锁不平衡 | 第70-74页 |
| ·qSW5和GS5基因型组合对自然群体中粒形的影响 | 第74-75页 |
| ·GW2和GS3基因型组合对自然群体中粒形的影响 | 第75-76页 |
| ·qSW5和GS3基因型组合对自然群体中粒形的影响 | 第76-79页 |
| 4、讨论 | 第79-88页 |
| ·Ghd7的核酸多态性研究、关联分析及其在水稻育种中的应用 | 第79-81页 |
| ·Ghd7的核酸多态性和进化分析 | 第79页 |
| ·Ghd7与性状的关联位点 | 第79-81页 |
| ·Ghd7优势基因型在水稻育种中的应用 | 第81页 |
| ·粒形基因的进化差异及其在自然群体中功能 | 第81-85页 |
| ·粒形基因的核酸多态性差异 | 第81-83页 |
| ·粒形基因的进化差异 | 第83-84页 |
| ·自然群体中粒形基因的功能比较 | 第84-85页 |
| ·粒形基因及粒形性状的自然选择模式 | 第85页 |
| ·挖掘优势基因型加快水稻育种改良的进程 | 第85-87页 |
| ·小结和展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-99页 |
| 附录Ⅰ | 第99-109页 |
| 附录Ⅱ | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
