驱动蛋白力产生过程的受控分子动力学研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第一章 驱动蛋白简介 | 第7-14页 |
| §1-1 驱动蛋白研究过程的发展 | 第7-8页 |
| §1-2 早期的研究结果 | 第8-12页 |
| 1-2-1 驱动蛋白的结构分析 | 第8-10页 |
| 1-2-2 驱动蛋白马达结构域的一般架构 | 第10-11页 |
| 1-2-3 驱动蛋白沿微管运动的方式 | 第11-12页 |
| 1-2-4 驱动蛋白颈链拉链域的介绍 | 第12页 |
| §1-3 本论文的主要内容 | 第12-14页 |
| 第二章 NAMD 分子动力学 | 第14-22页 |
| §2-1 分子动力学简介 | 第14-17页 |
| 2-1-1 分子动力学的概念和算法 | 第15-16页 |
| 2-1-2 力场函数 | 第16-17页 |
| §2-2 受控分子动力学简介 | 第17-22页 |
| 2-2-1 受控分子动力学原理 | 第18-20页 |
| 2-2-2 NAMD 软件设计及运行 | 第20页 |
| 2-2-3 NAMD 的扩展和应用 | 第20-22页 |
| 第三章 驱动蛋白力产生过程的动力学模拟 | 第22-38页 |
| §3-1 组内关于颈链拉链区域氨基酸的研究进展 | 第22-23页 |
| §3-2 颈链对驱动蛋白力产生过程产生影响的研究 | 第23页 |
| §3-3 驱动蛋白力产生过程的分子动力学模拟 | 第23-28页 |
| 3-3-1 模拟的准备工作 | 第24-25页 |
| 3-3-2 受控分子动力学模拟 | 第25页 |
| 3-3-3 模拟结果 | 第25-28页 |
| §3-4 驱动蛋白力产生过程的自由态模拟结果分析 | 第28-38页 |
| 3-4-1 第一次水攻击 | 第29-30页 |
| 3-4-2 第三次水攻击 | 第30-32页 |
| 3-4-3 对小峰的分析 | 第32-34页 |
| 3-4-4 其它对氢键的影响因素 | 第34-35页 |
| 3-4-5 抽样统计 | 第35-38页 |
| 第四章 结论 | 第38-39页 |
| 参考文献 | 第39-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 攻读硕士学位期间的工作 | 第42页 |
