| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| §1-1 基因组测序计划的发展 | 第10-12页 |
| §1-2 生物信息学简介 | 第12-13页 |
| §1-3 生物信息学主要研究方向 | 第13-15页 |
| §1-4 本文主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 微生物序列组分特征 | 第17-32页 |
| §2-1 DNA 结构 | 第17-20页 |
| 2-1-1 DNA 的一级结构 | 第18页 |
| 2-1-2 DNA 的二级结构 | 第18-20页 |
| 2-1-3 DNA 的超螺旋结构 | 第20页 |
| §2-2 微生物基因组结构 | 第20-22页 |
| §2-3 微生物基因结构 | 第22-26页 |
| 2-3-1 基因与 ORF | 第22页 |
| 2-3-2 操纵子结构 | 第22页 |
| 2-3-3 密码子 | 第22-23页 |
| 2-3-4 遗传密码子的特征 | 第23-25页 |
| 2-3-5 基因的表达调控 | 第25-26页 |
| §2-4 蛋白质结构 | 第26-32页 |
| 2-4-1 氨基酸的结构 | 第26页 |
| 2-4-2 氨基酸的分类 | 第26-27页 |
| 2-4-3 多肽链 | 第27-28页 |
| 2-4-4 蛋白质二级结构 | 第28-30页 |
| 2-4-5 蛋白质超二级结构 | 第30页 |
| 2-4-6 蛋白质高级结构 | 第30-32页 |
| 第三章 微生物基因组序列分析发展概述 | 第32-36页 |
| §3-1 引言 | 第32页 |
| §3-2 主要工作介绍 | 第32-36页 |
| 第四章 微生物基因组序列分析 | 第36-58页 |
| §4-1 引言 | 第36页 |
| §4-2 数据和方法 | 第36-41页 |
| 4-2-1 数据 | 第36页 |
| 4-2-2 单核苷酸的频率 | 第36-37页 |
| 4-2-3 密码子和同义密码子的使用 | 第37页 |
| 4-2-4 氨基酸的使用 | 第37页 |
| 4-2-5 氨基酸频率期望值的计算 | 第37页 |
| 4-2-6 氨基酸的分类 | 第37-39页 |
| 4-2-7 一元线性回归 | 第39-41页 |
| §4-3 结果 | 第41-55页 |
| 4-3-1 微生物基因组 GC 含量与蛋白质编码序列 GC 含量之间的关系 | 第41-42页 |
| 4-3-2 蛋白质编码区密码子不同位置上 GC 含量的变化关系 | 第42-43页 |
| 4-3-3 密码子第一二位上 GC 含量的变化 | 第43-45页 |
| 4-3-4 密码子第一位上单核苷酸含量的变化 | 第45-46页 |
| 4-3-5 密码子第二位上单核苷酸含量的变化 | 第46-48页 |
| 4-3-6 密码子第三位上单核苷酸含量的变化 | 第48-49页 |
| 4-3-7 随着 GC 含量的变化，密码子偏好性的转移 | 第49-50页 |
| 4-3-8 氨基酸含量 | 第50-55页 |
| §4-4 讨论 | 第55-58页 |
| 4-4-1 单核苷酸的分布 | 第55-56页 |
| 4-4-2 双核苷酸的分布 | 第56页 |
| 4-4-3 密码子、同义密码子和氨基酸的使用 | 第56-57页 |
| 4-4-4 氨基酸的替代 | 第57-58页 |
| 第五章 核糖体蛋白的组分分析 | 第58-63页 |
| §5-1 引言 | 第58页 |
| §5-2 数据和方法 | 第58页 |
| §5-3 结果和讨论 | 第58-62页 |
| 5-3-1 核苷酸组分的变化 | 第58-60页 |
| 5-3-2 氨基酸组分的变化 | 第60-62页 |
| §5-4 结论 | 第62-63页 |
| 第六章 相关网络资源的整合 | 第63-71页 |
| §6-1 引言 | 第63页 |
| §6-2 方法 | 第63-65页 |
| 6-2-1 数据库的开发组合—LAMP 概述 | 第63-64页 |
| 6-2-2 C 语言可执行文件的网络共享-CGI 协议和 perl 语言 | 第64-65页 |
| §6-3 数据及功能介绍 | 第65-71页 |
| 6-3-1 细菌复制起始点数据的整合 | 第65-67页 |
| 6-3-2 CSM--真核生物基因第一外显子预测软件的整合 | 第67-71页 |
| 第七章 结论 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-75页 |
| 附录 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
