| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-21页 |
| ·研究背景 | 第11页 |
| ·基因调控网络构建 | 第11-16页 |
| ·基因调控网络研究历史和现状 | 第16-17页 |
| ·基因调控网络研究的意义 | 第17页 |
| ·基因调控网络研究的技术关键 | 第17-18页 |
| ·本文主要工作及论文结构 | 第18-21页 |
| 第2章 基因调控网络重构及其相关技术 | 第21-37页 |
| ·基因调控网络概述 | 第21-24页 |
| ·原核生物基因调控网络概述 | 第22-23页 |
| ·真核生物基因调控网络概述 | 第23-24页 |
| ·经典的网络构建模型 | 第24-35页 |
| ·布尔网络模型 | 第24-27页 |
| ·贝叶斯网络模型 | 第27-31页 |
| ·神经网络模型 | 第31-34页 |
| ·微分方程模型 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-37页 |
| 第3章 基因数据预处理 | 第37-63页 |
| ·数据形式及其转换 | 第37-44页 |
| ·聚类算法分析 | 第44-49页 |
| ·常用聚类方法 | 第45-48页 |
| ·传统聚类的局限性 | 第48-49页 |
| ·双聚类算法 | 第49-51页 |
| ·双聚类算法描述 | 第49-50页 |
| ·Cheng-Church 双聚类算法 | 第50-51页 |
| ·基于多数据源融合的双聚类算法 PGAB | 第51-61页 |
| ·多数据源融合方法 | 第52-53页 |
| ·PGAB 算法描述 | 第53-55页 |
| ·算法流程 | 第55-56页 |
| ·试验与结果分析 | 第56-61页 |
| ·本章小结 | 第61-63页 |
| 第4章 基于 SVD 框架的微分方程模型构建基因调控网络 | 第63-89页 |
| ·引言 | 第63-64页 |
| ·模型的数学框架 | 第64-65页 |
| ·SVD 算法及其实现 | 第65-75页 |
| ·算法描述 | 第65-71页 |
| ·算法的具体实现 | 第71-72页 |
| ·微分方程形式 | 第72-75页 |
| ·优化算法 | 第75-79页 |
| ·实验与结果分析 | 第79-88页 |
| ·有基因调控网络图数据的网络构建 | 第80-84页 |
| ·无基因调控网络结果图的网络构建 | 第84页 |
| ·模拟数据网络 | 第84-86页 |
| ·真实数据网络 | 第86-88页 |
| ·本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 基于 OPSO 方法的微分方程模型构建基因调控网络 | 第89-99页 |
| ·引言 | 第89-91页 |
| ·选择策略下的网络优化 | 第91-94页 |
| ·选择策略比较与分析 | 第91-92页 |
| ·前后结合选择策略 | 第92-94页 |
| ·OPSO 优化算法及其实现 | 第94-97页 |
| ·OPSO 优化算法描述 | 第94-95页 |
| ·OPSO 算法流程 | 第95-97页 |
| ·实验与结果分析 | 第97-98页 |
| ·本章小结 | 第98-99页 |
| 第6章 结果与展望 | 第99-103页 |
| ·工作总结 | 第99-101页 |
| ·系统生物学与基因调控网络展望 | 第101-103页 |
| ·系统生物学发展与展望 | 第101页 |
| ·基因调控网络发展与展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-113页 |
| 作者简介及科研成果 | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115页 |