碱基关联矩阵法在DNA病毒亲缘关系研究中的应用
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-19页 |
| ·生物学背景 | 第12-15页 |
| ·系统发生学概况 | 第12-14页 |
| ·病毒的基本知识及进化研究 | 第14-15页 |
| ·生物信息学在系统发生学中的应用 | 第15-18页 |
| ·序列联配方法 | 第15-16页 |
| ·基于全基因组的非联配方法的进化研究 | 第16-17页 |
| ·DNA序列碱基关联的研究背景 | 第17-18页 |
| ·论文内容安排 | 第18-19页 |
| 第二章 理论方法 | 第19-27页 |
| ·信息关联和偏信息关联 | 第19-22页 |
| ·基于统计工具构建碱基关联矩阵 | 第22-24页 |
| ·进化距离 | 第24-25页 |
| ·进化树的构建 | 第25页 |
| ·进化树的统计检验 | 第25-27页 |
| 第三章 哺乳动物的亲缘关系 | 第27-33页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·哺乳动物数据集 | 第27-28页 |
| ·哺乳动物的碱基关联矩阵 | 第28-30页 |
| ·哺乳动物的系统发生树 | 第30-33页 |
| 第四章 dsDNA病毒的亲缘关系 | 第33-42页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·数据集 | 第33页 |
| ·dsDNA病毒的碱基关联矩阵 | 第33-35页 |
| ·dsDNA病毒的系统发生树 | 第35-39页 |
| ·dsDNA病毒家族间的亲缘关系 | 第36页 |
| ·dsDNA病毒家族内的亲缘关系 | 第36-38页 |
| ·乳头瘤病毒科的系统发生树 | 第38-39页 |
| ·与其他非联配方法比较 | 第39-42页 |
| 第五章 ssDNA病毒的亲缘关系 | 第42-52页 |
| ·引言 | 第42页 |
| ·数据集 | 第42页 |
| ·细小病毒科的碱基关联矩阵 | 第42-44页 |
| ·细小病毒科的系统发生树 | 第44-46页 |
| ·ssDNA病毒的碱基关联矩阵 | 第46-48页 |
| ·ssDNA病毒的系统发生树 | 第48-51页 |
| ·ssDNA病毒家族间的亲缘关系 | 第48-50页 |
| ·ssDNA病毒家族内的亲缘关系 | 第50-51页 |
| ·小结 | 第51-52页 |
| 第六章 总结和展望 | 第52-55页 |
| ·工作总结 | 第52-54页 |
| ·工作展望 | 第54-55页 |
| 附录 | 第55-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读博士学位期间发表及完成的学术论文 | 第82页 |
