双序统计显著性评估的高性能算法研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-29页 |
| ·研究背景与意义 | 第17-20页 |
| ·国内外研究现状 | 第20-25页 |
| ·序列比对的研究发展现状 | 第20-23页 |
| ·比对分值的统计显著性研究现状 | 第23-25页 |
| ·论文的主要工作与创新点 | 第25-28页 |
| ·主要工作 | 第25-27页 |
| ·主要创新点 | 第27-28页 |
| ·论文章节结构 | 第28-29页 |
| 第二章 生物序列分析的统计显著性 | 第29-45页 |
| ·生物分析的相关概念 | 第29-32页 |
| ·生物序列 | 第29-31页 |
| ·序列的相似性与同源性 | 第31-32页 |
| ·序列比对 | 第32-36页 |
| ·序列比对中的操作 | 第32-33页 |
| ·比对评分策略 | 第33-35页 |
| ·序列比对算法 | 第35-36页 |
| ·比对分值的统计显著性评估方法 | 第36-44页 |
| ·序列分析中的 P 值 | 第37-38页 |
| ·比对分值的统计显著性概率模型 | 第38-42页 |
| ·双序统计显著性评估 | 第42-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第三章 多核处理器下的双序统计显著性评估算法 | 第45-73页 |
| ·相关工作 | 第45-53页 |
| ·摩尔定律困境与性能危机 | 第45-47页 |
| ·并行计算的性能评价 | 第47-50页 |
| ·存储器访问模型 | 第50-52页 |
| ·OpenMP 编程范式 | 第52-53页 |
| ·双序统计显著性评估的并行任务分解 | 第53-60页 |
| ·序列重排计算密集核并行性 | 第54页 |
| ·序列比对计算密集核并行性 | 第54-56页 |
| ·序列比对算法的细粒度并行代价分析 | 第56-58页 |
| ·序列比对算法的粗粒度并行代价分析 | 第58页 |
| ·序列比对算法的复杂度分析 | 第58-60页 |
| ·极值分布的统计参数拟合 | 第60-64页 |
| ·非保守双序统计显著性评估 | 第64-65页 |
| ·并行双序统计显著性评估算法 | 第65-68页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第68-72页 |
| ·实验环境 | 第68页 |
| ·性能分析 | 第68-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 第四章 层次混合构架下的双序统计显著性评估算法 | 第73-91页 |
| ·相关工作 | 第73-82页 |
| ·超级计算机平台 | 第73-75页 |
| ·混合编程范式 | 第75-77页 |
| ·MPI 消息传递模型 | 第77-78页 |
| ·序列特定矩阵的构造 | 第78-81页 |
| ·查询错误数与覆盖率 | 第81-82页 |
| ·分布式评估算法设计 | 第82-86页 |
| ·基于消息机制的并行算法 | 第82-84页 |
| ·层次混合构架下的并行算法 | 第84-86页 |
| ·实验结果与分析 | 第86-88页 |
| ·评估准确度验证 | 第88-90页 |
| ·本章小结 | 第90-91页 |
| 第五章 统一计算架构下的双序统计显著性评估算法 | 第91-113页 |
| ·相关工作 | 第91-95页 |
| ·统一计算架构 | 第91-92页 |
| ·通用图形处理器与并行计算 | 第92-95页 |
| ·统一计算架构下的性能优化 | 第95-103页 |
| ·并行伪随机数生成算法 | 第96-98页 |
| ·全局内存中的序列布局重建 | 第98-100页 |
| ·计算单元负载优化 | 第100-101页 |
| ·替换评分矩阵的各向异性定制 | 第101-103页 |
| ·双序统计显著性评估的加速算法 | 第103-107页 |
| ·单对加速算法 | 第103-104页 |
| ·多对加速算法 | 第104-107页 |
| ·实验结果与分析 | 第107-112页 |
| ·实验平台 | 第107-108页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第108-112页 |
| ·本章小结 | 第112-113页 |
| 第六章 总结与展望 | 第113-117页 |
| ·研究工作总结 | 第113-116页 |
| ·未来工作展望 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-127页 |
| 攻读博士期间取得的研究成果 | 第127-129页 |
