| 摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-17页 |
| 1 文献综述 | 第17-48页 |
| ·微生物基因组学 | 第17-25页 |
| ·微生物基因组学的发展历史 | 第17-20页 |
| ·微生物基因组学研究现状及内容 | 第20-23页 |
| ·微生物基因组学研究意义与展望 | 第23-25页 |
| ·沙门氏菌的研究进展 | 第25-38页 |
| ·沙门氏菌属的生物学特性 | 第25-28页 |
| ·沙门氏菌感染的临床症状 | 第28-29页 |
| ·非伤寒沙门氏菌的流行病学特征 | 第29-30页 |
| ·抗生素抑菌机制 | 第30-31页 |
| ·细菌抗药性的获得方式分类 | 第31-32页 |
| ·Integron与Gene Cassette | 第32-35页 |
| ·Superintegron | 第35-36页 |
| ·细菌基因的重组机制 | 第36-38页 |
| ·沙门氏菌基因组的研究现状 | 第38-43页 |
| ·Salmonella enterica serovar Typhi CT18 | 第38-39页 |
| ·Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 | 第39-40页 |
| ·Salmonella enterica serovar Typhi Ty2 | 第40-42页 |
| ·Salmonella enterica serovar Paratyphi A | 第42-43页 |
| ·猪霍乱沙门氏菌SC-B67的特性 | 第43-45页 |
| ·猪霍乱沙门氏菌携带的毒性质粒 | 第45-46页 |
| ·课题的立题依据和意义 | 第46-48页 |
| 2 材料与方法 | 第48-51页 |
| ·沙门氏菌SC-B67基因组测序拼接和比较基因组学 | 第48-51页 |
| ·沙门氏菌SC-B67的基因组测序和组装 | 第48页 |
| ·沙门氏菌SC-B67基因组的Finishing | 第48-49页 |
| ·基因组的组装检查和序列质量的提高 | 第49页 |
| ·基因组以及质粒ORF的预测和注释 | 第49-50页 |
| ·沙门氏菌群的比较基因组学 | 第50-51页 |
| 3 结果与讨论 | 第51-90页 |
| ·S.Choleraesuis SC-B67基因组 | 第51-66页 |
| ·SC-B67基因组的基本特性 | 第51-53页 |
| ·沙门氏菌的比较基因组学分析 | 第53-55页 |
| ·沙门氏菌假基因差异 | 第55-61页 |
| ·血管性血友病因子 | 第61页 |
| ·SC-B67的五个致病岛 | 第61-63页 |
| ·pSC138与pSCV50质粒 | 第63-66页 |
| ·pSC138抗药大质粒的结果与讨论 | 第66-75页 |
| ·pSC138质粒的基本特性 | 第66页 |
| ·pSC138质粒的插入序列和转座子 | 第66-73页 |
| ·pSC138质粒复制区特性 | 第73-74页 |
| ·pSC138质粒的转移区域 | 第74-75页 |
| ·pSCV50致病质粒的注释与讨论 | 第75-83页 |
| ·S.Choleraesuis OU7519具毒性大质粒pOU7519的结果和讨论 | 第83-88页 |
| ·本章小结 | 第88-90页 |
| 4 结束语 | 第90-91页 |
| 5 个人简历与原创文章、著作列表 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-112页 |
| 致谢 | 第112页 |
