| 内容提要 | 第1-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-15页 |
| ·生物信息学简介 | 第9-10页 |
| ·计算机模拟概述 | 第10-12页 |
| ·生物信息学在药物领域的应用 | 第12-13页 |
| ·研究目的和论文内容 | 第13-15页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第15-39页 |
| ·量子化学从头算方法 | 第15-22页 |
| ·Hartree-Fock 理论 | 第15-16页 |
| ·密度泛函理论 | 第16-19页 |
| ·势能面 | 第19-22页 |
| ·分子力学及分子动力学模拟 | 第22-39页 |
| ·分子力场 | 第22-25页 |
| ·分子力学 | 第25-27页 |
| ·分子动力学 | 第27-35页 |
| ·分子对接 | 第35-39页 |
| 第三章 基质金属蛋白酶MMP-1 和MMP-3 新型非肽类抑制剂的效能和选择性的理论研究 | 第39-60页 |
| ·引言 | 第39-41页 |
| ·理论和方法 | 第41-45页 |
| ·MMPs 初始结构的构建 | 第41页 |
| ·抑制剂与MMPs 的分子对接研究 | 第41-44页 |
| ·量子化学的计算 | 第44-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-59页 |
| ·抑制剂的效能 | 第45-53页 |
| ·抑制剂对MMP-1 和MMP-3 的选择性 | 第53-56页 |
| ·量子化学计算 | 第56-59页 |
| ·本章 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 基质金属蛋白酶MMP-2 和MMP-9 新型非肽类抑制剂的效能和选择性的理论研究 | 第60-85页 |
| ·引言 | 第60-63页 |
| ·理论和方法 | 第63-66页 |
| ·MMPs 初始结构的构建 | 第63页 |
| ·抑制剂与MMPs 的分子对接研究 | 第63-65页 |
| ·量子化学的计算 | 第65-66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-84页 |
| ·抑制剂的效能 | 第66-76页 |
| ·羟基与抑制剂选择性的关系 | 第76-81页 |
| ·量子化学的计算 | 第81-84页 |
| ·本章 小结 | 第84-85页 |
| 第五章 查尔酮合酶催化P-coumaroyl-CoA 和Malonyl-CoA 合成查尔酮的反应机理的理论研究 | 第85-108页 |
| ·引言 | 第85-88页 |
| ·理论和方法 | 第88-92页 |
| ·加载步骤酶-底物复合物初始结构的构建 | 第88-89页 |
| ·脱羧步骤酶-底物复合物初始结构的构建 | 第89-91页 |
| ·链延长步骤酶-底物复合物初始结构的构建 | 第91-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-107页 |
| ·加载步骤 | 第92-96页 |
| ·脱羧步骤 | 第96-105页 |
| ·链延长步骤 | 第105-107页 |
| ·本章 小结 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-137页 |
| 论文摘要 | 第137-139页 |
| ABSTRACT | 第139-142页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143页 |
