| 缩写词表 | 第1-9页 |
| 中文摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 前言 | 第14-17页 |
| 第一章 器官/组织/细胞蛋白质组相对于“全蛋白质组”结构域分布特征分析 | 第17-35页 |
| 第一节 人类肝脏蛋白质组结构域分布特征分析 | 第17-30页 |
| 1 材料与方法 | 第18-21页 |
| ·数据集 | 第18页 |
| ·结构域及结构域组合预测 | 第18页 |
| ·结构域特征分析 | 第18-19页 |
| ·结构域数目计算 | 第19-20页 |
| ·富集与缺失分析方法 | 第20页 |
| ·结构域功能归类 | 第20页 |
| ·蛋白质定量等级化分及量值变异性分析 | 第20-21页 |
| ·生物信息学工具 | 第21页 |
| 2 结果与讨论 | 第21-29页 |
| ·pHGEP 和pHLP 结构域注释基本信息 | 第21页 |
| ·人类肝脏蛋白质组整体水平结构域特征 | 第21-27页 |
| ·人类肝脏蛋白质组群体水平结构域特征 | 第27-29页 |
| 3 小结 | 第29-30页 |
| 第二节 器官/组织/细胞蛋白质组结构域特征偏性分布规律探索 | 第30-35页 |
| 1 材料与方法 | 第30页 |
| ·人体 73 种器官/组织/细胞预期蛋白质组的构建 | 第30页 |
| ·结构域预测及结构域特征分析 | 第30页 |
| ·结构域特征富集及缺失分析 | 第30页 |
| 2 结果与讨论 | 第30-34页 |
| ·结构域混杂度特征 | 第30-31页 |
| ·蛋白质结构域数目特征 | 第31-32页 |
| ·结构域连接度特征分析 | 第32页 |
| ·结构域年龄特征分析 | 第32-34页 |
| 3 小结 | 第34-35页 |
| 第二章 蛋白质组水平蛋白质的结构域特征与其丰度的相关性研究 | 第35-43页 |
| 1 材料与方法 | 第35-36页 |
| ·数据及定量方法 | 第35页 |
| ·结构域定义、数目计算 | 第35-36页 |
| ·结构域覆盖率的计算 | 第36页 |
| ·Spearman 相关性分析及作图 | 第36页 |
| 2 结果 | 第36-40页 |
| ·蛋白质DN 与丰度相关性 | 第36页 |
| ·蛋白质DC 与丰度相关性 | 第36页 |
| ·蛋白PPI_DC 与丰度的相关性 | 第36-40页 |
| 3 小结与讨论 | 第40-43页 |
| ·小结 | 第40页 |
| ·讨论 | 第40-43页 |
| 第三章 KRAB 型锌指蛋白在红系分化中的调控功能探索 | 第43-61页 |
| 第一节 KAP-1 复合体在MEL 细胞红系分化中的调控功能 | 第43-51页 |
| 1 材料与方法 | 第44-47页 |
| ·材料 | 第44页 |
| ·MEL 红系分化模型的建立及评价 | 第44-45页 |
| ·KAP-1 条件型RNAi 载体构建 | 第45-46页 |
| ·细胞转染及单克隆稳定株筛选 | 第46页 |
| ·KAP-1 敲低及效果检测 | 第46-47页 |
| ·KAP-1 RNAi 对MEL 细胞红系分化的影响检测 | 第47页 |
| 2 结果 | 第47-49页 |
| ·MEL 细胞红系分化模型的评价 | 第47-48页 |
| ·KAP-1 RNAi 效果评价 | 第48-49页 |
| ·KAP-1 复合体负调控Ey 基因表达 | 第49页 |
| 3 小结与讨论 | 第49-51页 |
| 第二节 MEL 细胞中KAP-1 相互作用蛋白的分离、鉴定及KRAB-ZFPs 筛选 | 第51-61页 |
| 1 材料与方法 | 第51-55页 |
| ·材料 | 第51页 |
| ·细胞核蛋白质复合物的提取及效果评价 | 第51-52页 |
| ·核内外KAP-1 含量及KAP-1 复合体BN-PAGE-WB 分析 | 第52页 |
| ·IP 及其产物的质谱鉴定 | 第52-54页 |
| ·质谱鉴定结果处理分析 | 第54页 |
| ·重要候选分子筛选 | 第54-55页 |
| ·重要候选分子调控功能验证 | 第55页 |
| 2 结果 | 第55-60页 |
| ·MEL 细胞核分离效果及KAP-1 核内外含量分析 | 第55-56页 |
| ·IP 方法分离MEL 细胞核内与KAP-1 相互作用蛋白 | 第56页 |
| ·质谱鉴定结果总体分析 | 第56-58页 |
| ·重要候选分子筛选及验证 | 第58-59页 |
| ·Zfp445 RNAi 对Ey 基因表达影响 | 第59-60页 |
| 3 小结与讨论 | 第60-61页 |
| 全文总结与讨论 | 第61-64页 |
| 1 总结 | 第61页 |
| 2 讨论 | 第61-64页 |
| ·器官/组织/细胞蛋白质组结构域规律性的偏性分布 | 第61-62页 |
| ·基于结构域特征的蛋白质丰度分布规律 | 第62页 |
| ·KRAB-ZFPs 家族与红系分化调控 | 第62-63页 |
| ·蛋白质组学是产生“假设”和发现“规律”的强大引擎 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-71页 |
| 附录 | 第71-95页 |
| 附录-1 用于定义结构域年龄的代表性物种 | 第71-73页 |
| 附录-2 人类肝脏特征性结构域列表 | 第73-77页 |
| 附录-3 73 种人体“OTC”预期蛋白质组结构域分布特征 | 第77-89页 |
| 附录-4 实验中所用引物详细信息 | 第89-90页 |
| 附录-5 ProSmart 软件著作权登记证书 | 第90-91页 |
| 附录-6 文献综述一：结构域特征与生物学复杂性 | 第91-95页 |
| 个人简历 | 第95-96页 |
| 在读期间发表与投稿的论文 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
