| 摘要 | 第3-7页 |
| abstract | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第17-61页 |
| 1.1 人体微生物组研究 | 第17-21页 |
| 1.1.1 人体微生物组概述 | 第17页 |
| 1.1.2 人体微生物组研究计划 | 第17-19页 |
| 1.1.3 微生物组分析技术 | 第19-21页 |
| 1.2 肠道菌群与健康 | 第21-24页 |
| 1.3 影响肠道菌群定植的因素 | 第24-30页 |
| 1.3.1 环境因素 | 第24-27页 |
| 1.3.2 年龄 | 第27-28页 |
| 1.3.3 性别 | 第28页 |
| 1.3.4 宿主基因型 | 第28-30页 |
| 1.3.5 其它相关因素 | 第30页 |
| 1.4 肠道菌群菌株水平研究 | 第30-33页 |
| 1.4.1 菌株水平研究的必要性 | 第30-32页 |
| 1.4.2 菌株水平研究进展 | 第32-33页 |
| 1.5 双歧杆菌 | 第33-39页 |
| 1.5.1 双歧杆菌概述 | 第33-34页 |
| 1.5.2 双歧杆菌肠道定植 | 第34-35页 |
| 1.5.3 双歧杆菌的生理功能及应用 | 第35-36页 |
| 1.5.4 双歧杆菌菌株-宿主相互作用研究 | 第36页 |
| 1.5.5 双歧杆菌鉴定技术研究进展 | 第36-39页 |
| 1.6 本研究所涉及的相关生物学技术 | 第39-44页 |
| 1.6.1 多位点序列分型(MLST) | 第39-42页 |
| 1.6.2 随机引物扩增多态性分析(RAPD) | 第42-44页 |
| 1.6.3 实时荧光定量PCR | 第44页 |
| 1.7 本课题的研究意义和目的 | 第44-46页 |
| 1.7.1 本课题的研究意义 | 第44-45页 |
| 1.7.2 本课题研究内容和拟达到的研究目的 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-61页 |
| 第二章 双歧杆菌多位点序列分型技术的建立 | 第61-77页 |
| 2.1 前言 | 第61-62页 |
| 2.2 材料与方法 | 第62-67页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第62页 |
| 2.2.2 保存与培养条件 | 第62页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第62-63页 |
| 2.2.4 主要仪器 | 第63-64页 |
| 2.2.5 细菌基因组DNA提取 | 第64-65页 |
| 2.2.6 管家基因位点及引物 | 第65-66页 |
| 2.2.7 管家基因扩增反应条件优化 | 第66页 |
| 2.2.8 琼脂糖凝胶电泳 | 第66-67页 |
| 2.2.9 扩增片段测序 | 第67页 |
| 2.2.10 序列型分析 | 第67页 |
| 2.3 结果与分析 | 第67-73页 |
| 2.3.1 双歧杆菌菌株活化与基因组DNA提取 | 第67-68页 |
| 2.3.2 基因位点选择与扩增条件优化 | 第68-70页 |
| 2.3.3 序列测定与菌株分型分析 | 第70-73页 |
| 2.4 讨论 | 第73-74页 |
| 本章小结 | 第74页 |
| 参考文献 | 第74-77页 |
| 第三章 双胞胎肠道双歧杆菌菌株型影响因素分析 | 第77-103页 |
| 3.1 前言 | 第77-78页 |
| 3.2 材料与方法 | 第78-83页 |
| 3.2.1 志愿者招募 | 第78-79页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第79-80页 |
| 3.2.3 主要仪器 | 第80页 |
| 3.2.4 粪便样本收集 | 第80页 |
| 3.2.5 双歧杆菌计数与分离 | 第80-81页 |
| 3.2.6 双歧杆菌种水平鉴定 | 第81页 |
| 3.2.7 管家基因扩增与测序 | 第81-82页 |
| 3.2.8 数据分析 | 第82-83页 |
| 3.3 结果与分析 | 第83-94页 |
| 3.3.1 双胞胎肠道双歧杆菌计数 | 第83-84页 |
| 3.3.2 双歧杆菌菌株分离和鉴定 | 第84-85页 |
| 3.3.3 长双歧杆菌长亚种分离株管家基因扩增与序列分析 | 第85-86页 |
| 3.3.4 分离株序列型分析与独立菌株确定 | 第86-88页 |
| 3.3.5 双胞胎肠道长双歧杆菌长亚种菌株型的相似度比较分析 | 第88-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-97页 |
| 本章小结 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-103页 |
| 第四章 菌株特异性定量检测技术建立 | 第103-126页 |
| 4.1 前言 | 第103-104页 |
| 4.2 材料与方法 | 第104-111页 |
| 4.2.1 实验菌株 | 第104-105页 |
| 4.2.2 菌株保存与活化方法 | 第105页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第105-106页 |
| 4.2.4 主要仪器 | 第106页 |
| 4.2.5 双歧杆菌基因组DNA提取 | 第106页 |
| 4.2.6 粪便DNA提取 | 第106-107页 |
| 4.2.7 随机引物扩增多态性分析 | 第107-108页 |
| 4.2.8 特异条带纯化与克隆测序 | 第108-109页 |
| 4.2.9 引物设计与验证 | 第109页 |
| 4.2.10 活菌计数方法 | 第109-110页 |
| 4.2.11 荧光定量PCR | 第110-111页 |
| 4.3 结果与分析 | 第111-121页 |
| 4.3.1 RAPD图谱与特异性条带 | 第111-115页 |
| 4.3.2 菌株特征条带克隆测序与特异引物设计 | 第115-116页 |
| 4.3.3 扩增条件优化与特异性引物筛选 | 第116-118页 |
| 4.3.4 粪便DNA提取与引物验证 | 第118-119页 |
| 4.3.5 定量检测方法与标准曲线建立 | 第119-121页 |
| 4.4 讨论 | 第121-122页 |
| 本章小结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-126页 |
| 第五章 宿主基因型和饮食对双歧杆菌菌株在小鼠肠道定植的差异化影响 | 第126-151页 |
| 5.1 前言 | 第126-128页 |
| 5.2 材料与方法 | 第128-132页 |
| 5.2.1 实验菌株 | 第128页 |
| 5.2.2 保存与培养方法 | 第128页 |
| 5.2.3 主要试剂 | 第128页 |
| 5.2.4 主要仪器 | 第128-129页 |
| 5.2.5 实验动物 | 第129页 |
| 5.2.6 灌胃 | 第129页 |
| 5.2.7 粪便收集 | 第129页 |
| 5.2.8 肠道内容物收集 | 第129-130页 |
| 5.2.9 菌株含量检测 | 第130页 |
| 5.2.10 小鼠分组与实验设计 | 第130-131页 |
| 5.2.11 动物实验技术路线 | 第131-132页 |
| 5.3 结果与分析 | 第132-143页 |
| 5.3.1 幼年期菌株植入 | 第132-136页 |
| 5.3.2 成年期菌株存续性(persistence)比较 | 第136-143页 |
| 5.4 讨论 | 第143-146页 |
| 本章小结 | 第146-147页 |
| 参考文献 | 第147-151页 |
| 第六章 全文总结 | 第151-154页 |
| 论文的创新性 | 第154-155页 |
| 展望 | 第155-156页 |
| 附录1 缩写词列表 | 第156-158页 |
| 附表 | 第158-161页 |
| 致谢 | 第161-162页 |
| 攻读博士学位期间发表论文和申请专利 | 第162-164页 |
