| 缩略语 | 第7-8页 |
| 中文摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 一、海南岛重要动物宿主携带病毒宏基因组学研究 | 第16-37页 |
| 1.材料 | 第17-19页 |
| 1.1 动物样本采集 | 第17-18页 |
| 1.2 主要试剂与耗材 | 第18页 |
| 1.3 主要仪器 | 第18-19页 |
| 1.4 生物信息学软件 | 第19页 |
| 2.方法 | 第19-23页 |
| 2.1 动物宿主样本采集与解剖 | 第19页 |
| 2.2 宏基因组学前处理 | 第19-23页 |
| 2.2.1 离心去除细胞碎片 | 第19页 |
| 2.2.2 外源核酸消化 | 第19-20页 |
| 2.2.3 病毒样本RNA提取 | 第20-21页 |
| 2.2.4 Viral Meta反转录和SISPA-PCR扩增 | 第21-23页 |
| 2.2.4.1 Viral Meta反转录 | 第21页 |
| 2.2.4.2 病毒dsc DNA合成 | 第21-22页 |
| 2.2.4.3 SISPA-PCR | 第22页 |
| 2.2.4.4 SISPA-PCR产物纯化和电泳 | 第22-23页 |
| 2.2.5 宏基因组测序 | 第23页 |
| 2.2.6 宏基因组学注释 | 第23页 |
| 3.结果 | 第23-34页 |
| 3.1 核酸SISPA扩增结果 | 第23-24页 |
| 3.2 病毒宏基因组学测序结果 | 第24-34页 |
| 3.2.1 蝙蝠病毒文库 | 第24-27页 |
| 3.2.2 啮齿动物病毒文库 | 第27-31页 |
| 3.2.3 活禽市场家禽粪便的病毒文库 | 第31-34页 |
| 4.讨论 | 第34-37页 |
| 二、温州病毒海口株的基因组分析和检测方法建立 | 第37-52页 |
| 1.材料与方法 | 第37-43页 |
| 1.1 材料 | 第37-38页 |
| 1.2 方法 | 第38-43页 |
| 1.2.1 病毒分离培养 | 第38页 |
| 1.2.2 引物设计和合成 | 第38-40页 |
| 1.2.3 病毒RNA的提取 | 第40页 |
| 1.2.4 cDNA的逆转录合成 | 第40页 |
| 1.2.5 温州病毒PCR验证 | 第40-41页 |
| 1.2.6 温州病毒基因组扩增 | 第41页 |
| 1.2.7 扩增产物纯化克隆和Sanger测序 | 第41-42页 |
| 1.2.8 病毒基因组注释与进化分析 | 第42页 |
| 1.2.9 检测方法建立 | 第42-43页 |
| 1.2.9.1 质粒标准品的制备 | 第42页 |
| 1.2.9.2 荧光定量PCR反应条件的优化 | 第42页 |
| 1.2.9.3 荧光定量PCR敏感性试验及标准曲线的建立 | 第42页 |
| 1.2.9.4 荧光定量PCR的初步应用 | 第42-43页 |
| 2.结果 | 第43-50页 |
| 2.1 病毒分离培养 | 第43页 |
| 2.2 温州病毒基因组全长扩增结果 | 第43页 |
| 2.3 温州病毒基因组序列比较结果 | 第43-45页 |
| 2.3.1 基因组结构分析 | 第43-44页 |
| 2.3.2 温州病毒同源性分析 | 第44-45页 |
| 2.4 温州病毒进化树分析 | 第45-47页 |
| 2.5 温州病毒检测方法建立 | 第47-50页 |
| 2.5.1 靶基因的扩增 | 第47-48页 |
| 2.5.2 敏感性试验及标准曲线的建立 | 第48-49页 |
| 2.5.3 熔解曲线的分析 | 第49页 |
| 2.5.4 疑似WENV感染的家鼠肝组织中病毒含量的检测 | 第49-50页 |
| 3.讨论 | 第50-52页 |
| 三、禽类轮状病毒海口株的基因组分析和检测方法建立 | 第52-62页 |
| 1.材料与方法 | 第53-57页 |
| 1.1 材料 | 第53页 |
| 1.2 方法 | 第53-57页 |
| 1.2.1 引物设计和合成 | 第53-54页 |
| 1.2.2 病毒RNA的提取 | 第54页 |
| 1.2.3 cDNA的逆转录合成 | 第54页 |
| 1.2.4 轮状病毒PCR验证 | 第54-55页 |
| 1.2.5 轮状病毒基因组扩增 | 第55页 |
| 1.2.6 扩增产物纯化克隆和Sanger测序 | 第55-56页 |
| 1.2.7 病毒基因组注释与进化分析 | 第56页 |
| 1.2.8 检测方法建立 | 第56-57页 |
| 1.2.8.1 质粒标准品的制备 | 第56页 |
| 1.2.8.2 荧光定量PCR反应条件的优化 | 第56-57页 |
| 1.2.8.3 荧光定量PCR敏感性试验及标准曲线的建立 | 第57页 |
| 2.结果 | 第57-60页 |
| 2.1 轮状病毒VP7和VP4基因全长扩增结果 | 第57-58页 |
| 2.2 轮状病毒基因组序列比较结果 | 第58页 |
| 2.3 轮状病毒进化树分析 | 第58-59页 |
| 2.4 轮状病毒检测方法建立 | 第59-60页 |
| 2.4.1 靶基因的扩增 | 第59页 |
| 2.4.2 敏感性试验及标准曲线的建立 | 第59-60页 |
| 2.4.3 熔解曲线的分析 | 第60页 |
| 3.讨论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 综述 蝙蝠和蝙蝠病毒 | 第69-80页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 个人简历 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
