| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-22页 |
| 1.1 真核微生物在生态系统中的作用 | 第13页 |
| 1.2 微生物生态学的研究方法 | 第13-18页 |
| 1.2.1 基于纯培养的微生物生态学的研究方法 | 第14页 |
| 1.2.2 基于非培养的分子生物学研究方法 | 第14-18页 |
| 1.2.2.1 实时荧光定量PCR(qPCR) | 第14页 |
| 1.2.2.2 限制性内切酶片段长度多态性(TRFLP) | 第14-15页 |
| 1.2.2.3 克隆文库法 | 第15页 |
| 1.2.2.4 基于基因指纹的研究方法 | 第15-16页 |
| 1.2.2.5 高通量测序法 | 第16-17页 |
| 1.2.2.6 基于第三代测序技术的研究方法 | 第17-18页 |
| 1.3 影响真核微生物群落结构的因素 | 第18-19页 |
| 1.4 黄河口的生态及微生物生态研究状况 | 第19-21页 |
| 1.4.1 河口地区生态及微生态的研究状况 | 第19-20页 |
| 1.4.2 黄河口的生态及微生态的研究概况 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-36页 |
| 2.1 材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 实验所需样品材料 | 第22-23页 |
| 2.1.2 主要酶和生化试剂 | 第23页 |
| 2.1.3 实验引物 | 第23-24页 |
| 2.1.4 仪器设备 | 第24页 |
| 2.2 方法 | 第24-32页 |
| 2.2.1 采样方法 | 第24-25页 |
| 2.2.2 理化测定 | 第25-26页 |
| 2.2.3 样品DNA的提取 | 第26-28页 |
| 2.2.3.1 沉积物样品DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.3.2 水体DNA的提取 | 第27-28页 |
| 2.2.4 定量PCR检测真核微生物群落丰度 | 第28-32页 |
| 2.2.4.1 标准质粒模板的构建 | 第29-31页 |
| 2.2.4.2 定量PCR检测目的基因拷贝数 | 第31-32页 |
| 2.3 高通量测序 | 第32-35页 |
| 2.3.1 高通量数据上机检测 | 第32-33页 |
| 2.3.2 高通量数据下机处理 | 第33页 |
| 2.3.3 样品多样性分析 | 第33-35页 |
| 2.3.3.1 样品组内α-多样性分析 | 第33-34页 |
| 2.3.3.2 样品组间β-多样性分析 | 第34-35页 |
| 2.3.4 相关关系分析 | 第35页 |
| 2.3.4.1 样品间Heatmap图制作 | 第35页 |
| 2.3.4.2 物种群落组成与环境因子之间关系的分析 | 第35页 |
| 2.4 序列提交 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-53页 |
| 3.1 黄河口沉积物和水体的理化特征 | 第36页 |
| 3.2 真核微生物群落丰度和多样性分析 | 第36-40页 |
| 3.2.1 真核微生物群落丰度分析 | 第36-38页 |
| 3.2.2 真核微生物群落多样性分析 | 第38-40页 |
| 3.2.2.1 黄河口沉积物和水体真核微生物群落的α-多样性分析 | 第38-39页 |
| 3.2.2.2 黄河口沉积物和水体真核微生物群落的β-多样性分析 | 第39-40页 |
| 3.3 黄河口沉积物和水体真核微生物的群落结构分析 | 第40-47页 |
| 3.3.1 黄河口沉积物和水体真核微生物在门水平的群落结构分析 | 第40-41页 |
| 3.3.2 黄河口沉积物和水体真核微生物在纲和目水平的群落结构分析 | 第41-42页 |
| 3.3.3 黄河口沉积物和水体中真核微生物在OTU水平的群落结构分析 | 第42-43页 |
| 3.3.4 黄河口沉积物和水体真核微生物群落结构的Welch’st-test差异分析 | 第43-44页 |
| 3.3.5 黄河口沉积物和水体真核微生物群落结构的LEfSe差异分析 | 第44-46页 |
| 3.3.6 黄河口沉积物和水体中真核微生物群落之间的网络关系分析 | 第46-47页 |
| 3.4 黄河口沉积物和水体真核微生物群落分布与理化因子的相关关系分析 | 第47-53页 |
| 3.4.1 黄河口沉积物和水体真核微生物群落与理化因子的关系 | 第47-48页 |
| 3.4.2 黄河口沉积物和水体真核微生物的丰度及多样性与理化因子的关系 | 第48-49页 |
| 3.4.3 黄河口沉积物和水体真核微生物群落与理化因子的关系 | 第49-53页 |
| 4 讨论 | 第53-58页 |
| 4.1 沉积物和水体的真核微生物的丰度和多样性 | 第53-54页 |
| 4.2 沉积物与水体的真核微生物的分类群差异 | 第54-55页 |
| 4.3 影响真核微生物群落组成的潜在因素 | 第55-56页 |
| 4.4 真核微生物在生态系统中的潜在功能 | 第56-58页 |
| 5 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
