基于网络模型的癌症驱动模式挖掘方法
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第12-13页 |
| 缩略语对照表 | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-27页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第17-18页 |
| 1.2 研究进展与存在问题 | 第18-24页 |
| 1.2.1 国内外研究进展 | 第18-23页 |
| 1.2.2 存在问题 | 第23-24页 |
| 1.3 本文内容及组织结构 | 第24-27页 |
| 1.3.1 研究思路与主要贡献 | 第24-25页 |
| 1.3.2 组织结构 | 第25-27页 |
| 第二章 癌症驱动模块挖掘方法 | 第27-41页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 驱动模块的定义 | 第28-29页 |
| 2.3 驱动模块挖掘 | 第29-35页 |
| 2.3.1 突变基因网络构建 | 第30-33页 |
| 2.3.2 驱动模块检测 | 第33-34页 |
| 2.3.3 驱动模块评价指标 | 第34-35页 |
| 2.4 实验结果和分析 | 第35-40页 |
| 2.4.1 参数分析 | 第35-36页 |
| 2.4.2 算法比较 | 第36-37页 |
| 2.4.3 GBM驱动模块 | 第37-38页 |
| 2.4.4 BRCA驱动模块 | 第38-40页 |
| 2.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 第三章 低频突变驱动模块挖掘方法 | 第41-63页 |
| 3.1 引言 | 第41-43页 |
| 3.2 低频突变驱动模块定义 | 第43-44页 |
| 3.3 低频突变驱动模块挖掘 | 第44-47页 |
| 3.3.1 功能相似度计算 | 第45-46页 |
| 3.3.2 突变基因功能网络构建 | 第46-47页 |
| 3.3.3 低频突变驱动模块检测 | 第47页 |
| 3.4 实验结果和分析 | 第47-61页 |
| 3.4.1 实验数据 | 第48-49页 |
| 3.4.2 多种癌症类型的驱动模块 | 第49-53页 |
| 3.4.3 单个癌症类型的驱动模块 | 第53-54页 |
| 3.4.4 基因对性质分析 | 第54-55页 |
| 3.4.5 鲁棒性检验 | 第55-56页 |
| 3.4.6 算法比较 | 第56-58页 |
| 3.4.7 功能相似度贡献 | 第58-59页 |
| 3.4.8 参数选择 | 第59-61页 |
| 3.5 本章小结 | 第61-63页 |
| 第四章 特异和共有驱动模块挖掘算法 | 第63-91页 |
| 4.1 引言 | 第63-65页 |
| 4.2 特异和共有驱动模块定义 | 第65-67页 |
| 4.3 方法 | 第67-75页 |
| 4.3.1 相关指标计算 | 第68-70页 |
| 4.3.2 网络构建 | 第70-71页 |
| 4.3.3 特异和共有驱动模块挖掘 | 第71-74页 |
| 4.3.4 驱动模块评价指标 | 第74-75页 |
| 4.4 实验结果和分析 | 第75-89页 |
| 4.4.1 特异驱动模块挖掘算法比较 | 第76-78页 |
| 4.4.2 共有驱动模块挖掘算法比较 | 第78-79页 |
| 4.4.3 不同癌症的特异驱动模块重叠 | 第79-81页 |
| 4.4.4 癌症共有驱动模块的基因 | 第81页 |
| 4.4.5 特异驱动模块示例 | 第81-86页 |
| 4.4.6 共有驱动模块示例 | 第86-89页 |
| 4.5 本章小结 | 第89-91页 |
| 第五章 总结与展望 | 第91-95页 |
| 5.1 工作总结 | 第91-92页 |
| 5.2 展望 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
| 作者简介 | 第111-113页 |
