| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第1章 引言 | 第11-21页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13-19页 |
| 1.2.1 基因测序技术的发展 | 第13-15页 |
| 1.2.2 基因组装技术的发展 | 第15-17页 |
| 1.2.3 基因预测技术的发展 | 第17-19页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第20-21页 |
| 第2章 基因组数据分析介绍 | 第21-29页 |
| 2.1 质量控制 | 第21-22页 |
| 2.2 基因组装 | 第22-25页 |
| 2.2.1 SOAPdenovo2 | 第23-24页 |
| 2.2.2 Velvet | 第24-25页 |
| 2.2.3 SWAP-Assembler 2 | 第25页 |
| 2.3 基因预测 | 第25-27页 |
| 2.4 本章总结 | 第27-29页 |
| 第3章 基因组组装分析流程优化 | 第29-45页 |
| 3.1 基因组装分析优化 | 第29-33页 |
| 3.1.1 质量控制优化 | 第29-30页 |
| 3.1.2 基因组装优化 | 第30-31页 |
| 3.1.3 基因预测优化 | 第31-33页 |
| 3.2 测试数据集 | 第33-34页 |
| 3.2.1 数据及其来源 | 第33页 |
| 3.2.2 数据格式 | 第33-34页 |
| 3.3 宏基因组装分析优化结果 | 第34-42页 |
| 3.3.1 质量控制优化结果分析 | 第34-35页 |
| 3.3.2 基因组装优化结果分析 | 第35-36页 |
| 3.3.3 基因预测优化结果分析 | 第36-38页 |
| 3.3.4 基于 SWAP-Assembler 2 的多样本组装分析 | 第38-42页 |
| 3.4 本章总结 | 第42-45页 |
| 第4章 基因contig 延长优化 | 第45-51页 |
| 4.1 contig 延长 | 第45-48页 |
| 4.2 Scaffold 构建 | 第48-50页 |
| 4.2.1 SSPACE | 第48页 |
| 4.2.2 Fusion | 第48-49页 |
| 4.2.3 Scaffolding 结果分析 | 第49-50页 |
| 4.3 本章总结 | 第50-51页 |
| 第5章 结束语 | 第51-53页 |
| 5.1 本文工作总结 | 第51页 |
| 5.2 论文创新点 | 第51-52页 |
| 5.3 下一步研究方向 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 致谢 | 第57-59页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第59页 |