| 致谢 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-26页 |
| 1.1 可变剪接的研究进展 | 第12-20页 |
| 1.1.1 pre-mRNA的剪接机制 | 第12-13页 |
| 1.1.2 可变剪接的常见类型 | 第13-15页 |
| 1.1.3 可变剪接的调控 | 第15-17页 |
| 1.1.3.1 顺式作用元件和剪接因子 | 第15-16页 |
| 1.1.3.2 RNA二级结构 | 第16-17页 |
| 1.1.4 可变剪接的生物学意义 | 第17-19页 |
| 1.1.4.1 蛋白质组多样性 | 第17页 |
| 1.1.4.2 可变剪接与NMD | 第17-19页 |
| 1.1.4.3 可变剪接与miRNA | 第19页 |
| 1.1.4.4 可变剪接与进化 | 第19页 |
| 1.1.5 植物基因可变剪接的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2 可变聚腺苷酸化的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2.1 pre-mRNA的聚腺苷酸化机制 | 第20页 |
| 1.2.2 可变聚腺苷酸化的常见类型 | 第20-21页 |
| 1.2.3 植物基因可变聚腺苷酸化的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3 NAC转录因子的研究进展 | 第22-24页 |
| 1.3.1 植物NAC转录因子的结构与功能 | 第23页 |
| 1.3.2 植物NAC转录因子的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 1.5 本研究的技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 利用3'-RACE与高通量测序技术联合分析杨树NAC基因的剪接及聚腺苷酸化位点 | 第26-73页 |
| 2.1 引言 | 第26-27页 |
| 2.2 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第27页 |
| 2.2.2 菌株及载体 | 第27页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第27页 |
| 2.2.4 缓冲液及培养基 | 第27-28页 |
| 2.2.5 仪器设备 | 第28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-34页 |
| 2.3.1 植物总RNA样品的制备 | 第28-29页 |
| 2.3.1.1 植物总RNA的提取及纯化 | 第28-29页 |
| 2.3.1.2 RNA的浓度、纯度及完整性检测 | 第29页 |
| 2.3.2 3'-RACE实验 | 第29-33页 |
| 2.3.2.1 反转录合成带有3'-RACE接头的cDNA | 第29-30页 |
| 2.3.2.2 普通3'-RACE巢式PCR | 第30-31页 |
| 2.3.2.3 乳液3'-RACE巢式PCR | 第31-33页 |
| 2.3.3 高通量测序分析 | 第33页 |
| 2.3.4 RT-PCR | 第33页 |
| 2.3.4.1 反转录合成cDNA | 第33页 |
| 2.3.4.2 RT-PCR | 第33页 |
| 2.3.5 Real-timePCR | 第33-34页 |
| 2.3.5.1 反转录合成cDNA | 第33-34页 |
| 2.3.5.2 Real-timePCR | 第34页 |
| 2.3.6 植物材料的处理与取样 | 第34页 |
| 2.4 结果与分析 | 第34-71页 |
| 2.4.1 3'-RACE-seq实现对目标基因的高深度聚焦测序 | 第34-38页 |
| 2.4.2 杨树NAC基因剪接位点的发现与验证 | 第38-59页 |
| 2.4.2.1 蒙特卡洛效应：低丰度剪接位点的随机扩增现象 | 第45-46页 |
| 2.4.2.2 低丰度剪接位点的RT-PCR实验验证 | 第46-49页 |
| 2.4.2.3 假阳性剪接位点扩增产物的成因分析 | 第49-52页 |
| 2.4.2.4 杨树14个NAC基因剪接位点的注释 | 第52-56页 |
| 2.4.2.5 PtBTF3.1基因剪接位点的表达分析 | 第56-59页 |
| 2.4.3 杨树NAC基因聚腺苷酸化位点鉴定与验证 | 第59-71页 |
| 2.4.3.1 杨树10个NAC基因聚腺苷酸化位点的注释 | 第60-70页 |
| 2.4.3.2 可变聚腺苷酸化转录产物的验证 | 第70-71页 |
| 2.5 讨论 | 第71-73页 |
| 第三章 杨树NAC基因及其转录异构体的克隆与分析 | 第73-101页 |
| 3.1 引言 | 第73页 |
| 3.2 实验材料 | 第73-75页 |
| 3.2.1 植物材料 | 第73页 |
| 3.2.2 菌株及载体 | 第73-74页 |
| 3.2.3 实验试剂 | 第74页 |
| 3.2.4 缓冲液及培养基 | 第74页 |
| 3.2.5 仪器设备 | 第74-75页 |
| 3.3 实验方法 | 第75-84页 |
| 3.3.1 利用RACE技术进行基因全长的克隆 | 第75-81页 |
| 3.3.1.1 RNA的提取及纯化 | 第75页 |
| 3.3.1.2 3'-RACE巢式PCR | 第75-77页 |
| 3.3.1.3 5'-RACE巢式PCR | 第77-80页 |
| 3.3.1.4 目的片段回收及载体连接 | 第80页 |
| 3.3.1.5 大肠杆菌Top10转化及阳性克隆的PCR验证 | 第80-81页 |
| 3.3.2 基因编码区克隆及载体构建 | 第81-82页 |
| 3.3.2.1 基因编码区克隆 | 第81-82页 |
| 3.3.2.2 目的片段连接入门载体 | 第82页 |
| 3.3.2.3 载体构建 | 第82页 |
| 3.3.3 杨树原生质体分离及转化 | 第82-83页 |
| 3.3.3.1 杨树叶肉原生质体分离 | 第82-83页 |
| 3.3.3.2 PEG法转化原生质体 | 第83页 |
| 3.3.4 拟南芥遗传转化 | 第83-84页 |
| 3.4 结果与分析 | 第84-98页 |
| 3.4.1 杨树NAC基因及其转录异构体的克隆与序列分析 | 第84-91页 |
| 3.4.2 杨树NAC基因及其转录异构体的亚细胞定位 | 第91-96页 |
| 3.4.3 PtATAF1.2基因及其转录异构体的功能分析 | 第96-98页 |
| 3.5 讨论 | 第98-101页 |
| 第四章 主要结论与展望 | 第101-106页 |
| 4.1 主要结论 | 第101-104页 |
| 4.1.1 3'-RACE-seq实现对目标基因的深度测序 | 第101页 |
| 4.1.2 3'-RACE-seq对杨树NAC基因可变剪接位点的鉴定 | 第101-102页 |
| 4.1.3 3'-RACE-seq对杨树NAC基因可变聚腺苷酸化位点的鉴定 | 第102-103页 |
| 4.1.4 杨树NAC基因及其转录异构体的克隆与分析 | 第103-104页 |
| 4.2 问题与展望 | 第104-106页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-112页 |
| 附录 | 第112-130页 |
