| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第10-20页 |
| 1.1 转录组与转录组学 | 第10页 |
| 1.2 转录组测序的主要技术 | 第10-13页 |
| 1.2.1 表达序列标签 | 第10-11页 |
| 1.2.2 SAGE和MPSS技术 | 第11-12页 |
| 1.2.3 基因芯片 | 第12页 |
| 1.2.4 高通量测序技术 | 第12-13页 |
| 1.3 三种常见的测序平台 | 第13-15页 |
| 1.3.1 Illumina/Solexa | 第13-14页 |
| 1.3.2 ABI/SOLiD | 第14页 |
| 1.3.3 Roche/454 | 第14-15页 |
| 1.4 微卫星标记概述 | 第15-17页 |
| 1.4.1 微卫星的概念 | 第15页 |
| 1.4.2 微卫星的多态性 | 第15页 |
| 1.4.3 微卫星标记的分类 | 第15-16页 |
| 1.4.4 微卫星标记的特点 | 第16页 |
| 1.4.5 微卫星标记的筛选方法 | 第16-17页 |
| 1.5 微卫星在水产动物中的应用 | 第17-18页 |
| 1.5.1 群体遗传结构分析 | 第17页 |
| 1.5.2 遗传多样性分析 | 第17-18页 |
| 1.5.3 亲子鉴定 | 第18页 |
| 1.5.4 遗传图谱构建 | 第18页 |
| 1.6 本实验研究的目的意义 | 第18-20页 |
| 第2章 波纹巴非蛤转录组分析 | 第20-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-22页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.2 主要仪器和试剂 | 第20-21页 |
| 2.1.3 波纹巴非蛤总RNA提取 | 第21-22页 |
| 2.1.4 cDNA文库制备和Illumina的测序转录组分析 | 第22页 |
| 2.1.5 测序分析和组装 | 第22页 |
| 2.1.6 序列注释 | 第22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-32页 |
| 2.2.1 测序和组装 | 第22-25页 |
| 2.2.2 功能注释 | 第25-27页 |
| 2.2.3 潜在的免疫相关基因 | 第27页 |
| 2.2.4 模式识别受体 | 第27-28页 |
| 2.2.5 免疫效应与其他免疫分子 | 第28-29页 |
| 2.2.6 信号传导通路 | 第29-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-37页 |
| 2.3.1 波纹巴非蛤免疫相关基因发掘与分析 | 第32-35页 |
| 2.3.2 波纹巴非蛤代谢通路分析 | 第35-37页 |
| 第3章 基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究 | 第37-45页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-41页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第37页 |
| 3.1.2 主要实验仪器 | 第37页 |
| 3.1.3 主要配制溶液及试剂 | 第37-39页 |
| 3.1.4 波纹巴非蛤基因组DNA提取与检测 | 第39-40页 |
| 3.1.5 微卫星序列的获得与引物设计 | 第40页 |
| 3.1.6 微卫星筛选 | 第40页 |
| 3.1.7 数据统计 | 第40-41页 |
| 3.2 结果 | 第41-44页 |
| 3.2.1 波纹巴非蛤转录组微卫星标记分析 | 第41页 |
| 3.2.2 波纹巴非蛤微卫星引物筛选结果 | 第41-42页 |
| 3.2.3 波纹巴非蛤群体遗传多样性分析 | 第42-44页 |
| 3.3 讨论 | 第44-45页 |
| 第4章 研究结论 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-56页 |
| 在学期间发表或接收的论文 | 第56页 |