CUDA平台下基于通路的全基因组关联研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-17页 |
| 1.3 研究内容 | 第17-18页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第18-20页 |
| 第2章 相关理论及相关研究综述 | 第20-26页 |
| 2.1 前言 | 第20页 |
| 2.2 全基因组关联研究相关定义 | 第20-23页 |
| 2.2.1 SNP与GWAS | 第20-22页 |
| 2.2.2 SNP与复杂疾病 | 第22-23页 |
| 2.3 基于通路的全基因组关联研究 | 第23-24页 |
| 2.4 常用的通路数据库 | 第24-25页 |
| 2.5 小结 | 第25-26页 |
| 第3章 CUDA平台下基于差异打分的通路分析 | 第26-42页 |
| 3.1 前言 | 第26页 |
| 3.2 GPU和CUDA平台 | 第26-30页 |
| 3.2.1 CPU多核并行 | 第26-27页 |
| 3.2.2 CUDA开发 | 第27-28页 |
| 3.2.3 CUDA编程模型 | 第28-30页 |
| 3.3 基于差异打分的通路分析 | 第30-33页 |
| 3.4 CUDA平台下基于差异打分的通路分析 | 第33-41页 |
| 3.4.1 可行性分析 | 第34页 |
| 3.4.2 并行化设计 | 第34-35页 |
| 3.4.3 数据存储设计和时间复杂度分析 | 第35页 |
| 3.4.4 实验平台 | 第35-37页 |
| 3.4.5 实验分析 | 第37-41页 |
| 3.5 小结 | 第41-42页 |
| 第4章 主成分分析法在通路分析中的应用 | 第42-50页 |
| 4.1 主成分分析法 | 第42-45页 |
| 4.1.1 主成分分析的基本思想和数学模型 | 第42-43页 |
| 4.1.2 主成分的求解和性质 | 第43-45页 |
| 4.2 主成分分析法在通路分析中的应用 | 第45-47页 |
| 4.2.1 可行性分析 | 第45页 |
| 4.2.2 基本思路 | 第45-46页 |
| 4.2.3 基本步骤 | 第46-47页 |
| 4.3 实验分析 | 第47-49页 |
| 4.4 小结 | 第49-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文及所参加项目 | 第58页 |
