| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-22页 |
| 1.1 Toll样受体与先天性免疫应答 | 第10页 |
| 1.2 TLRs蛋白家族研究概况 | 第10-13页 |
| 1.3 hTLR8的结构与功能 | 第13-15页 |
| 1.4 hTLR8活化机制与构象诱导 | 第15-17页 |
| 1.4.1 hTLR8活化机理 | 第15-16页 |
| 1.4.2 hTLR8的pH依赖性 | 第16页 |
| 1.4.3 潜在的N-糖基化位点 | 第16-17页 |
| 1.4.4 Z-Loop蛋白酶水解 | 第17页 |
| 1.5 hTLR7/8激动剂研究进展 | 第17-21页 |
| 1.5.1 天然底物类似物的hTLR7/8激动剂研究进展 | 第18-20页 |
| 1.5.2 计算机辅助hTLR7/8激动剂研究进展 | 第20-21页 |
| 1.6 本文主要研究内容 | 第21-22页 |
| 2 原理和方法 | 第22-38页 |
| 2.1 分子结构表征 | 第22-25页 |
| 2.1.1 基于物化性质的结构表征 | 第22-23页 |
| 2.1.2 基于分子力场的Volsurf结构表征 | 第23-25页 |
| 2.2 变量筛选 | 第25页 |
| 2.3 ECP建模 | 第25-26页 |
| 2.3.1 显露化学模式理论 | 第25-26页 |
| 2.3.2 CAEP分类器 | 第26页 |
| 2.4 模型质量评价 | 第26-27页 |
| 2.5 分子对接 | 第27-29页 |
| 2.5.1 分子对接原理 | 第27-28页 |
| 2.5.2 分子对接的分类及方法 | 第28页 |
| 2.5.3 Surflex-Dock原理 | 第28-29页 |
| 2.6 蛋白质三维结构模建 | 第29-31页 |
| 2.6.1 同源建模原理与方法 | 第29-30页 |
| 2.6.2 蛋白质模型结构优化 | 第30页 |
| 2.6.3 模型质量评价 | 第30-31页 |
| 2.7 分子动力学模拟 | 第31-38页 |
| 2.7.1 分子动力学基本算法 | 第32-34页 |
| 2.7.2 分子力场 | 第34-35页 |
| 2.7.3 动力学模拟一般流程 | 第35-36页 |
| 2.7.4 靶向分子动力学 | 第36-38页 |
| 3 hTLR8激动剂分子识别研究 | 第38-50页 |
| 3.1 数据来源 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-48页 |
| 3.2.1 结构表征与变量筛选结果 | 第38-39页 |
| 3.2.2 ECP建模 | 第39-42页 |
| 3.2.3 ECP聚类分析 | 第42-43页 |
| 3.2.4 hTLR8激动剂与非激动剂聚类分析 | 第43-44页 |
| 3.2.5 基于分子对接的hTLR8激动剂预测 | 第44-46页 |
| 3.2.6 hTLR8结合口袋性质与激动剂ECP特征分析 | 第46-48页 |
| 3.3 小结 | 第48-50页 |
| 4 hTLR8激动剂与拮抗剂分子识别研究 | 第50-60页 |
| 4.1 数据来源 | 第50页 |
| 4.2 结果与分析 | 第50-57页 |
| 4.2.1 结构表征与变量筛选结果 | 第50-51页 |
| 4.2.2 ECP建模 | 第51-53页 |
| 4.2.3 ECP聚类分析 | 第53-54页 |
| 4.2.4 hTLR8激动剂与拮抗剂的系统聚类分析 | 第54-55页 |
| 4.2.5 基于分子对接的hTLR8激动剂/拮抗剂分子识别 | 第55-56页 |
| 4.2.6 hTLR8激动剂/拮抗剂结合模式分析 | 第56-57页 |
| 4.3 小结 | 第57-60页 |
| 5 激动剂-hTLR8复合物三维分子模建 | 第60-74页 |
| 5.1 hTLR8三维建模 | 第60-66页 |
| 5.1.1 蛋白质序列比对 | 第60-63页 |
| 5.1.2 hTLR8三维建模与动力学平衡 | 第63页 |
| 5.1.3 模型质量评价 | 第63-66页 |
| 5.2 hTLR8激动剂分子对接 | 第66-69页 |
| 5.2.1 hTLR8三维模型结合口袋表面分析 | 第66-67页 |
| 5.2.2 TLR8激动剂分子对接结果 | 第67-69页 |
| 5.3 激动剂-hTLR8复合物体系分子动力学模拟 | 第69-73页 |
| 5.3.1 动力学参数设置 | 第69页 |
| 5.3.2 动力学结果分析 | 第69-71页 |
| 5.3.3 最低能量构象分析 | 第71-73页 |
| 5.4 小结 | 第73-74页 |
| 6 激动剂诱导的hTLR8构象变化与二聚化过程 | 第74-88页 |
| 6.1 数据来源与结构准备 | 第74页 |
| 6.2 方法 | 第74-75页 |
| 6.2.1 目标构象的产生 | 第74页 |
| 6.2.2 靶向分子动力学模拟 | 第74-75页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第75-87页 |
| 6.3.1 靶向力常数优化 | 第75-76页 |
| 6.3.2 靶向分子动力学轨迹分析 | 第76-79页 |
| 6.3.3 激动剂诱导的hTLR8构象变化特征研究 | 第79-81页 |
| 6.3.4 激动剂诱导的hTLR8构象变化信号传导 | 第81-87页 |
| 6.4 小结 | 第87-88页 |
| 7 结论与展望 | 第88-90页 |
| 7.1 研究结论 | 第88页 |
| 7.2 前景展望 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-104页 |
| 附录 | 第104-112页 |
| A 支持材料 | 第104-112页 |
| B 作者在攻读硕士学位期间参与发表的论文目录 | 第112页 |
| C 作者在攻读硕士学位期间参与的科研项目 | 第112页 |
