| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| ·HIV概述 | 第13-16页 |
| ·HIV的基因组结构 | 第13页 |
| ·HIV的基因型 | 第13-14页 |
| ·HIV的流行概况 | 第14-15页 |
| ·HIV的复制过程 | 第15页 |
| ·HIV的进化 | 第15-16页 |
| ·HIV-1细胞嗜性的研究进展 | 第16-20页 |
| ·HIV-1细胞嗜性与疾病发展的关系 | 第17-18页 |
| ·HIV-1细胞嗜性转换的研究 | 第18-20页 |
| ·HIV-1细胞嗜性在治疗中的意义 | 第20-21页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| ·本研究的主要内容 | 第22-23页 |
| 第二章 不同细胞嗜性HIV-1的全基因组适应性进化分析 | 第23-42页 |
| ·引言 | 第23-24页 |
| ·数据和方法 | 第24-26页 |
| ·序列收集和排序 | 第24-25页 |
| ·适应性进化分析方法 | 第25-26页 |
| ·统计分析 | 第26页 |
| ·结果 | 第26-39页 |
| ·HIV-1主要基因的正选择分析 | 第26-27页 |
| ·env基因上正选择位点的鉴定 | 第27页 |
| ·gag和pol基因上正选择位点的鉴定 | 第27-36页 |
| ·HIV-1的env基因上正选择位点的定位分析 | 第36-39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 甲型H1N1流感病毒的适应性进化研究 | 第42-60页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·数据和方法 | 第43-48页 |
| ·序列收集 | 第43-46页 |
| ·系统发生分析 | 第46页 |
| ·适应性进化分析 | 第46-48页 |
| ·结果 | 第48-57页 |
| ·甲型H1N1流感病毒的起源 | 第48-53页 |
| ·甲型H1N1流感病毒的进化距离分析 | 第53-55页 |
| ·甲型H1N1流感病毒的正选择分析 | 第55-56页 |
| ·甲型H1N1流感在跨种传播之前的遗传分化分析 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-59页 |
| 本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 不同参数和不恰当的亚型参考序列对HIV-1 CRFS重组分析的影响 | 第60-72页 |
| ·引言 | 第60页 |
| ·数据和方法 | 第60-62页 |
| ·序列下载 | 第60-61页 |
| ·系统发生树构建 | 第61页 |
| ·Bootscan分析 | 第61-62页 |
| ·统计分析 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-67页 |
| ·重组分析中最适参数的确定 | 第62-64页 |
| ·最适亚型参考序列的选择 | 第64-67页 |
| ·HIV-1 CRF03_AB重组结构的重新分析 | 第67-71页 |
| 本章小结 | 第71-72页 |
| 第五章 结论与展望 | 第72-74页 |
| ·结论 | 第72-73页 |
| ·展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第82页 |